Akcja „Nad Niemnem” toczy się w drugiej połowie lat 80. dziewiętnastego wieku. Wydarzenia rozgrywają się między czerwcem a końcem sierpnia. To wątek współczesny, ale pojawiają się też odniesienia do przeszłości, szczególnie powstania styczniowego – historia wspólnej walki powstańczej Korczyńskich i Bohatyrowiczów. Przedstawiciele obu rodzin spoczywają we wspólnej mogile w lesie. Akcja cofa się do czasów napoleońskich w historii opowiedzianej przez sędziwego Jakuba Domunta. Jego brat, uczestnik wojny Napoleona z Rosją, nie wrócił – zamarzł po drodze, niedaleko domu. Wreszcie w powieści jest jeszcze jedna retrospekcja, cofająca się do czasów późnego średniowiecza. To opowieść o Janie i Cecylii, założycielach osady na Litwie i jednocześnie rodu Bohatyrowiczów.
Akcja rozgrywa się na Litwie, w okolicach położonych nad rzeką Niemen, w majątkach szlachty i zaścianku szlacheckim
Do Olszynki, majątku zamieszkanego przez Kirłów, przybywa Różyc. Chce namówić panią Kirłową, by pomogła mu w kontaktach z Justyną. Różyc wyznaje, że panna bardzo przypadła mu do gustu, sugeruje, że zainteresowanie nią pomaga przezwyciężyć apatię, w jakiej jest pogrążony. Okazuje się także iż Różyc zażywa morfinę, uzależnił się od niej, uśmierzając ból wywołany ranami, jakie odniósł w pojedynku. Prostoduszna Kirłowa proponuje Różycowi, by ożenił się z Justyną, ale on odrzuca ten pomysł. Widząc niedostatek, w jakim żyje kuzynka, Różyc proponuje stanowisko rządcy swojego majątku dla jej męża. Kobieta odmawia, bo Kirło jej zdaniem, nie nadaje się do takiej funkcji. Różyc nalega, by Kirłowa pozwoliła mu sfinansować edukację swoich synów.
W ogrodzie Marynia rozmawia z Witoldem Korczyńskim. Widząc ich Kirłowa niepokoi się, co może wyniknąć z ewentualnego uczucia młodych.
Justyna wraca do Korczyna. Okazuje się, że Emilia znowu gorzej się poczuła i trzeba było wezwać lekarza. Specjalista orzeka, że pani Korczyńskiej nic poważnego nie jest, natomiast niepokoi się kaszlem Marty. Stara panna nie pozwala się jednak zbadać i ucieka do spiżarni.
Do Korczyna przyjeżdża pan Darzecki, mąż Jadwigi, siostry Benedykta, by upomnieć się o posag żony. Darzecki tłumaczy, że ma poważne wydatki, które musi pokryć. Dla Benedykta kilkanaście tysięcy rubli to kwota ogromna. Może ją zdobyć albo pożyczając pieniądze na lichwiarski procent albo sprzedając las, w którym leży powstańcza mogiła. Postawę ojca w rozmowie z Darzeckim krytykuje Witold. Syn zarzuca Benedyktowi zbytnią uległość w stosunku do człowieka pustego,
Syn zarzuca Benedyktowi zbytnią uległość w stosunku do człowieka pustego, który uznaje tylko bogactwo i blichtr, a także wychowywanie swojej siostry na próżną lalkę, taką jak córki Darzeckiego. Dochodzi do kłótni, ojciec wyrusza na objazd pól, syn z kolegą, Julkiem Bohatyrowiczem idzie na ryby.
Do Korczyna przybywa Kirło, pozwalając sobie na kolejny żart. Oświadcza pannie Teresie, przyjaciółce Emilii Korczyńskiej, że pan Różyc jest wielce nią zainteresowany, być może nawet zamierza się jej oświadczyć. Teresa bierze te słowa na serio, Kirło, śmiejąc się z jej naiwności, mówi, że chodzi o Justynę. Ta słyszy słowa Kirły, ale nie jest uradowana. Justyna czyta list od Zygmunta Korczyńskiego, który chce się z nią spotkać. Dziewczyna drze list na kawałki.
W osadzie Bohatyrowiczów zaczynają się żniwa. Do pracy przyłącza się także Justyna, która przyszła tam z wizytą. Dziewczyna poznaje mamę Jana, kobieta mówi jej, że cieszyłaby się ze związku Jana z Jadwigą Domuntówną. Do wsi przychodzi też Witold, jak się okazuje jest on częstym gościem u Bohatyrowiczów, młody student udziela im rad co do prowadzenia gospodarstwa. Witold zostaje przedstawiony Anzelmowi. Ten stwierdza, że młody chłopak jest bardzo podobny do Andrzeja Korczyńskiego, który przyjaźnił się z Bohatyrowiczami i zginął w powstaniu Styczniowym.
Jan i Justyna płyną na drugi brzeg Niemna, by odwiedzić mogiłę powstańczą. Jan opowiada jak ostatni raz widział ojca. Wieść o śmierci Andrzeja Korczyńskiego i Józefa Bohatyrowicza przyniósł Anzelm. Ośmioletni Jan pobiegł do dworu Korczyńskich, by przekazać ją Benedyktowi. Słuchając opowieści Jana, Justyna zdaje sobie sprawę, że chce zmienić swe dotychczasowe życie. Nie podobają się jej miłostki i romanse, jakie zaoferować może Zygmunt Korczyński czy zainteresowanie Różyca. Dziewczyna mówi, że nie podoba się jej egzystencja bez pracy i jasnego celu. Jan opowiada o swoich zmartwieniach – to ciągłe kłótnie i waśnie, do jakich dochodzi we wsi oraz konflikty z Benedyktem. Justyna i Jan muszą wracać,
Justyna i Jan muszą wracać, idzie burza. Płyną czółnem na drugi brzeg, do wioski, przemoknięci, wchodzą do chaty Anzelma. Obecna tam Elżunia Bohatyrowiczówna zaprasza Justynę i Witolda na swoje wesele. Po kolacji Anzelm zwierza się, że przed laty kochał Martę Korczyńską i chciał się z nią ożenić. Jednak panna odrzuciła jego oświadczyny. Potem Anzelm ciężko chorował. Do chaty przybywają kolejni goście – to Jadwiga Domuntówna i jej dziadek Jakub. Starzec opowiada historię o swoim bracie, który walcząc w oddziałach Napoleona zamarzł, wracając z kampanii rosyjskiej. Jadwiga, widząc w chacie Justynę, jest bardzo zazdrosna o Jana.
Późnym wieczorem Justyna wraca do Korczyna. Dowiaduje się, że pytał o nią Różyc. Marta potwierdza, iż miała wyjść za Anzelma, ale bała się ciężkiej pracy i drwin znajomych. Teraz żałuje.
W Osowcach mieszka pani Andrzejowa Korczyńska, matka Zygmunta. Poślubiła męża z wielkiej miłości, ponieważ nie miał wielkiego majątku ani znanego nazwiska. Po kilku latach Andrzej zginął w Powstaniu Styczniowym. Matka samotnie wychowywała jedynego syna. Zygmunt stał się egoistą i samolubem, nie potrafiącym zadbać o szczęście innych. Jego młoda żona, Klotylda, zaniepokojona zainteresowaniem Zygmunta Justyną, prosi panią Andrzejową, by porozmawiała z synem.
Justyna z Witoldem wracają z Bohatyrowicz do Korczyna. Ostatnio są częstymi gośćmi w zaścianku, pomagają tam przy żniwach. Witold jest świadkiem sceny, jak jego ojciec karci chłopa, który zepsuł żniwiarkę. Benedykt grozi, że obciąży chłopa kosztami naprawy maszyny. Witold łagodzi konflikt, obiecuje, że pomoże zreperować żniwiarkę, jednocześnie mówi, że chłopi powinni być szkoleni w jej obsłudze. Wywołuje to kłótnię ojca z synem.
Do Korczyna przybywa Kirło. Wychwala Różyca i jego zamożność, zapewnia, że to świetny kandydat na męża. Zdaniem Kirły i domowników, Różyc byłby świetną partią dla Justyny. Entuzjazmu wobec bogacza nie podziela Benedykt, nazywając go darmozjadem.
W Korczynie pojawia się także Elżusia,
Entuzjazmu wobec bogacza nie podziela Benedykt, nazywając go darmozjadem.
W Korczynie pojawia się także Elżusia, by oficjalnie zaprosić Justynę na swoje wesele. Panna Orzelska ma być tam druhną. W ceremonii chce uczestniczyć także Leonia, młodsza siostra Witolda, ale stanowczo sprzeciwia się temu jej mama, Emilia Korczyńska. Dochodzi do sprzeczki z synem i nawrotu choroby matki. Benedykt obwinia Witolda o brak szacunku dla rodzicielki, to powód do kolejnej kłótni ojca i syna. Mimo nie najlepszych stosunków, jakiś czas potem Benedykt prosi Witolda o złożenie wizyty Darzeckim i wybłaganie u Darzeckiej przedłużenia spłaty długu. Syn stanowczo odmawia. Relacje ojca z synem pogarszają się jeszcze bardziej. Po zakończeniu żniw następuje radosny epizod dla Benedykta – wygrywa proces z Bohatyrowiczami, ma od nich dostać tysiąc rubli odszkodowania. Tego samego wieczoru do Korczyna przybywa Zygmunt, by spotkać się z Justyną. Proponuje dziewczynie wspólne życie, byłaby jego utrzymanką w dworze w Osowcach. Oburzona Justyna odrzuca propozycję. Urażony jej słowami Zygmunt wraca do domu i proponuje matce sprzedanie dworu i wyjazd zagranicę. Pani Andrzejowa stanowczo odmawia, a rozdrażniony syn stwierdza, że nie może wytrzymać wśród wiejskiego krajobrazu i widoków stajni i bydła. Matka wspomina mu o ideałach, które kierowały życiem ojca, przywiązanie do ziemi, miłość do ludu. Ale Zygmunt nazywa ojca nieszkodliwym szaleńcem. Pani Andrzejowa pojmuje, że źle wychowała jedynaka i jest już za późno na jakiekolwiek zmiany.
Nadchodzi dzień wesela Elżuni i Franka Jaśmonta. W ceremonii uczestniczą goście z okolicznych wsi, są także Justyna, Witold oraz Marta. To okazja do pierwszego od wielu lat spotkania Marty z Anzelmem. W czasie wesela Bohatyrowicze rozmawiają o przegranym procesie z Benedyktem Korczyńskim, planując, że poproszą o mediację jego syna, Witolda. Jan i Justyna wspólnie wypływają łódką na Niemen.
Witold wraca do Korczyna, by porozmawiać z ojcem. Mówi mu o prośbie Bohatyrowiczów w sprawie darowania długu. Benedykt nie chce jej spełnić,
Mówi mu o prośbie Bohatyrowiczów w sprawie darowania długu. Benedykt nie chce jej spełnić, obwiniając swoich przeciwników o chciwość i nieuctwo. Syn twierdzi, że to wina także ich, Korczyńskich, bo pozostawili sobie biedną zaściankową szlachtę, nie dbając o jej rozwój, nie pomagając jej. Pod wpływem słów Witolda Benedykt przypomina sobie własne ideały sprzed lat. Syn i ojciec godzą się, Benedykt obiecuje darować karę Bohatyrowiczom. Planują wspólną wyprawę do mogiły.
Rankiem Witold informuje Bohatyrowiczów o decyzji ojca. Radość szlachty jest wielka. Wesele w zaścianku dobiega końca – Jana odwiedza Jadwiga Domuntówna, by powiedzieć, że nie czuje do niego żalu, iż wybrał inną, Justynę. Jan biegnie za Justyną nad Niemen, tam przy zachodzącym słońcu, wyznają sobie miłość i zaręczają się.
Nazajutrz do Korczyna przyjeżdża Zygmunt Korczyński oraz Kirło z żoną. Pani Kirłowa oświadcza, że Różyc prosi o rękę Justyny i chce się z nią ożenić. Upoważniona przez bogacza, który chce zapewne zaprezentować szczerze swe zamiary, Kirłowa wyznaje, że kandydat na męża jest uzależniony od morfiny. Justyna odmawia, stwierdzając że jest już zaręczona z Jankiem Bohatyrowiczem. Benedykt i Witold cieszą się tą informacją, pozostali nie mogą ukryć zdumienia, jak Kirło, bądź przerażenia, jak pani Emilia. Benedykt z Justyną idą do zaścianka, na spotkanie z Anzelmem i Janem.