Czarnoksiężnik z Oz

1. Które z poniższych cech są PRAWDZIWE w odniesieniu do heterochromatyny konstytutywnej?

   1. Można ją oserwować czasami w pewnych komórkach

   2. W jej skład wchodzi DNA nie zwierający żadnych genów

   3. Zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego

   4. Jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

   5. Zawiera DNA, który ma zwartą strukturę

   6. W rejonach w których występuje heterochromatyna konstytutywna, można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego.

2. Izolatory to:

   1. Sekwencje o długości 1-2 kb wyznaczające granice domen tzw. Domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą

   2. Sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnego przejawiającego się, w nieobecności intronów (nie mogę odczytać) niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegającej „wymianie informacji” między sąsiednimi domenami

   3. …….

   4. …….

   5. Sekwencje które w swoich normalnych połóżeniach izolują poszczególne geny……………. Funkcjonalnej

   6. Sekwencje występujące wyłącznie w genomie Drosophila melanogaste

3. Które z podanych poniżej informacji są PRAWDZIWE w odniesieniu do domeny C-końcowej (CTD) największej podjednostki polimerazy RNA II

   1. Jej fosforylacja warunkuje przyłączenie się polimerazy do kompleksu reinicjacyjnego

   2. Kompleks białkowy zwany mediatorem bezpośrednio aktywuje inicjację transkrypcji przez fosforylację CTD

   3. CTD jest zaangażowane w oddziaływaniu z czynnikami białkowymi biorącymi udział w procesach molekularnych towarzyszących germinacji transkrypcji

   4. Status jej fosforylacji jest stały podczas trwania procesu transkrypcji

   5. U ssaków CTD zawiera 52 powtórzenia siedmioaminokwasowej sekwencji Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser. Dwie z reszt Pro w każdym powtórzeniu mogą być modyfikowane przez dodanie grup fosforanowych

   6. Wieloskładnikowy kompleks białkowy, tzw. Czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji (CPSF), pozyskiwany do kompleksu polimerazy jest już na etapie inicjacji transkrypcji i wchodzi w kontakt z CTD. CPSF pozostaje związany z CTD do czasu pojawienia się sekwencji poliA w transkrypcie.

4. Zakończenie transkrypcji bakteryjnej:

   1. Mniej więcej w połowie przypadków następuje w obrębie sekwencji nici matrycowej DNA, która zawiera sekwencję odwróconego palindromu.

   2. Poprzedzone jest nieciągłym procesem transkrypcji

   3. Może być zależne od białka Rho, które posiada aktywność helikazy, dzięki czemu może ono aktywnie „rozbijać” pary zasad, w tym przypadku pomiędzy matrycą a ciągiem reszt U struktury spinki do włosów transkryptu

   4. Może być kontrolowane przez tzw. Białko antyterminacyjne, którego obecność zapobiega, na przykład, zatrzymaniu się polimerazy przy terminatorze zależnym od białk Rho.

   5. Może być skutkiem specjalnego rodzaju kontroli zależnego od sprzężonych ze sobą procesów syntezy tran skryptu i biłaka

   6. Żadne z powyższych stwierdzeń nie jest prawdziwe

5. Bardzo często polipeptyd uwalniany z rybosomy jest nieaktywny i zanim będzie mógł spełnić swoją funkcje w komórce musi być poddany obróbce potranslacyjnej. Z podanych poniżej informacji proszę wybrać te które są PRAWDZIWE w odniesieniu do obróbki potranslacyjnej:

   1. Nie jest możliwe aby niewłaściwie sfałdowane białko przyjęło włąściwą dla siebie konformację

   2. Gdyby w komórce proces fałdowania polipeptydu przebiegał, gdy dostępna jest tylko jego część, to mogłoby zmniejszyć prawdopodobieństwo występowania nieprawidłowych odgałęzień scieżki fałdowania.

   3. Interna, to wewnętrzny fragment biłka usuwany po translacji z jednoczesnym połączeniem fragmentów go otaczających.

   4. Niektóre z intern posiadają aktywność endonukleazy, która może specyficznie przeciąć gen nie zawierający interny, co jest wymagane dla ukierunkowanego przemieszczenia się sekwencji intronu interny

   5. Niektóre białka syntetyzowane są jako poliproteiny, długie polipeptydy zwierające kilka białek połączonych ze sobą jedno z drugim sposobem głowa-ogon; zdarza się że sekwencje kodujące poszczególne produkty (białka) zachodzą na siebie

   6. Białka opiekuńcze ( molecular chaperons) decydują o trzeciorzędowej strukturze biłek

6. Jednym z typowych promotorów E.coli poddano, wraz z kontrolowanym przez ten promotor genem, gruntownym badaniom, korzystając z odpowiednich metod biologii molekularnej. Poniżęj przedstawione są wybrane wnioski/konkluzje jakie sformułowano po ich przeprowadzeniu. Proszę wybrać te, które zgodne są z aktualnym stanem wiedzy.

   1. Rdzeń polimerazy RNA rozpoznaje sekwencję promotora i łączy się z nim

   2. Zmiana sekwencji bloku/ kasety -35 promotora ma bezpośredni wpływ na przekształcenie zamkniętego kompleksu promotorowego w kompleks otwarty.

   3. W zamkniętym kompleksie promotorowym polimeraza pokrywa ok. 80pz, rozpoczynając powyżej bloku -35 i kończąc poniżej bloku -10

   4. Wzbogacenie sekwencji -10 w pary G-C wpływa na proces rozpoznania promotora przez podjednostkę polimerazy RNA za to odpowiedzialną

   5. W trakcie eksperymentów prowadzonych In vitro nie zaobserwowano powstania krótszych, niż spodziewany, transkryptów

   6. Rozpoczęcie elongacji towarzyszy zmiana konformacyjna holoenzymu polimerazy RNA, skutkiem czego pokrywa ona mniejszy odcinek DNA(30-40bp)

7. Degradacja eukariotycznych RNA:

   1. Powoduje że eukariotyczne mRNA są cząsteczkami żyjącymi dłużej niż ich odpowiedniki bakteryjne, jednak z typowym okresem półtrwania rzędu 10-20 minut

   2. Może przebiegać w procesie w którym następuje usuwanie czapeczki mRNA skutkiem czego dochodzi do usunięcia łańcucha poliA, co z kolei prowadzi do braku translacji i szybkiego trawienia eksonukleolitycznego

   3. Może przebiegać według mechanizmu zwanego kontrolą jakości mRNA ( RNA surveillance) który prowadzi do specyficznej degradacji cząsteczek mRNA, w których na skutek nieprecyzyjnego wycięcia intronów dochodzi do powstania nieprawidłowych kodonów terminacyjnych

   4. Może zależeć od szlaku, którego jednym z elementów są cząsteczki RNA o strukturze spinki do włosów, powstające z prekursorowego RNA, syntetyzowanego przez polimerazę RNA II.

   5. W prawidłowej niezmienionej komórce skutkuje powstaniem krótkich interferujących RNA o długości 21-28 nukleotydów

   6. Może zależeć od sekwencji znajdujących się w obrębie tran skryptu

8. Problem topologiczny związany z replikacją DNA dotyczy którego z następujących zagadnień?

   1. Zablokowania miejsc replikacji przez nukleosomy

   2. Trudności związane z syntezą DNA na nici opóźnionej

   3. Rozwijanie dsDNA i rotacji cząsteczki DNA

   4. Synchronizacja replikacji DNA z podziałem komórkowym

   5. …………DNA zapobiegające rozdzieleniu łańcuchów dsDNA można opisać jako …..

   6. …………DNA zapobiegające rozdzieleniu łańcuchów dsDNA można opisać jako …..

9. ……………………….

   1. …..

   2. ……

   3. ……

   4. Zasada tolerancji to zjawisko polegające na tym że dany rodzaj tRNA może połączyć się więcej niż jednym kodonem; redukuje to liczbę niezbędnych w komórce tRNA umożliwiają jednej cząsteczce tRNA odczytywanie dwóch, trzech a nawet czterech nukleotydów

   5. Inozyna będąca zmodyfikowaną pirymidyną może tworzyć pary z A,C, U

   6. U Eucaryota, w porównaniu z bakteriami, występują różnice w zastosowaniu zasad tolerancji

10. Które z poniższych twierdzeń dotyczących telomerazy ssaków jest PRAWDZIWE

    1. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA

    2. Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek np. w komórkach homopoetycznych szpiku kostnego

    3. Telomeraza syntetyzuje tylko jeden z łańcuchów polinukleotydowych telomerów?? Matrycy bogatej w reszty G

    4. Aktywność polimerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, promujące tworzenie ….. typu pętli L

    5. Terapia powodująca inaktywację telomerazy powinna skuteczna w walce wtedy gdy aktywacja telomerazy jest przyczyną powstawania raka a nie skutkiem

    6. Żadne z powyższych nie jest prawdziwe

11. Które z podanych poniżej twierdzeń są PRAWDZIWE dla zjawiska replikacji DNA eukariotycznych?

    1. Polimeraza DNA kopiująca nić opóźnioną tworzy kompleksy dimeryczne

    2. Zakończenie syntezy fragmentów Okazaki wymaga usunięcia sekwencji….. odpowiednią polimerazą posiadającą aktywność egzonukleazy

    3. Koniec 5’ startera używanego przez polimerazę DNA zawiera resztę 5’- blokuje aktywność enzymatyczną nukleazy oznaczanej skrótem FEN1

    4. Enzymy i pozostałe białka biorące udział w replikacji tworzą duże struktury …. Tzw. Fabryki replikacyjne, z których każda zawiera odpowiednik bakteryjnej…..

    5. Chromatydy siostrzane są utrzymywane razem aż do stadium anafazy dzięki….

    6. …….

12. Standardowy mechanizm syntezy polega na przesuwani się rybosomy względem mRNA dokładnie kodon za kodonem. Są znane jednak nietypowe zjawiska zachodzące podczas elongacji. Poniżej podano inf na ich temat. Wybierz PRAWDZIWE

    1. W przypadku kilku mRNA obserwuje się zaprogramowaną zmianę fazy odczytu, zmieniającą fazę odczytu w specyficznym miejscu transkryptu

    2. Zaprogramowana zmiana fazy odczytu występuje wyłącznie w bakteriach

    3. Zmiana fazy odczytu polega na tym, iż w czasie translacji mRNA rybosom zatrzymuje się przesuwa o jeden kodon do przodu lud do tyłu i potem kontynuuje translację

    4. Poślizg rybosomy umożliwiw jednemu rybosomowi translację wybranych fragmentów mRNA policistronowego, np. mRNA operonu laktozowego.

    5. Pominięcie translacyjne zaczyna się i kończy zawsze na dwóch identycznych kodonach

    6. Wskutek pominięcia translacyjnego z jednego mRNA mogą być syntetyzowane dwa różne białka.