Biochemia ćwiczenia


Biochemia ćwiczenia

Należy pracować w rękawiczkach:

możliwość zakażenia i zatrucia substancjami badanymi lub używanymi odczynnikami (toksyny, bakterie, substancje radioaktywne)

możliwość zakażenia badanych materiałów przez osoby pracujące w laboratorium

Preparaty biochemiczne są nietrwałe możliwość namnażania bakterii

roztwory należy sterylizować

materiał biologiczny i roztwory przechowujemy w chłodni lub mrozimy 

naczynia powinny być jednorazowe lub sterylizowane

Analiza chemiczna

Stężenia

Dysocjacja elektrolityczna

Moc jonowa

gdzie: ci, zi - stężenie i ładunek jonu i,

0x08 graphic

Metody analityczne

Pierwszym etapem jest rozdział

Chromatografia

Kolumna chromatograficzna0x08 graphic
0x01 graphic

Elektroforeza

0x08 graphic
0x01 graphic

Analiza ilościowa i jakościowa

Spektrofotometria

Spektrofotometr0x08 graphic
0x01 graphic

Widmo absorpcyjne

Widmo jest to graficzny zapis zmian wartości absorbancji w zależności od długości fali przechodzącej przez badany roztwór. Głównymi parametrami widma są:

a - położenie pasm (wartość długości fali przy których na widmie można wyróżnić maksima; lmax)
b - molowy (lub właściwy) współczynnik absorpcji związany z danym maksimum.

Transmitancja i absorbancja

0x08 graphic
0x01 graphic
Jeśli badany roztwór pochłonie 90% promieniowania o danej długości fali, to powiemy, że jego transmitancja wynosi 10%, zaś absorbancja będzie wynosić lg(100/10)=1

Prawo Lamberta Beera

A = e·c·l

c =A/(e*l)

Ponieważ l = 1cm można zapisać c =A/e

e - molowy współczynnik absorpcji, równy liczbowo absorbancji, która wystąpiłaby, gdybyśmy mierzyli w danych warunkach roztwór o stężeniu 1 mol/dm3  przy grubości warstwy równej 1 cm;

c - stężenie mierzonego roztworu w mol/dm3;

- grubość warstwy roztworu w cm.

Prawo Lamberta Beera

A = e·c·l

c =A/(e*l)

Ponieważ l = 1cm można zapisać c =A/e

e - molowy współczynnik absorpcji, równy liczbowo absorbancji, która wystąpiłaby, gdybyśmy mierzyli w danych warunkach roztwór o stężeniu 1 mol/dm3  przy grubości warstwy równej 1 cm;

c - stężenie mierzonego roztworu w mol/dm3;

- grubość warstwy roztworu w cm.

Prawo addytywności absorpcji

Pomiary spektrofotometryczne

Abs(specyficzna) -Abs (niespecyficzna)

0x01 graphic

0x01 graphic

a -helisa

Struktura a -helisy ma kształt cylindra. Ciasno spleciony łańcuch główny polipeptydu tworzy centralną część cylindra, natomiast boczne łańcuchy reszt aminokwasowych wystają na zewnątrz w ułożeniu helikalnym.
Struktura a -helisy jest stabilizowana wiązaniami wodorowym grup NH i CO głównego łańcucha. Grupa CO każdego aminokwasu wiąże się wiązaniem wodorowym z grupą NH, aminokwasu odległego do przodu o cztery reszty aminokwasowe i leżącego bezpośrednio nad nią. Rezultatem tego jest fakt, że wszystkie grupy CO i NH łańcucha głównego są połączone wiązaniem wodorowym.

Budowa a-helisy 0x08 graphic
0x01 graphic

Struktura b -harmonijki (b -kartki)

Struktura b -harmonijki (b -kartki) - W odróżnieniu od cylindrycznej struktury a -helisy, cząsteczka polipeptydu przyjmuje kształt, prawie całkowicie rozciągnięty.

0x08 graphic
0x01 graphic
0x08 graphic
0x01 graphic

Struktura trzeciorzędowa

0x01 graphic

Czynniki stabilizujące strukturę trzeciorzędową białek

Wiązania wodorowe

Oddziaływania hydrofobowe

Wiązania jonowe

Kowalencyjne mostki dwusiarczkowe

Oddziaływania międzycząsteczkowe

Struktura czwartorzędowa

0x01 graphic

Krwinki czerwone
Najbardziej znane elementy morfotyczne krwi to krwinki czerwone, czyli erytrocyty. W jednym milimetrze sześciennym znajduje się średnio 5,4 miliona erytrocytów u mężczyzn i 4,8 miliona u kobiet.
Ich główną rolą jest przenoszenie tlenu z płuc do tkanek. Te funkcje zapewnia obecność hemoglobiny - czerwonego barwnika krwi. Hemoglobina składa się z białka - globiny - oraz z czterech cząsteczek hemu. W hemie ważny jest atom żelaza, który wiąże się z jedną cząsteczką tlenu, tworząc oksyhemoglobinę. Żelazo posiada tę zdolność jedynie na drugim stopniu utlenienia; karboksyhemoglobina, tworząca się z połączenia hemu z tlenkiem węgla. Ten ostatni związek wypiera tlen z oksyhemoglobiny, czyniąc hemoglobinę bezużyteczną.

0x08 graphic
0x01 graphic

Krwinka

0x08 graphic
0x01 graphic

Budowa hemoglobiny

0x08 graphic
0x01 graphic

Hem

Mioglobina i hemoglobina

Mioglobina jest białkiem wiążącym i magazynującym tlen. Największe jej stężenie znajduje się w mięśniach szkieletowych odpowiedzialnych za ruch oraz w sercu.
Mioglobina jest niewielkim białkiem globularnym o masie około 18 kDa. Nie ma budowy podjednostkowej,

Hemoglobina jest białkiem allosterycznym

Wiązanie tlenu z jedną z podjednostek, wpływa na oddziaływanie pozostałych podjednostek z tlenem. Po związaniu pierwszej cząsteczki tlenu do pierwszej kolejne cząsteczki tlenu przyłączają się coraz łatwiej

Wiązanie tlenu przez mioglobinę i hemoglobinę

Efekt Bohra

W zależności od pH zmienia się powinowactwo tlenu do hemoglobiny.

W pracujących mięśniach pH się obniża (środowisko ulega zakwaszeniu) co ułatwia dysocjację tlenu.

Siła wiązania tlenu w środowisku kwaśnym jest mniejsza niż w zasadowym.

Hemoliza krwi

Wpływ tlenu na absorpcje światła przez hemoglobinę

Ilościowe oznaczanie hemoglobiny

Odczynniki

Oznaczanie hemoglobiny na podstawie zawartości żelaza

Odczynniki

Cząsteczka hemoglobiny zawiera 0,34% Żelaza. Z ilości żelaza można obliczyć zawartość hemoglobiny

12 hydratu siarczanu żelazowo-amonowego w wodzie z dodatkiem 10 ml stężonego H2SO4 i uzupełnić wodą do1000 ml.

Wykonanie

Apróby

Trawienie białek

Sok żołądkowy (kwas solny)

Denaturacja białek

Pepsyna A ( dno żołądka)

Pepsyna B (część odźwiernikowa)

Rozkładają zdenaturowane białko do dużych

polipeptydów, hydrolizują wiązania peptydowe

utworzone przez aminokwasy aromatyczne, dikarboksylowe

Trzustka

działa swoiście na wiązania peptydowe utworzone przez aminokwasy zasadowe

działa swoiście na wiązania peptydowe utworzone przez aminokwasy pozbawione ładunku elektrycznego(np. a. aromatyczne)

działa na wiązania peptydowe utworzone przez małe aminokwasy (glicynę, alaninę, serynę)

działa na C-końcowe wiązania peptydowe

działa na N-końcowe wiązania peptydowe

rozkladają dipeptydy do wolnych aminokwsów

Wchłanianie aminokwasów

Aminokwasy egzogenne

Aminokwasy niezbędne
egzogenne

Aminokwasy endogenne

Transaminacja

0x08 graphic
0x01 graphic

Wyjątki

0x08 graphic
0x01 graphic

Oksydacyjna deaminacja glutaminianu

NAD -Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy

0x08 graphic
0x01 graphic

NAD i
NADP

CYKL MOCZNIKOWY


Rozpoczyna się od połączenia wolnych jonów NH4+ i HCO3 - w wyniku czego powstaje karbamoilofosforan.
Reakcja katalizowana jest przez syntetazę karbamoilofosforanową, jest praktycznie nieodwracalna bo zużyciu ulegają dwie cząsteczki ATP

0x08 graphic
0x01 graphic

Grupa karbamoilowa karbamoilofosforanu, ze względu na obecność wiązania bezwodnikowego, charakteryzuje się wysokim potencjałem przenoszenia. W reakcji katalizowanej przez
karbamoilotransferazę ornitynową jest ona przenoszona na ornitynę (atom azotu), co prowadzi do powstania cytruliny.

0x08 graphic
0x01 graphic

Cytrulina ulega kondensacji z asparaginianem, kosztem energii hydrolizy ATP do AMP i PPi (pirofosforanu), który jest donorem drugiej grupy aminowej włączanej do mocznika.

0x08 graphic
0x01 graphic

Liaza argininobursztynianowa rozszczepia cząsteczkę argininobursztynianu do argininy i fumaranu.
W ten sposób łańcuch węglowy asparaginianu zostaje zachowany w postaci fumaranu.

0x08 graphic
0x01 graphic

Ostatecznie argininę hydrolizuje arginaza, powstaje mocznik i ornityna. Ornityna jest transportowana z powrotem do mitochondrium gdzie rozpoczyna się kolejny cykl. Mocznik powstały w wyniku cyklu mocznikowego jest wydalany. Człowiek w ciągu roku wydala około 10 kg mocznika.

0x08 graphic
0x01 graphic

Sumaryczny zapis reakcji cyklu mocznikowego

Schemat cyklu mocznikowego

0x08 graphic
0x01 graphic

Oznaczanie mocznika metodą ureazową

odczynniki

0x08 graphic
0x01 graphic

Dziedziczenie fenyloketonurii

0x08 graphic
0x01 graphic

Glukoza

Homeostaza glukozy

Glukoneogeneza  

Glukoneogeneza to enzymatyczny proces tworzenia przez organizm glukozy z metabolitów nie będących węglowodanami, np. aminokwasów, glicerolu czy mleczanu. Głównym substratem jest pirogronian.

Glikogenoliza

Insulina

Glukagon

Inhibuje syntezę kwasów tłuszczowych , glikolizę

Regulacja poziomu glukozy w organizmie

Poziom glukozy we krwi

hipoglikemia

Homeostaza glukozy - schemat

0x08 graphic
0x01 graphic

Oznaczanie glukozy

Odczynniki

Wykonanie

Obliczenia

CoA + GTP + 3NADH + 3H+ + FADH2 + 2CO2

Powstają wysokoenergetyczne związki wymagające tlenu

Jeśli zabraknie substratów to reakcja nie będzie zachodziła 3NAD+ + FAD

CoA + GTP + 3NADH + 3H+ + FADH2 + 2CO2

Powstają wysokoenergetyczne związki wymagające tlenu

Jeśli zabraknie substratów to reakcja nie będzie zachodziła 3NAD+ + FAD


glukoza + 2Pi + 2ADP + 2NAD+ →

przy braku tlenu, podczas intensywnego wysiłku, ilość wytwarzanego NADH przekracza zdolność łańcucha oddechowego do utleniania NADH z powrotem do NAD +.

W warunkach tlenowych pirogronian zostaje przekształcony w acetylo-CoA (dehydrogenaza pirogronianowa)

pirogronian + NAD+ + CoA → acetylo-CoA + CO2 + NADH.


przy braku tlenu, podczas intensywnego wysiłku, ilość wytwarzanego NADH przekracza zdolność łańcucha oddechowego do utleniania NADH z powrotem do NAD +.

Brak NAD + powoduje że pirogronian syntetyzowany w mięśniu szkieletowym podczas glikolizy zostaje przekształcony w mleczan przez dehydrogenazę mleczanową w reakcji generującej NAD+, dzięki czemu glikoliza w dalszym ciągu wytwarza ATP.

0x08 graphic
0x01 graphic

Próg mleczanowy

Hrmax (HEART RATE)

Trening podprogowy

Strefy HR

Strefa 0 (do 50% HRmax) - przebywanie w tej strefie nie przynosi korzyści ze sportowego punktu widzenia

Strefa 1 (50 - 60% HRmax) - obserwuje się korzyści dla kondycji i zdrowia. Dla początkujących lub osób po długiej przerwie w ćwiczeniach. W strefie tej zachodzi już wykorzystanie tłuszczu jako źródła energii, polecana więc jest także dla osób pragnących schudnąć.

Strefa 2 (60 - 70% HRmax) - Jest to pierwsza strefa w której serce zaczyna odnosić korzyści z treningu. Następuje poprawa wydolności serca a komórki mięśniowe zaczynają lepiej wykorzystywać tlen. W tej strefie tłuszcz jest podstawowym źródłem energii jest więc to idealny przedział dla osób pragnących schudnąć.

Strefa 3 (70 - 80% HRmax) - Najlepsza strefa dla poprawiania wydajności sercowo-naczyniowej. Rekomendowana dla poprawy wydolności oddechowej, poprawy transportu utlenionej krwi do komórek mięśniowych i odprowadzania z nich dwutlenku węgla. Organizm spala mniej glukozy niż tłuszczu, poprawia się ogólna siła mięśniowa.

Strefa 4 (80 - 90% HRmax)(85-90%= próg beztlenowy) - w tej strefie przechodzi się od treningu aerobowego (tlenowego) do anaerobowego(beztlenowego). Organizm nie jest już w stanie efektywnie usuwać kwasu mlekowego z pracujących mięśni. Kwas mlekowy jest produktem rozkładu glikogenu, udział tłuszczu jako źródła energii staje się znikomy. Jest to strefa dla osób pragnących poprawic wyniki sportowe. Podczas treningu w tej strefie mięśnie męczą się znacznie. Organizm w tej strefie uczy radzić sobie lepiej z kwasem mlekowym i tolerować go przez dłuższy czas.

Dług tlenowy



Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
II O- Biochemia cwiczenie 5, Politechnika Wrocławska - ochrona środowiska, biochemia - laboratorium
II O- Biochemia cwiczenie 1, Politechnika Wrocławska - ochrona środowiska, biochemia - laboratorium
II OŚ Biochemia ćwiczenie 3
BIOCHEMIA - ćwiczenia, STUDIA, WSR - Fizjoterpia, Rok I, Semestr 1, Semestr I, Biochemia, Ćwiczenia
Kolo biochemia KOMPLET NOTATEK AMINOKWASY, Szkoła Rolnictwo studia, Szkoła, Materiały studia, bioche
II OŚ Biochemia ćwiczenie 2
II O- Biochemia cwiczenie 4, Politechnika Wrocławska - ochrona środowiska, biochemia - laboratorium
Biochemia Ćwiczenia 8
II OŚ Biochemia ćwiczenie 1
II OŚ Biochemia ćwiczenie 7
II OŚ Biochemia ćwiczenie 4
II OŚ Biochemia ćwiczenie 7
II OŚ Biochemia ćwiczenie 4
II O- Biochemia cwiczenie 3, Politechnika Wrocławska - ochrona środowiska, biochemia - laboratorium
Podział cukrów biochemia ćwiczenia cukry reakcje?rwne
Biochemia ćwiczenie I
II Rok OŚ Biochemia Ćwiczenia harmonogram, II rok, I semestr, biochemia

więcej podobnych podstron