W części pierwszej rozważane są pewne tradycyjne świadectwa z zakresu archeologii badającej kopalne kości i zachowanie narzędzia, a także brane są pod uwagę nowsze powody z zakresu biologii molekularnej. Podstawowe pytanie jakie autor zadaje nam na początku brzmi: jak wielkie są różnice genetyczne miedzy nami a szympansami, a tym samym w ilu procentach nasze geny różnią się od genów szympansów? Problem ten biolodzy molekularni rozwiązali dopiero w ciągu ostatnich kilku lat. Możliwe stało się opracowanie skali według której można przeliczyć dystans genetyczny na upływ czasu, dzięki czemu uzyskano przybliżoną odpowiedź na pytanie kiedy ludzie i szympansy oddzielili się od wspólnego przodka. Okazuje się, ze było to ok. 7 mln lat temu. To osiągnięcie dostarcza nam ogólnej oceny odległości genetycznej, natomiast nie mówi nic o tym na czym polegają specyficzne różnice między nami a szympansami, ani kiedy się one pojawiły. Odpowiedzi na to pytanie mogą nam dostarczyć wykopaliska które stanowią tradycyjny przedmiot badań antropologii fizycznej. Szczególnie ważny był wzrost wielkości naszego mózgu, zmiany szkieletowe związane z chodzeniem w pozycji wyprostowanej i zmniejszona grubość kości czaszki. Okazuje się jednak, że setki tysięcy lat temu po tym jak przeszliśmy większość zmian powiększenia mózgu, narzędzia kamienne były nadal bardzo prymitywne, a mózgi neandertalczyków zaledwie czterdzieści tysięcy lat temu, były większe niż dzisiaj. A zatem neandertalczycy byli tylko jednym z gatunków dużych ssaków. Te paradoksy są jeszcze ostrzejsze w świetle wniosków wyciągniętych ze świadectw biologii molekularnej. W ramach stosunkowo skromnej różnicy miedzy genami naszymi, a szympansów musiała być jeszcze mniejsza frakcja, która nie miała związku z kształtem naszych kości, ale odpowiedzialna była za wyraźne ludzkie atrybuty takie jak wynalazczość, sztuka, skomplikowane narzędzia. W Europie cechy te pojawiły się nagle i nieoczekiwanie w czasach kiedy miejsce neandertalczyków zaczęli zajmować ludzie z Cro – Magnon. Właśnie wtedy na dobre przestaliśmy być zaledwie jednym z gatunków dużych ssaków.

W rozdziale pierwszym autor każe nam zadać sobie pytania dlaczego małpy są pokazywane w klatkach, używane do eksperymentów medycznych, podczas gdy żadnej z tych rzeczy nie wolno czynić z ludźmi i czy zakładając, iż geny nasze a szympansów są podobne w 99, 9 procentach, nadal uważamy że eksperymenty przeprowadzane na szympansach są w porządku? Następnie przytacza odpowiedź iż można by pomyśleć, że małpy są „ zwierzętami”, a ludzie są ludźmi i tyle, oraz że kodeks etyczny nie powinien być rozszerzany na „zwierzęta”, bez względu na to w jakim stopniu ich i nasze geny są podobne. Jak autor sam uznaje jest to odpowiedź arbitralna jednakże konsekwentna i nie można jej łatwo odrzucić. Jednakże każde społeczeństwo ludzkie odczuwa głęboką potrzeba poznania naszego pochodzenia i dlatego właśnie przytacza nam opowieść o trzech szympansach, która jest Historią Stworzenia naszych czasów.

Należymy w sposób oczywisty do ssaków, grupy zwierząt które charakteryzuje chociażby posiadanie owłosienia czy karmienie młodych mlekiem. Pośród ssaków na pewno należymy do naczelnych, które obejmują małpy i małpy człekokształtne. Nie jest także trudno umiejscowić nas pośród małp, gdyż jesteśmy podobni bardziej do człekokształtnych niż do innych małp. Wydawać by się mogło, że anatomia porównawcza już rozstrzygnęła kwestie nasze podobieństwa czy też pokrewieństwa z człekokształtnymi. Z wyglądu najbardziej podobni jesteśmy do goryli i szympansów, jednak różnimy się od nich większym mózgiem, wyprostowaną sylwetką oraz znacznie słabszym owłosieniem. Jednakże po bliższym zbadaniu cechy te nie są decydujące. Zależnie od tego, które z nich biolodzy uważają za ważniejsze i jak je interpretują, różnią się poglądem na to, czy jesteśmy bliżej spokrewnieni z orangutanami, a szympansy i goryle odłączyły się od naszego pnia rodowego zanim my odłączyliśmy się od orangutanów czy odwrotnie. Większość biologów uważa jednak, że goryle i szympansy bardziej są podobne do siebie niż któreś z nich do nas, z czego wynika, że to my się oddzieliliśmy zanim goryle i szympansy oddzieliły się od siebie. Taki wniosek odzwierciedla pogląd że szympansy i goryle mogą być połączone w jedną kategorię zwaną „ małpami człekokształtnymi”, my zaś jesteśmy czymś innym. Jednakże ta różnica może wynikać również z tego iż goryle i szympansy niewiele się zmieniły od czasu kiedy mieliśmy z nimi wspólnego przodka. Rozwiązanie tych kwestii dotyczących naszego pochodzenia dała biologia molekularna zastosowana w taksonomii ptaków. Jednakże jest to dziedzina trudna z powodu ograniczeń anatomicznych narzuconych przez lot. Gdybyśmy wiedzieli ile zmian strukturalnych zachodzi przeciętnie na każdy milion lat moglibyśmy użyć dzisiejszej różnicy w strukturze molekularnej miedzy jakimiś dwoma spokrewnionymi gatunkami zwierząt jako zegara, aby obliczyć ile czasu upłynęło od chwili kiedy te gatunki miały wspólnego przodka. Inną metodą jest zastosowanie zegara DNA, którą zastosowali w roku 1973 Sibley i Ahlquist. Ich dzieło wzbudziło jednak sporo kontrowersji głównie dlatego, ponieważ inni naukowcy nie dysponowali na tyle szerokim doświadczeniem, aby móc to dzieło zrozumieć. Według autora zasady na których opiera się zegar DNA są nie do podważenia. Pierwsze wnioski z zastosowania tej samej metody opartej na DNA do badania pochodzenia człowieka opublikowane zostały w 1984 roku. Badania były oparte na DNA pochodzącym od człowieka i od wszystkich naszych bliskich krewnych: szympansa pospolitego, szympansa bonobo, goryla, orangutana, dwóch gatunków gibbonów i siedmiu innych gatunków małp Starego Świata. Ludzie i małpy człekokształtne są spokrewnione bardziej ze sobą niż z innymi małpami. Małpy mają w 93 procentach strukturę DNA taką jak człowiek i człekokształtne, a różnica dotyczy 7 procent. Dzięki DNA było także możliwe rozwiązanie problemu pokrewieństwa między ludźmi, szympansami i gorylami. Goryle różnią się od nas mniej więcej w 2 procentach, a zatem musiały się oddzielić od naszego pnia rodowego nieco wcześniej, zanim my oddzieliliśmy się od szympansów. To szympansy, nie goryle są naszymi najbliższymi krewnymi. Główna odmiana naszej hemoglobiny, na przykład, białka przenoszącego tlen, który nadaje krwi kolor czerwony jest identyczna we wszystkich swoich 287 podjednostkach z hemoglobiną szympansa. Pod tym względem i pod wieloma innymi jesteśmy po prostu trzecim gatunkiem szympansa. Ponieważ dystans genetyczny pomiędzy nami i szympansami jest o połowę mniejszy niż ten który dzieli szympansy od orangutanów musieliśmy podążać swoją drogą przez czas równy mniej więcej połowie okresu 12 – 16 milionów lat, które orangutany miały na nagromadzenie różnicy genetycznej dzielącej je od szympansów. To samo rozumowanie prowadzi do wniosku, że goryle odeszły od naszego wspólnego przodka ok. 9 mln lat temu. Każdy z tych zegarów wskazuje, że ludzie mieli tylko krótką historię jako gatunek odrębny od innych człekokształtnych. A zatem do jakich wniosków na temat naszego miejsca w królestwie zwierząt prowadza te wyniki? Biolodzy klasyfikują żywe istoty w hierarchiczne kategorie, od najbardziej do coraz mniej specyficznych. To czy dokonania Sibleya i Ahlquista zmienią klasyfikację zależy od filozofii przyjętej w taksonomii. Tradycyjni taksonomowie grupują gatunki w wyższe kategorie, oceniając ważność różnic między gatunkami. Umieszczają oni człowieka w osobnej rodzinie z powodu wyraźnie różnicujących cech funkcjonalnych. Inna szkoła taksonomii, kladystyka, mówi o tym, że klasyfikacja powinna się opierać na dystansach genetycznych lub czasie dywergencji. Zatem ludzie nie tworzą osobnej rodziny ani nawet osobnego rodzaju, ale należą do tego samego rodzaju co szympans pospolity. A więc mamy na ziemi dzisiaj trzy gatunki rodzaju homo: szympans pospolity – homo troglodytes; bonobo – homo paniscus; oraz trzeci szympans, albo szympans człowiek – homo sapiens. Chociaż nie wiemy, które konkretnie geny w najistotniejszy sposób odpowiadają za obserwowane różnice między nami a szympansami, są liczne przykłady wskazujące na jeden lub dwa geny wywierające wielki wpływ.

Nowe odkrycia nie mówią o tym jak powinniśmy myśleć o ludziach i o małpach. Jednakże będą one miały wpływ na to co rzeczywiście myślimy i zapewne potrwa wiele lat zanim dostosujemy do tego własne postawy. Obecnie dokonujemy podziału na zwierzęta i ludzi, co kieruje naszym kodem etycznym i postępowaniem.