17. czym sie charakteryzuje chromatyna genow aktywnych transkrypcyjnie
18. rola białka RecA w rekombinacji
19. wymień rekombinacje w kolejności homologii
20. U6snRNA ma sekwencję komplementarną do mRNA i jeszcze do dwóch innych RNA, jakich ?
21. opisz elongacje translacji
23. kolejnosc przylaczanai sie do DNA: czynniki transkrypcyjne, polRNA, czynniki remodelujace chromatyne
24. co po kolei znajduje sie od konca 5' do 3' i tam wymienione 11 elementów
Ad. 17. Chromatyna genów aktywnych transkrypcyjnych tj. euchromatyna charakteryzuje się występowaniem miejsc wrażliwych na DNazę I, brakiem metylacji DNA, metylacją 9. lizyny histonu H3 (H3MeK9), acetylacją 5. lizyny histonu H4 (H4AcK5) oraz acetylacją 9. lub 14. lizyny histonu H3 (H3AcK9/14).
Ad. 18. RecA jest bakteryjnym białkiem niezbędnym w rekombinacji. Wiążę się z 1-niciowym DNA (ssDNA) umożliwiając jego inwazję do homologicznego DNA 2-niciowego. Jeden monomer wiążę się na każdym z 4-6nt. RecA wiążąc się do ssDNA tworzą filament, na którego jeden skręt przypada 6 monomerów RecA. Po ataku filamentu na homologiczne nici dzięki właściwości APT-azowej RecA nić DNA jest rozwijana i zwijana.
Ad. 19. –
Ad. 20. U6 snRNA ma komplementarną sekwencję do U4 snRNA i U5 snRNA.
Ad. 21. Elongacja u Procaryota i Eucaryota zachodzi podobnie. Podzielić ją można na trzy etapy: (i) dostarczenie aminoacylo-tRNA, (ii) tworzenie wiązań peptydowych i (iii) translokację. (i) By dostarczyć aminoacylo-tRNA do miejsca A rybosomu , niezbędny jest czynni EF-Tu oraz energia z hydrolizy GTP. Kompleks EF-Tu-GDP jest regenerowany przez EF-Ts (EF-Ts usuwa z kompleksu EF-Tu-GDP GDP, tworzy się kompleks EF-Tu-EF-Ts; następnie GTP usuwa Ef-Ts, tworzy się funkcjonalny kompleks EF-Tu-GTP).EF-Tu-GTP zdolny jest wiązania aminoacylo-tRNA i dostarczenia go do rybosomu. (ii) Po dostarczeniu aminoacylo-tRNA miejsca A i P w rybosomie są zajęte i oba aminokwasy znajdują się blisko siebie. To umożliwia peptydylotransferazie utworzenie wiązania peptydowego. (iii) Kompleks EF-G (translokaza) i GTP wiąże się do rybosomu, a następnie deacylowany tRNA jest usuwany z miejsca P (co wymaga nakładu energii), peptydylo-tRNA jest przesuwany z miejsca A do P, a mRNA przesuwa się o jeden kodon w stosunku do rybosomu. GDP oraz EF-G są uwalniane, a ten ostatni wykorzystany zostaje w kolejnym cyklu elongacji.
Ad. 23. Pierwsze do DNA wiążą się czynniki remodelujące chromatynę, co umożliwi związanie polimerazy i pozostałych czynników. Wiążą się w różnej kolejności. Pierwsze mogą być HATy (acetylacy histonów), a acetylacja przyciągnie SWI/SNF. Czynniki wiązać się też mogą w trakcie wiązania się czynników transkrypcyjnych, ale załóżmy, że w większości przypadków pierwsze wiążą się czynniki remodelujące (inne również oprócz HATów i SWI/SNF, np. kompleks acetylaz SAGA). Jeżeli chodzi o pozostałe elementy to łączą się one w następujący sposób: pierwszy wiążę się TFIID (kompleks TBP oraz TAFII). Następnie przyłącza się TFIIA, TFIIB, kompleks TFIIF-RNA Pol IIA, TFIIE i TFIIF.