Bóg jest jednocześnie transcendentny i immanentny
Bóg jest Stworzycielem, który uczynił wszystkie rzeczy. Przebywa w niebie, a jednocześnie działa w nas, będąc obecny w codziennych wydarzeniach i odpowiadając na modlitwy swoich wiernych (J 16,24). W XVIII wieku postrzegano Boga jako „Wielkiego Zegarmistrza”, który uczynił dobre wszystkie rzeczy, a następnie wycofał się do błękitnego nieba i przebywa z dala od zwyczajnego życia i jego problemów. To wielki paradoks, że właśnie rewolucja darwinowska wyeliminowała potrzebę „Wielkiego Zegarmistrza”, Pierwszej Przyczyny, i w rezultacie sprowadziła Boga na stworzony przez niego świat, jako tego, który świat podtrzymuje i wspomaga.
Relacja Boga do świata, do nas i do naszego życia jest prawdopodobnie najważniejszą kwestią. W powszechnym mniemaniu nauki przyrodnicze rozwiązują ten problem usuwając Boga ze świata. Widzieliśmy jednak, że tak nie jest. Ważnym zadaniem przyrodników, którzy są jednocześnie chrześcijanami, jest wytłumaczenie, w jaki sposób Bóg może działać w procesach, które można wyjaśnić naukowo. Innymi słowy, trzeba podważyć oszustwo jednego wyjaśnienia. Widzieliśmy, że można poprawnie i logicznie mówić o wydarzeniach, które mają przyczynę zarówno konkretną, jak i ostateczną, i że nie ma sprzeczności między pełnym i naukowo zadowalającym opisem pewnego fizykalnego wydarzenia a akceptowaniem jego wyjaśnienia komplementarnego. Przyrodoznawstwo — korzystające z własnych metod — nie wykluczyło (i nie może tego zrobić) Boga jako koniecznej przyczyny każdego wydarzenia.
Rozumienie komplementarności wyjaśnień jest rzeczą kluczową w uznaniu, że Bóg może zostać przyjęty przez „myślących mężczyzn i kobiety” ery naukowej lub postmodernistycznej lub jakkolwiek ją nazwiemy. Jeśli tego nie rozumiemy, rodzą się frustracje i kryzysy wiary. C.S. Lewis, w książce Cudy (1974), definiuje cud jako „wdanie się siły nadnaturalnej w naturę” (s. 15). Przez naturę „rozumie się coś, co zachodzi «samo z siebie», co powstaje «z własnego impulsu»” (s. 19). Zakłada to, że Natura (Lewis używa dużej litery) jest kosmiczną mocą. Jest to idea pochodząca z filozofii greckiej, a nie z Biblii. Autor odwołuje się znów do Greków (zwłaszcza do Platona), gdy mówi o „wiecznym, samoistnym Rozumie” (duże R), który „musi istnieć i być źródłem naszego ludzkiego, niedoskonałego i mającego przerwy w swym działaniu rozumu” (s. 44). Lewisa popchnęły do takich stwierdzeń argumenty J.B.S. Haldane'a: „jeśli moje procesy myślowe są w pełni determinowane przez ruch atomów w moim mózgu, to nie mam powodów, żeby wierzyć, że moje przekonania są prawdziwe”. Na tym polega słaby punkt argumentacji: Lewis podziela rozpowszechniony pogląd, że nie możemy uciec z sieci przyczynowości (którą przypisywał zewnętrznemu „Rozumowi”), aby uwolnić się z fizycznych reakcji mózgu. Przypomina to starania średniowiecznych astronomów, usiłujących ocalić za wszelką cenę Ptolemeuszowską wizję Wszechświata. Lewis wpada w pułapkę jednego wyjaśnienia, zakładając, że przypadkowe sprzężenia powiązań neutronowych wykluczają możliwość wolnej woli i Bożego działania. Widzieliśmy jednak, że tak nie jest. Fizyczne wytłumaczenie pracy komputera za pomocą przepływu elektronów nie deprecjonuje wyjaśnienia dokonanego przez matematyka, że są to mianowicie obliczenia, które on sam zaprogramował.
Solidna wiedza i prawdziwa wiara powinny dostarczać komplementarnych interpretacji wszystkich zjawisk. Jeśli dochodzi między nimi do konfliktu, prawidłowy krok polega na zbadaniu obu wyjaśnień, aby zobaczyć, czy są one sensowną interpretacją danych. Nie należy po prostu przyjmować, że jedna z interpretacji musi być błędna (np. że potop tak zniszczył geologiczne warstwy, że w żadnym wypadku nie można odczytać materiału kopalnego; lub, przeciwnie, że bliskie pokrewieństwo małp i Homo sapiens znaczy, że biblijne opowiadania o Adamie i Ewie, grzechu pierworodnym, itp. to zwykłe bajki).