Mikroskop- przyrząd optyczny lub elektronowy wytwarzający znacznie powiększone obrazy bardzo małych organizmów lub przedmiotów (gr. Mikros = mały, skopeo = oglądam)
I wiek n.e- powiększające właściwości szkła(rzymianie)
Nazwa mikroskop- grek demiscianus(1614rok)
Soczewki- podobieństwo do ziaren soczewicy
13-14 w- pierwsze stosowanie soczewek do okularów
Lata 90 16 w. Hans Janssen and his son Zachary- prototyp mikroskopu o pow.9x
17 wiek. Antone van Leeuwenhoek (1632-1723) i Robert Hooke(1635-1703)
1665- mikroskop Hooke’a pow.40X
1667- mikroskop Leeuwenhoeka, 270x, czerwone ciałka krwi, plemniki, tkanki roślin i zwierząt, bakterie i orzęski- zaprzeczył teorii samorództwa
17 w. obserwacja chromatyczna- nierównomierne załamywanie się kolorów światła przechodzącego przez soczewkę(barwne rozszczepienie obrazu)
Lata 30 19w. Chester Hall- użycie drugiej soczewki o innych właściwościach, zmniejsza aberracje chromatyczną-
Druga połowa 18 w dollond i Fraunhofer-pierwsze obiektywy”achromatyczne”
18w. aberracja sferyczna- promienie przechodzą przez soczewkę w różnych miejscach(odmienne długości ogniskowania promieni)
1830 rok- Joseph lister- likwidacja aberracji sferycznej poprzez precyzyjne rozmieszczenie soczewek w określonych odległościach
1827-antoni battista- obiektyw immersyjny- zwiększona zdolność rozdzielcza
1872 Abbe Ernst-współzałożyciel zakładó optycznych Zeissa.przyrząd oświetlający, udoskonalenie obiektywu achromatycznego poprzez użycie soczewek zanurzonych w cieczy
1872- abbe teoria falowych własciwości śiwatła.skutek dyfrakcji-obrazem punktu nie jest punkt lecz krązek świetlny, tm większy im silniejsze powiększenie
1903 Zsigmondy Richard- ultramikroskop-obserwacje cząstek o wymiarach pojedyńćzych mikrometróe(nagroda nobla 1925)
1935- Zernike Frits-zasada kontrastu faz-możliwość badania bezbarwnych i przezroczystych materiałó biologicznych(badanie procesów w żywych komórkach-nagroda nobla
1941-pierwszy mikroskop z kontrastem fazowym(carl zeiss)
1931- knoll i ruska-prototyp m.elektronowego
1981 binindgerd i roher heinrich-skaningowy obraz obiektów(nagroda nobla)
Mikroskopy elektronowe-podstawowa wada, niemożliwa obserwcja ruchów charakteryzujących żywe komórki(żywe komórki giną w próżni)
Ciągle doskonalenie mikroskopóe optycznych, zastosowanie technologii i kamer o lepszej rozdzielczości
Mikroskopy
Zdolność rozdzielcza mikroskopu jest to najmniejsza odległość dzieląca dwa punkty które w obszarze mikroskopowym dostrzegane są oddzielnie
Zdolność rozdzielcza mikroskopu świetlnego 0,2-0,25 μm
d= 0,61 λ/ A gdzie d-zdolność rozdzielcza,
λ-długość fali tworzącej obraz(np.swiatla dla m.optycznego 0,45-0,65 mikrom, dla m.elektronowego lambda=0,005nm
A- apertura numeryczna obiektywu mikroskopu A= n*sin a gdzie n-współczynnik załamania fali tworzącej obraz charakteryzujący środowisko zawarte między preparatem a soczewką optyczną( w m. świetlnych jest to szkło albo powietrze)
kąt pomiędzy osią optyczną obiektywu a najbardziej skrajnym promieniem wpadającym do jego soczewki czołowej przy prawidłowym zogniskowaniu układu
Mikroskop współczesny - dwa układy soczewek(obiektyw i okular) na jednej osi optycznej, składające się nawet z 10 różnych soczewek wykonanych ze specjalnych gatunków szkła
max. Powiększenie(120x obiektyw i 30 x okular)= 3600 razy. Przy tak dużym powiększeniu m. świetlnego obraz jest częściowo zniekształcony
Różne mikroskopy o specjalnej budowie do badań biologicznych, medycznych, meto fotograficznych i innych.
Nawet najbardziej udoskonalony mikroskop świetlny nie pozwala odróżnić szczegółów mniejszych niż 03 mikro m
M. świetlny nie pozwala badać wewnętrznej budowy materii oraz oglądać wirusów
Mikroskop elektronowy-rolę światła pełni wiązka elektronów, a soczewek optycznych- soczewki elektronowe jako obszary odpowiednich pól magnetycznych lub elektrycznych, powiększenie do miliona razy. 1931 ruska i knoll-prototyp; 1938 ruska –wersja uzyteczna w firmie Siemens
Współczesne mikroskopy elektronowe i jonowe(wiązka jonów) pozwalają dostrzec:
Mikroskopy jonowe powiększają do 10 mln razy- rozróżnia się pojedyncze atomy
Budowe wew. i zew. Różnych obiektów
Obrazy bakteriofagów i wirusów
Różnych molekuł
Ułożenie atomów w sieci krystalicznej
Podstawowa aparatura i sprzęt w laboratorium mikrobiologicznym
I. Mikroskopy optyczne-świetlne(zwykłe i stereoskopowe)
- z użyciem obiektywu immersyjnego(obiektyw największego powiększenia+ olejek cedrowy)
-mikroskop do oglądania w ciemnym polu widzenia(ultramikrosko
- mikroskop ultrafioletowy-zdolność rozdzielcza 0,1(0,08μm), granica sprawności teoretycznej mikroskopu optycznego
-m.fluorescencyjny- różnicowanie komórek martwych i żywych
-m.kontrastowo fazowy-obserwacja wewnętrznych struktur
-m.konfokalny-fluorescencjny z użyciem światła laserowego- do badań cytologicznych
II. Mikroskopy elektronowe
- zamiast światła widzialnego użyto strumień elektronów, zdolność rozdzielcza 0,2-1 nm(1nm=10^-9 cm)
-transmisyjny-powiększenie do 1mln razy
-skaningowy – powiększenie do 100 tys razy
-skaningowy-tunelowy
-jonowy- powiększenie do 10 mln razy
III.Mikroskop akustyczny
-fale świetlne zastapione przez fale dźwiękowe, zdolność rozdielcza do 1-2nm
IV.W skaningowym mikroskopie elektronowym , elektromagnetyczne soczewki służą jedynie do uformowania intensywnej wiązki elektronów, wkupiając je na powierzchni preparatu w plamkę o bardzo małej średnicy
-wiązka taka odchylana w regularny powtarzalny sposób, omiata wybrany na preparacie prostokątny obszar, linia po linii, podobnie jak wiązka elektronów w kineskopie
-w każdym punkcie na który pada wiązka elektronów część z nich się rozprasza, inne wnikają w próbkę i oddziałując z jej atomami powodują emisję wtórnych elektronów, promieni rentgenowskich i światłą widzialnego
Odmiany mikroskopów świetlnych
Technika ciemnego pola
Wykorzystuje się zjawisko dyfrakcji(ugięcia) promieni świetlnych padających na obiekt o bardzo małych rozmiarach
Przykład-dostrzeganie drobnych cząstek kurzu jeżeli znajdują się w smudze światła wpadającego przez szczelinę w zasłonie okiennej-warunek obserwacji-spoglądanie na smugę światła z boku, tak aby była widoczna na ciemnym tle
Mikroskopowanie w ciemnym polu umożliwia dostrzeżenie cząstek o wymiarach poniżej zdolności rozdzielczej układu optycznego
Metodę ciemnego pola stosuje się głównie do obserwacji drobnoustrojów obecnych w płynach ustrojowych
Mikroskop kontrastowo-fazowy
Siatkówka oka reaguje na : a) długość fali świetlnej(odbierana jako barwa) b) amplitudę(0dbieraną jako stopień jasności)
Siatkówka oka nie reaguje na fazę fali świetlnej
Różne struktury obecne w preparacie powodują odmienne przesunięcie fazy fali świetlnej
W m. kontrastowo-optycznycm zastosowano specjalny układ optyczny, który przesunięcie fazy fali świetlnej przekształca w zmianę amplitudy
Struktury obecne w preparacie dostrzegane są w postaci skontrastowanej-jako ciemniejsze i jaśniejsze
Technika stosowana do badania hodowli komórkowych(komórek nie zabarwionych) oraz w preparatach słabo zabarwionych do wzmocnienia kontrastu (metody biochemiczne)
Mikroskop interferencyjny
przekształca różnicą faz świetlnych w różnice ich amplitud
służy do kontrastowania obrazu, analizy ilościowej suchej masy badanych struktur oraz do określania grubości skrawków
Mikroskop polaryzacyjny
Wbudowane dwa pryzmaty(polaryzator i analizator) lub siatki polaryzacyjne powodujące polaryzację światła
Obiekty widoczne jako jasne na ciemnym tle-do analizy preparatów histopatologicznych
Optyka Nomarskiego
Specjalne systemy optyczne które są modyfikacją mikroskopii kontrastowo-fazowej i interferencyjnej
Pozwala na wzmocnienie kontrastu nie zabarwionych stuktur komórkowych i uzyskanie ich plastycznego, prawie trójwymiarowego obrazu
Mikroskop fluorescencyjny
Fluorescencja- właściwości niektórych substancji chemicznych do emitowania światła widzialnego pod wpływem naświetlania promieniami UV
Właściwości fluorescencji maja m.in. substancje obecne w komórkach i tkankach np. porfiryny, witamina A, chlorofil oraz specjalne barwniki
Obraz w mikroskopie fluorescencyjnym jest niejako negatywem obrazu z typowego m. świetlnego- na ciemnym tle widoczne są świecące(fluoryzujące) struktury komórkowe i tkankowe
Źródłem światła jest specjalna żarówka(żarnik rtęciowy) emitująca promieniowanie UV
Mikroskop konfokalny(współogniskowy)
Konfokalny, skaningowy mikroskop świetlny przepuszcza promienie świetlne wyłącznie z płaszczyzny formowania obrazu, eliminując światło pochodzące z warstw poniżej i powyżej preparatu
Umożliwia obserwację „optycznych przekrojów” preparatu w ścisle określonej płaszczyźnie
Źródłem światła jest laser emitujący wąski promień tworzący plamkę o średnicy 0,1 μm(teoretyczna zdolność rozdzielcza)
Plamkę można przesuwać ze znaczną szybkością, kreśląc równoległe linie pokrywające preparat. Taki sposób zbierania informacji z powierzchni nosi nazwę skanowania
Zsynchronizowanie zmian położenia oświetlenia preparatu i układu tworzącego obraz(wspólne ognisko- współogniskowy) pozwala na oglądanie kolejnych warstw preparatu co 1-2 μm
Obraz jest rejestrowany elektronicznie i wyświetlany na monitorze np.odtwarzanie trójwymiarowej struktury preparatu
Mikroskop odwrócony
Niektóre preparaty biologiczne wymagają mikroskopowania od dołu np. hodowle w płaskich naczyniach szklanych , w których komórki osiadają na dnie
Układ optczny odwrócony o 189 stopni – źródło światła i kondensor w górnej części mikroskopu , a obiektyw w i okular w dolnej
Podstawowa aparatura i sprzęt mikrobiologiczny:
wagi techniczne, analityczne
Wytrząsarki, pehametry, manometry
Termostaty, suszarki
Chłodnie, zamrażarki i komory zimna
Wirówki, ultrawirówki i homogenizatory
Fermentory i bioreaktory
Anearostaty
Pompy próżniowe i dozujące
Filtry zwykłe i bakteriologiczne
Aparaty do liczenia kolonii
Worteksy – mieszarki do próbówek
Autoklawy i lampy bakteriologiczne
Boksy do posiewów lub komory laminarne
Liofilizatory, chromatografy gazowe i cieczowe
Spektrofotometry i mikroskopy
Inny sprzęt laboratoryjny
Bezpieczeństwo pracy z drobnoustrojami (ryzyko mikrobiologiczne)
-laboratoria w obszarze gospodarki żywnościowej
-laboratoria mikrobiologiczne i biotechnologiczne szkół wyższych, instytutów naukowo-badawczych
-laboratoria służby zdrowia, jednostek kontrolnych i wojskowe
konieczna znajomość zasad postępowania z drobnoustrojami celem zachowania bezpiecznej pracy dla ludzi środowiska |
---|
Skutki działania drobnoustrojów są funkcją:
-gęstości populacji
-wrażliwości osób i stanu fizjologicznego organizmu
-warunków środowiska
ryzyko mikrobiologiczne jest powodowane przeniknięciem mikroorganizmów do otoczenia i jego zakażeniem bezpośrednim lub pośrednim
przestrzeganie Zasad Dobrej Techniki Mikrobiologicznej (DTM)
wyróżnia się 4 grupy ryzyka mikrobiologicznego w zależności od patogenności mikroorganizmów dla ludzi, zwierząt i roślin, szybkości rozprzestrzeniania się w środowisku oraz dostępnych metod leczenia
Grupa 1 – mikroorganizmy nie powodujące chorób u ludzi, jednak stanowiące potencjalne zagrożenie
Grupa 2 –mikroorganizmy mogą być przyczyną zachorowań, ale nie rozprzestrzeniają się w środowisku (społeczeństwie), stanowią zagrożenie potencjalne
Grupa 3 – mikroorganizmy, które mogą powodować ciężkie schorzenia i stanowią istotne zagrożenie poprzez rozprzestrzenianie się np. bakterie Bacillus anthracis (wąglik), Pseudomonas, Yersinia pestis (dżuma), Brucella sp. (bruceloza) czy też wirusy pryszczycy
Grupa 4 – mikroorganizmy powodujące ciężkie schorzenia i zagrożenia życia, rozprzestrzeniające się w środowisku, trudno poddające się leczeniu, np. wirus Ebola, Lassa, Marburg (gorączka krwotoczna), Clostridium botulinum (toksyna botulinowa), Ricinum communis (toksyna rycynowa)
Bezpieczeństwem pracy z drobnoustrojami zajmują się między innymi:
Światowa Organizacja Zdrowa (WHO)
Międzynarodowa Unia Towarzystw Mikrobiologicznych (JUMS)
Federacja Europejskich Towarzystw Mikrobiologicznych (FEMS)
Europejska Federacja Biotechnologów (EFB)
Europejska Wspólnota Gospodarcza (EWG)
Obszary zainteresowań:
patogenność
efekty toksyczne i uczuleniowe
skażenie środowisk naturalnych
zagrożenie wynikające z otrzymania i stosowania mikroorganizmów genetycznie modyfikowanych
Zarys kursu podstawowego dla DTM
Problemy ogólne
1. Źródła laboratoryjnych zagrożeń
2.Zagrożenia laboratoryjne:- biologiczne, chemiczne, fizyczne, elektryczne
3.Obowiązki i prawa pracowników w zakresie DTM
Czynności przygotowawcze
1.wyposażenie laboratorium
2.higiena osobista
3.odzież ochronna
Czynności przy prowadzeniu doświadczeń
1.stosowanie pipet automatycznych lub wspomaganych mechanicznie
2.minimalizowanie tworzenia aerozoli
3.właściwe korzystanie z boksów do prac biologicznych
4.właściwa obsługa autoklawów i urządzeń sterylizacyjnych
Czynności ratunkowe
1.pierwsza pomoc
2.likwidowanie materiału, lokalne procesy odkażenia
3.wypadki i przeciwdziałanie
Ogólne przepisy laboratoryjne
1.przechowywanie materiału stanowiącego zagrożenie
2.transport tego materiału
3.opanowanie i opiekowanie się zwierzętami laboratoryjnymi
4.kontorla przeciwdziałania obecności roztoczy, insektów itp.
Procedury kontrolne
1.dotyczące gospodarki odpadami – sterylizacja, pasteryzacja
2.procedura odkażania
Endospory
Zdolność do wytwarzania endospor ma tylko mała grupa bakterii
Prawie wszystkie bakterie przetrwalnikujące maja kształt cylindryczny i G+
Większość z nich to bakterie ruchliwe o urzęsieniu perytrychalnym
Gatunki z rodzaju Bacillus są bezwzględnymi i względnymi tlenowcami
Clostridium i Desulfotomaculum- beztlenowce
Inne: Sporosarcina, cechy fizjologiczne zbliżone do Bacillus oraz Sporolactobacillus- gr. Bak. Mlekowych
Bakterie przetrwalnikujące mają stosunkowo małą zawartość GC
Stosunek G+C/A+T w kw.nukleinowcyh dla różnych gatunków bakterii jest różny, jednak dla danego gatunku jest stały
Endospory w mikroskopie optycznym silnie hamują światło i można je łatwo rozpoznać-duża ilość białka skondensowana małej objętości
Przetrwalnik zawiera prawie całą suchą masę komórki macierzystej, a objętość jest ok.10 razy mniejsza
Utrwalony preparat bakterii zabarwiony na gorąco fuksyną karbolową- endospory wybarwią się
Powstawanie endospor
Endospory powstają wewnątrz komórki bakteryjnej. Proces ich tworzenia rozpoczyna się od nagromadzenia substancji białkowej wzrost stopnia załamania światła
W ciagu pierwszych kilku godzin sporulacji większość białek komórki macierzystej ulega rozkładowi. zachodzące przemiany metaboliczne odbywają się kosztem materiałów zapasowych-kwasu poli beta hydroksymasłowego u tlenowców i polisacharydów u beztlenowców
Tworzy się kwas dipikolinowy- umiejscowiony w protoplastach
Sporulacja jest złożonym procesem różnicowania u bakterii
1. Specyficzny tzw. nierówny podział komórki- przewężenie błony cytoplazmatycznej i oddzielenie części protoplast od komórki macierzystej. Protoplast zawiera część materiału genetycznej(jeden genom)
2. Stopniowe otaczanie protoplastu spory przez błonę cytoplazmatyczną komórki macierzystej
3. W wyniku otoczenia protoplast spory jest otoczony dwiema błonami cytoplazmatycznymi, które biorą udziął w syntezie ściany przetrwalnika
4. Błona protoplastu spory syntetyzuje ścianę przyszłej kiełkującej komórki, a błona komórki macierzystej syntetyzuje do wnętrza tzw. korteks.
Korteks składa się z wielu warstw peptydogikanu, który ma inny stopień usieciowienia od mureiny komórek wegetatywnych
U niektórych bakterii (bacillus cereus) komórka macierzysta tworzy jeszcze dodatkową osłonę polipeptydową tzw. egzosporium
Inicjacja sporulacji:
Brak substancji odżywczych lub nagromadzenie produktów przemiany materii
Przeniesienie do wody destylowanej
Podgrzanie do temperatury ok. 100 st C
Właściwości endospor:
Endospory zostają uwolnione po autolizie komórki wegetatywnej
Odporność na ogrzewanie, promieniowanie i inne czynniki
Odporność wynika głównie z małej zawartości wody np. spory. Bacillus megaterium ok. 15% oraz obecności kwasu dipikolinowego
Osłony endospor zawierają mostki dwusiarczkowe, białka bogate w cysteinę , podobne do keratyny
Osłony nieprzepuszczlane dla wielu związków chemicznych
Kiełkowanie endospor:
Uwodnienie i pęcznienie
Pogrzewanie
Obecność glukozy, aminokwasów, nukleozydów i innych substancji
W czasie kiełkowania utrata suchej masy spory o 25-30 %
Kiełkująca komórka wydostaje się biegunowo lub bocznie rozrywając osłony. Otoczone jest bardzo cienką ścianą komórkową
Przeżywalność endospor:
Niektóre endospory w wysuszonej glebie od 50 do 1000lat Bsubtlis, licheniformis, coagulans, circulans
Inne formy przetrwalne:
Nieliczne bakterie mają zdolność tworzenia innych form przetrwanych, które nie maja wyspecjalizowanych struktur(korteks, płaszcz spory) i wykazują mniejszą odporność na czynniki środowiskowe
Egzospory- w wyniku tworzenia przegród i fragmentacji strzępek(promieniowce) np. streptomyces oraz bakterie tworzące metan methylosius trichosporium(pączkowanie komórek)
Actinoplanes i pilimelia(ruchliwe, urzęsione promieniowce) tworzą zoospory w środku woreczka(sporangium)
Cysty- bakterie glebowe Azotobacter vivelandii lub methylocystis
Mikrospory z rodzaju Myxococcus i sporocytophaga
Inne zróżnicowane struktury np. arthrobacter globiformis- komórki cylindryczne i koloidalne
Niektóre sinice wytwarzają akinety o zgrubiałej ścianie, hetero cysty i inne
W3 – WIRUSY
Wirusy-(łac. Virus –jad, trucizna) to zakaźne cząsteczki zbudowane z kwasów nukleinowych i białek o bezwzględnie pasożytniczym trybie życia lub cząstki infekcyjne nie mające zdolnośći samodzielnego powielania się (def.tuszyna)
Wirusy bakteryjne noszą nazwę bakteriofagów lub fagów
Naturalnymi gospodarzami dla wirusa są rośliny, zwierzęta i mikroorganizmy
Wirus poza komórką nazywamy winionem lub cząsteczką wirusową zdolną do infekcji
Nie są zdolne do reprodukcji poza żywą komórką gospodarza
Zawierają tylko jeden rodzaj kwasu nukleinowego- albo DNA albo RNA i białkowy płaszcz o nazwie kapsyd
Wielkość od 20 nm(najmniejsza do 400nm długości)
Pochodzenie wirusów- prawdopodobne teorie:
Pozostałości pierwotnych, bardzo prostych organizmów
Uproszczone organizmy pasożytnicze
Powstawanie wirusów z ruchomych elementów genetycznych zwanych transpozonami
BUDOWA
Bakteriofag ma zwykle materiał genetyczny w postaci dwuniciowego DNA otoczonego kapsy dem(płaszcz białkowy) zbudowanym z licznych podjednostek białkowych(kapsomery), kwas nukleinowy wraz z kapsy dem stanowi strukturę nukleokapsydu i tworzy główkę faga.
Główka jest połączona z ogonkiem(struktura białkowa) na której jest płytka, włókna i szpilki ogonka(białko).Powyżej struktury odpowiadającej za adsorpcję faga do komórki bakteryjnej i wstrzyknięcie DNA
Najmniejszy genom wirusowy to 1104 par zasad a największy to 1,2 mln pz tj. dwa razy więcej niż najmniejszy genom bakteryjny(Mycoplasma genitalium- 580 tys pz)
Wykazują ogromną różnorodność biologiczną przejawiającą się w cechach morfologicznych(wielkość, rodzaj symetrii, obecność lub brak ogonka) i genetycznej(rodzaj kwasu nukleinowego i wielkość genomu)
Wirusy zwierzęce i ludzkie(komórek eukariotycznych)
Cechy stosowane w klasyfikacji wirusów zwierzęcych:
- obecność lub brak osłonki
- kształt wirusa np. ikosaedralny, nitkowaty
- cechy charakterystyczne wirusowego genomu
- RNA lub DNA jednolicowy lub dwuniciowy, liniowy lub kolisty, segmentowany lub niesegmentowany
- sposób rozprzestrzeniania się np. owady
Genom wirusowy:
Materiał genetyczny(genom)wirusa zawiera wszystkie informacje do replikacji oraz biosyntezy białek strukturalnych i enzymatycznych niedostępnych w komórce gospodarza, a potrzebnych do rozwoju wirusa
Podstawowa klasyfikacja: RNA wirusy w tym retrowirusy, DNA wirusy
Według postaci kwasów nukleinowych:
Jednoniciowy np.RNA wirus polio lub wirus wścieklizny
Dwuniciowy np. wirus RNA – wirus gorączki kleszczowej
Kolisty dwuniciowy np. wirus zapalenia wątroby typu B lub wirus opryszczki
Liniowy
Segmentowany- karłowatość ryżu lub np.wirus grypy
Strategie rozwojowe
Szybkie namnażanie wirusa, uwolnienie do środowiska dużej ilości cząstek potomnych które powodują śmierć zainfekowanych komórek gospodarza
Strategia cyklu litycznego charakteryzuje wirusy zjadliwe(większość eukariotycznych i bakteriofagów)
Druga strategia polega na długim utrzymywaniu się wirusa w zainfekowanej komórce bez jej uśmiercania , integracja DNA wirusa z genomem gospodarza. Takie wirusy nazywamy pro wirusami w komórce lizogennej
Konwersja lizogenia-uzyskanie nowych właściwości np.chorobotwórczych przez bakterie po zakażeniu fagiem
Taka strategia nosi nazwę cyklu lizogennego i cechuje twz. Wirusy łagodne np. niektóre bakteriofagi
Niektóre wirusy np.retrowirusy mają zdolność do rewersji i przechodzą z cyklu lizogennego w lityczny powodując śmierc komórki
Etapy infekcji wirusowej
Adsorpcja-przyłączanie się wirusa do komórki wrażliwej. następuje fizyczny kontakt między receptorami danej tkanki i białkami receptorowymi wirusa. jest to reakcja selektywna tzw. tropizm tkankowy-powinowactwo wirusa do danej tkanki. tylko niektóre wirusy mogą infekować różne bakterie czy tkanki tzw. szeroki zakres gospodarza
Wnikanie wirusa do komórki gospodarza może odbywać się wg 3 schematów
Translokacja- wstrzyknięcie materiału genetycznego do komórki gospodarza pusty kapsyd pozostaje na zewnątrz(wirus polio i bakteriofagi)
Endocytoza(wirus HIV oraz grypy)
Fuzja osłonki wirusowej z błoną cytoplazmatyczną ( wirus opryszczki)
Okres utajenia- miedzy zakażeniem a pojawieniem się potomnych cząstek wirusowych
Transkrypcja genów wirusowych. Wg określonej kolejności(geny enzymow, białe itp.)
Replikacja- powielenie materiału genetycznego
Składanie i dojrzewanie cząstek wirusowych. Białkowe podjednostki składają się w kapsyd i upakowanie w nim winionu
Faza uwalniania. Cząstki wirusowe zostają uwolnione do środowiska. najczęściej następuje zniemczenie ściany i błony komórkowej(bakteriofagi i wirusy roślinne) lub błony komórkowej(wirusy zwierzęce)
Detekcja wirusów
Wirusy są najliczniejszą formą „zycia” w biosferze , występują we wszystkich środowiskach, jednak ich czas przetrwania jest ograniczony. Łączna liczba bakteriofagów na ziemie szacowana jest na 10 ^31
Obserwacja w mikroskopie elektronowym o dużej rozdzielczości
Detekcja aktywności biologicznej wirusa. Wykrywanie zmian biochemicznych w komórce gospodarza np. zmiana kształtu i wielkości komórek, zmiana przepuszczalności błon,liza komórek, apoptpza
Techniki immunofluorescencyjne sluzą do detekcji antygenów wirusowych
Metoda bezpośrednia-przeciwciała znakowane cząsteczkami fluoryzującymi wiążą się bezpośrednio z poszukiwanym antygenem wirusowym
Metoda pośrednia- dwa rodzaje przeciwciał, pierwsze wiąze antygen i ten kompleks wiąze drugie przeciwciało z barwnikami
Wynik reakcji- świecenie kompleksu w świetle ultrafioletowym w mikroskopie lub cytometrze przepływowym
Technika PCR-łańcuchowa reakcja polimerazy, która umożliwia detekcję kwasu nukleinowego
Test ELISA- test immunoenzymatyczny, umożliwiający detekcję antywirusowych przeciwciał bądź antygenów wirusowych
Rozprzestrzenianie wirusów:
Transfer horyzontalny- wirus przedostaje się do komórki z komórki innego gospodarza
Transfer pionowy- wirus przekazywany z komórki rodzicielskiej do komórki potomnej
W rozprzestrzenianiu genów przez wirusy istotną rolę odgrywa transdukcja- przenoszenie DNA komórki do komórki z udziałem faga. Fag może zapakować w swój kapsyd także fragment DNA gospodarza
Oddziaływanie wirusów:
Szybkie rozmnażanie oraz zdolność do rozprzestrzeniania się w przyrodzie stanowi istotne zagrozenie dla organizmów żywych
Wirusy bakteryjne poprzez infekcje komórek bakterii wykorzystywanych w procesach technologicznych
Choroby wirusowe zwierząt:pryszczyca, wścieklizna, nosówka, grypa Świn, ptaków, rak kur i inne
Choroby wirusowe rośłin, wirusy ziemniaka, tytoniu, kalafiora, ogórka, pomidorów. Wirus mozaiki tytoniu może stanowić do 10% suchej masy rośłiny
Infekcje wirusowe i schorzenia ludzi: ospa, choroba Heinego medina, paraliż dziecięcy, żółta febra, kleszczowe zapalenie mózgu ,gorączka krwotoczna
Ochrona: szczepionka, interferony-specyficzne białka chroniące komórkę przed infekcją wirusową wytworzone przez komórki zaatakowane wirusem
Wiriody:
Struktury składające się z bardzo małej kolistej jednoniciowej cząsteczki RNA która nie jest okryta płaszczem białkowym
Nie zawierają sekwencji kodujących białka a do replikacji wykorzystują wyłącznie potencjał enzymatyczny gospodarza
Są najmniejszymi patogenami wywołującymi skażenia roślin. Cząsteczka RNA (wielkość genomu) zawiera od 220 do 600 nukleotydów
WIRUSY
Odtwarzalne cząstki zakaźne z pogranicza organizmów żywych i materii nieożywionej
Nie mają budowy komórkowej, charakteryzują się uporzadkowaną, celowo zorganizowaną strukturą, która może być odtworzona w dużej liczbie egzemplarzy ale tylko w żywych komórkach gospodarza
Bezwzględne pasożyty bytujące w tkankach zwierząt, roślin i i drobnoustrojów(fagi)
Wirusy bakteryjne- bakteriofagi, promieniowców- aktynofagi, glonów- algo fagi
Znaczenie w biotechnologii:
Powodują trudne do zwalczania infekcje w procesach mikrobiologicznych
Poprzez „namnażanie” wytwarzanie szczepionek uodparniających ludzi i zwierzęta przeciw chorobom wirusowym
Wykorzystanie w inżynierii genetycznej do konstruowania wektorów służących do wprowadzenia informacji genetycznej
Priony:
Białkowy czynnik infekcyjny, występuje głównie w komórkach nerwowych, glikoproteid o strukturze przestrzennej sfałdowanej wstęgi, odporny na działanie endogennych proteaz, gromadzi się w komórce powodując jej śmierć co jest bezpośrednią przyczyną wytworzenia struktury gąbczastej w tkance nerwowej(choroby prionowej)
Zmiana struktury λ-helic(spirala) jaka występuje w warunkach fizjologicznych na strukturę płaskiej wstęgi jest prawdopodobnie wynikiem kontaktu białka prawidłowego z patologicznym powstałym jako skutek spontanicznej mutacji lub które dostało się do organizmu z pożywieniem lub przeszczepem
Materiałem szczególnego ryzyka jest mózg i zwój nerwowy korzenia grzbietowego tj. tzw rdzeń przedłużony bydła. Odpady wysokiego ryzyka powinny podlegać utylizacji przez spopielenie.
Niektóre priony zawierają także kwasy nukleinowe o krótkiej sekwencji nukleotydowej, które nie mogą kodować białek
Priony potrafią się powielać lecz nie zawierają żadnych cech dziedzicznych
Białka prionowe katalizują zmianę konformacji „zdrowej” formy białka na konformację prionową
Choroby: gąbczasta encefalopatia( zapalenie mozgu zwierząt), choroba wściekłych krów BSE.te same białka prionowe mogą wywoływać u ludzi chorobę Krautzfelda-Jacoba; trzęsawka u owiec; człowiek- urata koordynacji ruchów prowadząca do otępienie i śmiertelna bezsenność rodzinna-dziedziczna choroba mózgu oraz kuru-choroba kanibali
Polska Kolekcja Mikroorganizmów PCM Polish Collection od Microorganisms
Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej we Wrocławiu PAN
Zbiór szczepów bakteryjnych oraz bakteriofagów
Zarejestrowana z ŚwIatowej Federacji Kolekcji Drobnoustrojów(WFCC nr 106) oraz Europejskiej Organizacji Kolekcji Drobnoustrojów (ECCO)
Światowa Organizacja Własności Intelektualnej- WIPO-Worls Intelectual Property Organization-
W oparciu o istniejącą bazę kolekcji, kadrę naukową i możliwości techniczne przyznała kolekcji PCM status międzynarodowego ośrodka depozytowego do celów postępowania patentowego IDA International Deposity Authority
Status krajowego organu depozytowego o znaczeniu przemysłowym(produkcyjne szczepy bakteryjne)
Kolekcja PCM została założona w 1967 jako jedno z laboratoriów Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej posiadającej własny status.
Kolekcja ma w swoich zbiorach około 3000 szczepów bakteryjnych które przynależą do 83 rodzajów i 298 gatunków o charakterze medycznym i ogólnym oraz szczepy patentowe
Kolekcja zawiera szczepy do testowania aktywności antybiotyków, środków dezynfekcyjnych, mutagenów, lizozymu, fagocytów do testowania cytozyny, uracylu, witamin, do wiązania haptoglobin ,szczepy wytwarzające antybiotyki, enzymy, białko A, etanol, substancjie immunologicznie czynne, toksyny, witaminy, szczepy degradujące fenol, toluen, cyjanki i inne
Kolekcja ma m. In. Jeden z najbogatszych na swicie kompletnych zbiorów Escherichia,Hafnia, Citrobacter, Plesiomonas, Shigella, Salmonella, Staphylococcus, Streptomyces
Szczepy w kolekcji weryfikuje się w zależności od potrzeb na żywotność, stałość cech morfologicznych, fizjologicznych, genetycznych
Materiał jest zabezpieczony przez liofilizację i głębokie zamrożenie .inwentaryzajca jest prowadzona komputerowo w rejestrze pisemnym
Szczepy w kolekcji weryfikuje się
W Kolekcji znajduje się 300 fagów swoistych dla bakterii patogennych, przede wszystkim z rodzaju Staphylococcus, Pseudomonas, Shigelle, Escherichia, Klebsiella
Jest to jedna z ważniejszcych kolekcji bakteriofagów w Europie, trzecia po VKPM- Rosja 1400 fagów i NCCB-Holandia 600 fagów
Bakteriofagi do eksperymentalnego leczenia zakażeń bakteryjnych w których zawodzi terapia chemioterapeutykami i antybiotykami
Prowadzone są badania nad immnunoregulatorowym działaniem bakteriofagów na układ immunologiczny oraz nad ich rolą w chorobach infekcyjnych i odporności
Międzynarodowe depozyty mikroorganizmów dotyczą nie tylko drobnoustrojów gdyż ta nazwa jest umowna ale również obejmuje glony, wirusy zwierzęce i roślinne, bakterie, fagi, embriony, DNA, RNA, grzyby, linie komórkowe, hybrydy, onkogeny, plazmidy, pierwotniaki, nasiona
Obecnie 34 kolekcje w 20 krajach mają status IDA przy czym 22 z tych kolekcji znajdują się w Europie. Ilości przyjmowanych drobnoustrojów są różne od kilki do kilkuset depozytów rocznie w różnych krajach
Traktat Budapesztański o międzynarodowym uznawaniu depozytu drobnoustrojów w celu postępowania patentowego oraz regulamin wykonawczy został sporządzony w Budapeszcie dnia 20.04.1977 i poprawiony 26.09 1980 i podpisany przez prezydenta RP. Traktat został ratyfikowany przez 45 państw i kilka międzynarodowych organizacji własności przemysłowej
Mikroorganizmy składa się w depozyt na okres nie krótszy niż 30 lat; jednorazowa opłata za przechowywanie mikroorganizmu w depozycie wynosi 1200 złotych za wydanie świadectwa żywotności 40 zł a za dostarczenie próbki mikroorganizmu 100 zł
Minimalna liczba próbek bakterii jaką powinien dostarczyć deponujący wynosi 10 próbek zliofilizowanych na podłożu hodowlanym lub zamrożonym (po 05 ml) a w przypadu bakteriofagów przynajmniej 10^9 pfu/ml, 10x10 ml lub 2x 5 ml lizatu wolnego od komórek. Bakteriofagu należy dostarczyć wraz z odpowiednim szczepem gospodarza
Organizacje międzynarodowe
WFCC- World Federation for Culture Collection
ECCO- European Culture Collection Organisation- zrzesza 61 członków z 22 krajów europejskich
FEMS-European Microbiological Societes
IUBS- International Union of Biological Sciences
IUMS- International Union of Microbiological Societes
WDCM- World Data Center for Microorganisms
NIG- National Institute of Genetics(Japan)
ATTC-American Type Culture Collection
Ogólna ilość szczepów w kolekcjach wynosi 400 00:
drożdże
pleśnie
Bakterie i archeony
Bakteriofagi
Komórki zwierzęce i roślinne
Komórki ludzkie
Linie komórkowe
Plazmidy
Rekombinowane DNA
Wirusy
Algi i nn
Kolekcja szczepów bakteryjnych
Zbiór mutantów w genach zaangażowanych w szereg procesów komórkowych(replikacja DNA, metabolizm komórkowy np.metabolizm siarkowy, segregacja chromosomów w bakteriach, segregacja plazmidów
Zbiór szczepów wykorzystywanych do konstrukcji szeregu mutatów i mapowania mutacji
Szczepy stosowne do produkcji preparatów farmaceutycznych
Laboratoryjne szczepy bakterii patogennych
Zbiór szczepów bakterii mlekowych: bacillus subtilis ok.100
Enterococcus faecalis, Eshcerchia coli ok.1000. lactobacillus sp. L.casei, staphylococcus aureus,Lactococcus lactis, lactococcus cremoris, salmonella typhimurium
Kolekcje szczepów drożdżowych
Zbiór mutantów w genach zaangażowanych w szereg procesów komórkowych: replikacja DNA, naprawa DNA, segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych,transport wewnątzrkomórkowy
Kolekcja plazmidów
Plazmidy niosące sklonowane geny służące do badania różnych procesów komórkowych( replikacja DNA, naprawa DNA, segregacja plazmidów, transport wewnątrzkomórkowy
Plazmidy niosące fragmenty genomów bakteriofagów P7
Plazmidy niosące fragmenty plazmidów klinicznych o szerokim spektrum oporności
Wektory liniowe
Wektory ekspresyjne
Kolekcja założona w roku 1995 w Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek kierowanym przez prof. Walerię Hrynkiewicz stanowiącym po połączeniu z Instytutem Leków część NIZP a następnie NIL w postaci:
Zakładu Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej
Zakładu Profilaktyki Zakażeń Szpitalnych
Zakładu Mikrobiologii Molekularnej i Samodzielnej Pracowni Wirusologii
Znaczenie kolekcji
Kolekcja jest unikatowym zbiorem tego typu nie tylko w skali kraju ale i regionu Cetralnej i Wschodniej Europy. Jest to jedyna kolekcja o takiej skali prowadzenia na tym obszarze w której znaczna część szczepów jest scharakteryzowana pod względem oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki, a także zbadana metodami biologii molekularnej pod względem wzajemnego pokrewieństwa posiadanych mechanizmów zjadliwości i oporności na leki
Podstawowe fakty
Kolekcja liczy blisko 30 000 unikatów
Międzynarodowe szczepy referencyjne..nie mogę się odczytac
Bezpieczeństwo kolekcji staramy się zapewnic poprzez:
-utrzymanie kolekcji w głębokim zamrożeniu(- 70 st C)
-bankowanie szczepów w 2 a w części w 4 powtorzeniach (każde w innej zamrażarce)
-liofilizację szczepów najwrażliwszych i najważniejszych
-klimatyzację pomieszczenia zamrażania
-wykorzystanie systemów podtrzymywania temperatury poprzez rozprężanie CO2
Wobec przychodzącego materiału:
- sprawdzana jest czystość mikrobiologiczna
-często potwierdzana jest przynależność gatunkowa
-wpis do ksiązki laboratoryjnej
-określana jest lekowrażliwość (metodą krążkową lub określenie MIC)
-dalsza charakterystyka z wykorzystaniem PCR sekwencjonowanie lub rflp hybrydyzacja
Kolekcja prze wiele lat finansowana ze środków Ministerstwa Zdrowia jako Specjalne Urządzeine BaDawcze MIKROBANK
Sukcesy i osiągniecia:
Kolekcja istnieje już 11 lat
Stopień bezpieczeństwa kolekcji można uznać satysfakcjonujący
Pracownicy zespołu prowadzą:
- Krajowy Osrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnej Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego
-krajowy osrodek referncyjny (nie doczytam)
Kolekcja Drobnoustrojów Przemysłowych- Instytut Technologii Fermentacji i Mikrobiologii Politechniki Łódzkiej Łock 105
Kolekcja Czystych Kultur ŁOCK 105 została zorganizowana w 1951 przez pro. Dr Jadwigę jakubowską w katedrze Mikrobiologii Technicznej politechniki łódzkiej
Kolekcja jest zarejestrowana pod numerem 105 w katalogu kolekcji światowych World Deirectory of Collections of Cultures od Microorganisma(WDCC) wydanym przez Światową Federację Kultur WFcc- MIRCEN – wordl data for microorganisms
Na zbiory Kolekcji składają sie szczepy drożdży (280) grzybów strzępkowych (200), oraz bakterii (151)Zasoby te są sukcesywnie wzbogacane w nowe odmiany izolowane ze środowisk naturalnych.
Kolekcja LOCK105 wspolpracuje z osrodkami badawczymi, zakładami przemysłowymi i wyższymi uczelniami dostarczając dla nich potrzeb technologicznych badawczych i dydaktycznych odpowiednie mikroorganizmy
KOLEKCJA KULTUR DROBNOUSTROJOW PRZEMYSLOWYCH
Instytu biotechnologii przemysłu rolno-spożywczego w warszawie
Kolekcja kultur powstała w 1950 r
2500 kultur drobnoustrojow, glownie o znaczeniu przemysłowym
Rolą kolekcji jest przechowywanie drobnoustrojów w warunkach zapewniających im wysoką przeżywalność i zachowanie aktywności biologicznej oraz udostępnianie zarówno informacji o szczepach jak i samych szczepów a także dokumentowanie charakterystyki szczepów
ZASOBY kolekcji
- drozdze winiarskie, piwowarskie, gorzelnicze, piekarskie, paszowe
- Grzyby strzępkowe wytwarzaja min enzymy proteolityczne, lipolityczne, pektynolityczne, cellulolityczne, glukoamylaze i inne
- Bakterie fermentacji mlekowej octowej i dekstranotworcze
- Izolaty środowiskowe
- Mikroorganizmy zakażające zywność
w kolekcji zidentyfikowano 2500 szczepow mikroorganizmów zidentyfikowanych metodami mikrobiologii klasycznej. Identyfikacja powinna być potwierdzona metodami biologii molekularnej. Na identyfikację i włączanie do kolekcji czeka az. 500 liofilizatów
mikroorganizmy przechowywane są w formie zliofilizowanej. Stosowane są także metody kriogenne( - 80- -190 st)
w grudniu 200 WIPO nadała kolekcji IBPRS uprawnienia Międzynarodowego Organu Depozytowego(depozyty przechowywane na zasadzie traktatu budapesztańskiego)
pod koniec lat 60 powstało Światowe Centrum Informacyjne- World Data WDC; obecnie World Data Centre of Microorganisms( WDCM)
co roku sukcesywnie wydawane są katalogii z listą zasobów kolekcji światowych
pod numerem 212 zarejestrowano Kolekcję Kultur Drobnoustrojów Przemysłowych znajdującą się w Instytucie Przemysłu Fermentacyjnego (IPF)
po zmianie Nizwy instytutu zmienił się jej akronim z IPF na IAFB-Institute of Agriculture and Food Biotechnology
w WDCM dostępne są zarówno dane typu administracyjnego (baza Culture Collection Information CCINFO) o kolekcjach kutur jak i dane o zasobach mikroorgnizmów poszczególnych???
Pierwszą znaczącą europejską bazą danych była CABRI- Common Access to Biologicla Resources Information (1996-1999)
CABRI jest otwartą strukturą , pierwszym tak olbrzymim wirtualnym centrum kolekcyjnym dotyczącym mikroorganizmow .Rozszczerzeniem CABRI jest EBRCN- Sieć Europejskich Centrów Zasobów Biologicznych European Biological Resource Centre Network
Biotechnolodzy i mikrobiolodzy zobowiązani się do stosowania sprawdzonego materiału biologicznej jakim są szczepy mikroorganizmów przechowywane w odpowiednich warunkach.
Wartością SA nie tylko szczepy przechowywane w kolekcji, ale również informacje o ich dostępności
GOBALNA SIEĆ INFORMACJI O BIORÓZNORODNOŚCI GBIF- GLOBAL BIODIVERSITY INFORMATION FACILITY
Koncepcja utworzenia GBIF to wynik pracy ekspertów kilkudziesięciu krajów początkowo pod egidą MegScience Forum OECD (Organizacja Współpracy Gospodarczej i Rozwoju- Organization for Economic Co-operation and Development)
Formalnie GBIF rozpoczął swoją działalność w marcu 2001
Podstawowe cele GBIF
Zgromadzenie istniejących na świecie danych o bioróżnorodności w jednym spójnym systemie o zasięgu ogólno światowym
opracowanie i wdrożenie standardów dotyczących danych o bioróżnorodności oraz sposobów ich prezentacji
udostępnianie światowych danych o bioróżnorodność wszystkim zainteresowanym odbiorcom( w tym przede wszystkim pracownikom naukowym)
portal GBIF umożłiwia przeszukanie niemal 126 mln rekordów danych pochodzących z 201 źródeł informacji
obecnie w GBIF uczestniczy 47 krajów i 35 organizacji które we wspólnej deklaracji zobowiązały się do udostępniania danych o bioróżnorodności
polska przystąpiła do GBIF w marcu 2001 jako Członek Stwowarzyszony zobowiązując się tym samym d udostępnienia krajowcyh danych dotyczących bioróżnorodności oraz do utworzenia infrastruktury realizującej cele GBIF
Krjowa Sieć Informacji o Bioróznorodnosći(KSIB)
Sieć KSIB ma stukturę otwartą tzn, Mozę do niej przystąpić każda organizacja posiadająca jakiekolwiek dane o bioróżnorodności
Aktualnie KSIB zrzesza 27 uczestników
PRZECHOWALNICTWO MIKROORGANIZMÓW- KOLEKCJA CZYTSYCH KULTUR
Przechowywanie kultur drobnoustrojów
Poszukiwanie nowych szczepóe oraz ich ulepszanie
Klasyfikacja i identyfikacja drobnoustrojów
Badania nad doborem skutecznych etod przechowywania drobnoustr.
Prowadzenie działanosći usługowej dla nauki i przemysłu
Szczepy stosowane do badań anukowych powinny być deponowane w kolekcjach kultur
Przechowywane szczepy powinny być preparatai aktywnymi o stałych cechach fizologicznych i produkcyjnych
Pierwsza kolekcja powstala w 1904 roku w Holandii
Światowa federacje klutru drobnoustrojów(Japonia) World Federation of culture Collections – WFCC
WFCC zrzesza 60 krajów , razem 600 kolekcji
Informacja o kolekcjach w katalogu WFCC( World Directory of Collection Cultures od Microorganisms WDCC
WYBRANE KOLKCJE ŚWIATOWE
American Type Culture Collection ATCC gromadzi ok.40 tys szczepów drożdży, baterii I pleśni, powstałą w 1925 r.
Northern Regional Research Laboratory (Illinois- USA) ok 80 tys szczew drożdży, bakterii, grzybów i glonów
Cetraalbureau von Schinmelcultures w instytucie naukowym królewskiej akademii nauk i sztuki – Holandia ok. 32 tys szczepów grzybów strzępkowych i 5 tys szczepów drożdży+ porosty oraz materiał genetyczny mikroorganizmow
Deutsche Sammiung von Mikroorganismen Zelikulturen ok. 7500 szczepów drożdży, pleśni i bakterii oraz plazmidy i wirusy ok. 250 szczepów
The Departure of Culture Collection Rosyjskiej Akademii Nauk Pushchino ok 6 tys szczepów drożdży, bakterii i grzybów strzępkowych
National Collection of Type Cultures w Londynie ponad 4 tys szczepów bakterii
Czech Collection of Microorganism- Brno
Europejski Projekt Bazy Danych – Micorbial Internation Network Europe (MINE)
DROBNOUSTROJE PRZEMYSŁOWE OCENIANE NA PODSTAWIE
Wydajność i szybkość tworzenia produktu
Szybkość wzrostu
Stabilność genetyczna i fenotypowa
Wymagań pokarmowych i tolerancji na warunki środowiska
Czystość produktu i łatwość jego wyizolowania