Analiza naturalnych populacji -
 ekologia molekularna.
Analiza DNA w archeologii.
Odcisk palca. część 2/3
prof dr hab. Piotr Węgleński
dr Ana Stanković
mgr Mateusz Baca
mgr Martyna Molak
DNA w komórce
J
DROWY DNA MITOCHONDRIALNY DNA
http://www.jogg.info/12/Logan_files/image002.jpg
Chromosomy płci
http://www.genetyka-ginekolog.pl/upload/46XY.gif
Chromosomy
autosomalne
Markery mikrosatelitarne
Zwykle analizuje się długość fragmentów
" Długość 100-400 bp
" Złożone z 2-6 nukleotydowych powtórzeń
(motywów)
osobnik1
" Liczba motywów do 50
" 1 Locus: wiele alleli
osobnik2
osobnik3
Powtarzający się motyw np. ATCG
Lokalizacja msDNA w genomie
" Głównie DNA jądrowy
" Obszary kodujące i niekodujące genomu
Najbardziej przydatne do badań populacyjnych
są loci msDNA umiejscowione w obszarach
niekodujących, przez co nie podlegające
doborowi naturalnemu.
" Szybkość mutacji 10-2 -10-4 na pokolenie
" Dziedziczą się w sposób mendlowski (można badać 2
allele)
Amplifikacja loci
mikrosatelitarnych
Multiplex PCR  umożliwia jednoczesne
namnożenie wielu fragmentów DNA.
Startery wyznakowane
Różne loci
FLUORESCENCYJNIE
mikrosatelitarne
w próbce DNA
Określanie długości msDNA
Elektroforeza kapilarna (ang. capilary
electrophoresis, CE)
y
ródło zmienności msDNA
Najczęściej na skutek poślizgów polimerazy
(polimerase slippage) podczas replikacji
Mikrosatelity  identyfikacja osób i
pokrewieństwo
" Kryminalistyka  porównywanie
podejrzanego z dowodem z miejsca
przestępstwa.
" Poszukiwanie zaginionych, klęski
żywiołowe.
" Testowanie ojcostwa.
" Sprawy historyczne.
" Sprawy imigracyjne.
Loci mikrosatelitarne
wykorzystywane w kryminalistyce
http://nitro.biosci.arizona.edu/courses/EEB208-2008/Lecture08/pics/Codis_profile.jpg
Porównywanie genotypów
CSF1PO CSF1PO CSF1PO
12 15 11 13 12 15
TH01 TH01 TH01
8 10 9 10 8 10
FGA FGA FGA
20 24 21 24 20 24
TPOX TPOX TPOX
8 8 9 10 8 8
VWA VWA VWA
16 17 15 15 16 17
Profile A i C są zgodne
? Czy na pewno należą do jednej osoby ?
Bazy danych
Dane populacyjne
Locus CSF1PO
zbierane w bazach
częstość
Allel Ilość alleli
danych zawierają
a l l e l u
profile genetyczne.
10 50 0,025
11 150 0,075
12 500 0,25
Pozwalają na
13 250 0,125
określenie jakie allele
14 450 0,225
i z jaką frekwencją
15 600 0,3
występują w populacji
Random match probability
Częstości alleli w
Locus Allele Częstość Genotypu
bazie (populacji)
13 0.13
CSF1PO 2pq 0.07800
15 0.3
11 0.12
TPOX p2 0.01440
11 0.12
CZ
STOŚĆ PROFILU (mp - match probability) 0.00112
Oznacza to, że prawdopodobieństwo wystąpienie
tego profilu w populacji wynosi 0,11% (1,1x10-3).
Inaczej mówiąc powyższy profil występuje w
populacji raz na ok. 800 osób.
Random match probability
7,2 x 10-19
Określanie pokrewieństwa
" Dwie spokrewnione
ze sobą osoby
posiadają pewną
liczbę identycznych
alleli.
" Identyczne allele -
IBD (identity by
descent).
" Różne kategorie
pokrewieństwa 
różna liczba alleli IBD.
Ćwiczenie
Drabinki alleliczne
Chromatogram
Profil z miejsca
przestępstwa
TH01 9 10
FGA 21 23
CSF1PO 12 13
D21S11 32 33
TPOX 9 9
D7S820 12 12