PAST

Wersja 3.09

Portable

http://folk.uio.no/ohammer/past/

Statystyka paleontologiczna

Przekład

Robert Wiśniewski

http://chomikuj.pl/bobwis

Jest to bezpłatny program komputerowy służący do analizy statystycznej danych. Nazwa PAST jest akronimem: PAlaeontological STatistics - statystyka paleontologiczna co może być mylące, ponieważ program ten pierwotnie był wykorzystywany w badaniach paleontologicznych, ale obecnie jest używany również w ekologii i w wielu innych dziedzinach nauki. Aplikacja zawiera powszechnie stosowane testy statystyczne. Daje możliwość tworzenia wykresów oraz modelowania (analiza regresji liniowej i nieliniowej) niezależnie od dziedziny zastosowań. Przy jego niewielkich rozmiarach i przenośności (program nie wymaga instalowania) jest to niezwykle silna aplikacja do wszechstronnej analizy statystycznej w wielu dziedzinach wiedzy. Chociaż jest bezpłatny (Freeware), przewyższa pod wieloma względami wiele profesjonalnych programów płatnych. W odróżnieniu od wcześniejszych edycji, wersja ta ma wbudowany pomocnik Help, na którym oparto niniejszy przekład.

SPIS TREŚCI

1. Witamy w programie PAST

2. Instalacja

3. Szybki start

3.1. Jak eksportować grafikę ?

3.2. Jak organizować dane w grupach

4. Arkusz i menu edycji Edit

4.1. Wprowadzanie danych

4.2. Zaznaczanie obszarów

4.3. Przesuwanie wierszy lub kolumn

4.4. Zmiana nazw wierszy lub kolumn

4.5. Zwiększanie rozmiarów tablicy

4.6. Wycinanie, kopiowanie i wklejanie

4.7. Usuwanie

4.8. Kolory i symbole wierszy

4.9. Zaznaczanie typów danych dla kolumn i specyfikowanie grup

4.10. Usuwanie zbędnych wierszy / kolumn

4.11. Transpozycja

4.12. Grupowanie kolumn dla wielu zmiennych

4.13. Grupowanie wierszy dla wielu zmiennych

4.14. Obserwacje dla tablicy kontyngencji (przestawnej)

4.15. Stosowe grupowanie wierszy w kolumnach

4.16. Pary wartości dla macierzy

4.17. Próbki na wydarzenia (UA do RASC)

4.18. Wydarzenia na próbki (RASC do UA)

4.19. Ładowanie zapisanych danych

4.20. Import danych z Excela

4.21. Czytanie i zapisywanie plików Nexus

4.22. Import plików tekstowych

4.23. Licznik

5. Menu transformacji Transform

5.1. Logarytm

5.2. Odejmowanie średniej

5.3. Usuwanie trendu

5.4. Procent wierszy

5.5. Box-Cox

5.6. Usuwanie rozmiarów z odległości

5.7. Punkty orientacyjne - Dopasowanie Prokrustowe

5.8. Punkty orientacyjne - Dopasowanie Booksteina

5.9. Projekt do przestrzeni stycznej (nie zaimplementowane jeszcze w wersji 3)

5.10. Usuwanie rozmiaru z punktów orientacyjnych (nie ma jeszcze w wersji 3)

5.11. Transformacja punktów orientacyjnych

5.12. Interpolacja liniowa

5.13. Obliczanie wyrażeń

6. Menu wykresu Plot

6.1. Wykres

6.2. Wykres XY

6.3. Wykres XY ze słupkami błędów

6.4. Histogram

6.5. Diagram słupkowy / skrzynkowy

6.6. Diagram kołowy

6.7. Diagram stosowy

6.8. Percentyle

6.9. Wykres prawdopodobieństwa normalnego

6.10. Wykres trójkątny

6.11. Wykres pęcherzykowy

6.12. Macierz

6.13. Macierz

6.14. Powierzchnia

6.15. Wykres 3D rozrzutu / pęcherzykowy

7. Menu statystyki Statistics

7.1. Jedna zmienna

7.2. Testowanie jednej zmiennej

7.2.1. Parametryczny test-t jednej zmiennej względem danej średniej μ₀

7.2.2. Nieparametryczny test znaków Wilcoxona jednej zmiennej względem mediany M

7.3. Testowanie dwóch zmiennych

7.3.1.Test-t i testy związane dla równych średnich

7.3.2.Test-F dla równych wariancji

7.3.3. Test Manna-Whitneya dla równych median

7.3.4. Test Mooda dla równych median

7.3.5. Test Kołmogorowa-Smirnowa dla równych rozkładów

7.3.6. Współczynnik zmienności (test Fignera-Klleena)

7.4. Testy F i t na podstawie parametrów

7.5. Sparowane testy dwóch próbek (test-t, test znaków, test Wilcoxona)

7.6. Sparowane testy dwóch próbek (test-t, test znaków, test Wilcoxona)

7.7. Testy wielu próbek

7.7.1. Pojedyncza analiza wariancji ANOVA

7.7.2. Analiza Kruskala-Wallisa

7.8. Testy wielu próbek z powtarzanymi pomiarami

7.8.1. Sparowane testy końcowe Tukeya

7.8.2 Test Friedmana

7.9. Podwójna analiza wariancji ANOVA

7.10. Podwójna analiza wariancji ANOVA bez powtórzeń

7.11. Podwójna analiza wariancji ANOVA z powtarzanymi pomiarami

7.12. Tablica korelacji

7.13. Korelacja między klasami

7.14. Testy normalności

7.15. Tablica kontyngencji (rozdzielczości) chi², itp.

7.16. Test Cochrana-Mantela-Haenszela

7.17. Ryzyko / szanse

7.18. Proporcja pojedyncza

7.19. Proporcja wielokrotna i przedziałów ufności

7.20. Analiza przetrwania (krzywe Kaplana-Meiera, testy log-rank, itp.)

7.21. Błędy łączne

8. Menu wielu zmiennych Multivar

8.1. Składniki podstawowe

8.2. Współrzędne podstawowe

8.3. Niemetryczne MDS

8.4. Analiza korespondencyjna

8.5. Analiza korespondencyjna beztrendowa

8.6. Analiza korespondencyjna kanoniczna

8.7. Topologia

8.8. Analiza czynnikowa CABFAC (nie zaimplementowana jeszcze w wersji 3)

8.9. Analiza dyskryminacyjna

8.10. Dwublokowy PLS

8.11. Analiza klastrów

8.12. Łączenie sąsiadów

8.13. K-średnie klastrów

8.14. Normalność wielu zmiennych

8.15. M-Box

8.16. Analiza wariancji wielu zmiennych MANOVA

8.17. Pojedyncza analiza wariancji ANOSIM

8.18. Pojedyncza analiza wariancji PERMANOVA

8.19. Podwójna analiza wariancji ANOSIM

8.20. Podwójna analiza wariancji ANOSIM bez powtórzeń

8.21. Podwójna analiza wariancji PERMANOVA

8.22. Test Mantela i częściowy test Mantela

8.23. SIMPER

8.24. Sparowany Hoteling

8.25. Nowoczesna technika analogowa

8.26. Wskaźniki podobieństwa i odległości

8.27. Statystyka sekwencji genetycznych

9. Menu modelowania (analizy regresji) Model

9.1. Liniowy, dwie zmienne

9.2. Liniowy, wiele zmiennych (jedna niezależna, wiele n-zależnych)

9.3. Liniowy, (jedna niezależna, wiele n-zależnych)

9.4. Liniowy, wielokrotny, wiele zmiennych (wiele m-niezależnych, wiele n-zależnych)

9.5. Uogólniony model liniowy

9.6. Regresja wielomianowa

9.7. Regresja nieliniowa

9.7.1. Regresja liniowa

9.7.2. Regresja kwadratowa

9.7.3. Regresja potęgowa

9.7.4. Regresja wykładnicza

9.7.5. Model Van Bertalanify

9.7.6. Model MIchaelisa-Mentena

9.7.7. Regresja logistyczna

9.7.8. Model Gompertza

9.7.9. Model Gaussa

9.8. Regresja sinusoidalna

9.9. Wygładzanie splajnami (krzywe sklejane)

9.10. Wygładzanie LOESS

9.11. Analiza mieszanin

9.12. Modele obfitości

9.14. Pakowanie gatunków (gaussowskie)

9.15. Spirala logarytmiczna

10. Menu różnorodności Diversity

10.1. Wskaźniki różnorodności

10.2. Kwadrat bogactwa

10.3. Rozbieżność Beta

10.4. Wyróżnienia taksonomiczne

10.5. Indywidualne osobliwości

10.6. Próbki osobliwości (Tau Mao)

10.7. Analiza SHE

10.8. Test permutacji różnorodności

10.9. Test-t różnorodności

10.10. Profile różnorodności

11. Menu szeregów czasowych TIme Series

11.1. Prosty periodogram]

11.2. Analiza widmowa REDFIT

11.3. Wielostożkowa analiza widmowa

11.4. Transformacja Walsha

11.5. Szybka transformacja Fouriera

11.6. Transformacja falowa

11.7. Autokorelacja

11.8. Korelacja krzyżowa

11.9. Korelogram i periodogram Mantela

11.10. Test uruchomień

11.11. Test trendu Manna-Kendalla

11.12. ARMA (i analiza interwencji)

11.13. Model izolacji (Solar Forcing)

11.14. Punkt wydarzeń

11.15. Łańcuch Markowa

11.16. Proste wygładzanie

11.17. Filtr FIR

11.18. Konwersja data / czas

12. Menu geometrii Geometrical

12.1. Kierunki (jedna próbka)

12.2. Kierunki (dwie próbki)

12.3. Korelacja kołowa

12.4. Korelacja sferyczna (jedna próbka)

12.5. Analiza typu punktu

12.6. Analiza typu punktu (najbliższe sąsiedztwo)

12.7. Analiza typu punktu K Ripleya

12.8. Gęstość Kernela

12.9. Wyrównanie punktów

12.10. Autokorelacja przestrzenna I Morana

12.11. Siatka (interpolacja przestrzenna)

12.12. Allometria wielu zmiennych (nie zaimplementowana jeszcze w wersji 3)

12.13. Rozmieszczanie punktów PCA na płaszczyźnie 2D (zawijanie względne)

12.14. Rozmieszczanie punktów 2D za pomocą splajnów cienkowarstwowych

12.15. Rozmiary wg rozmieszczenia punktów 2D lub 3D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.16. Odległości wg rozmieszczenia punktów 2D lub 3D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.17. Wszystkie odległości od rozmieszczenia punktów (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.18. Łączenie rozmieszczenia punktów (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.19. Kształt Fouriera 2D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.20. Analiza eliptycznego kształtu Fouriera

12.21. Analiza kątowego kształtu Fouriera

12.22. Analiza własnego kształtu (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.23. Transformacja współrzędnych

13. Menu stratygrafii Stratigraphy

13.1. Skojarzenia jednostkowe

13.2. Skojarzenia jednostkowe

13.3. Skalowanie rang

13.4. Ograniczona optymalizacja(CONOP)

13.5. Przedziały ufności rang

13.6. Wygląd wydarzeń (nie ma jeszcze w wersji 3)

13.7. Rozkład swobodnych przedziałów ufności rang (nie ma jeszcze w wersji 3)

13.8. Diagram wrzecionowy (nie ma jeszcze w wersji 3)

14. Kladystyka (nie ma jeszcze w wersji 3)

15. Skrypty

15.1. Struktura języka

15.2. Okno wyjściowe

15.3. Dostęp do głównego arkusza PAST

15.4. Operacje macierzowe i wektorowe

15.5. Matematyczne funkcje skalarne

15.6. Wejścia / Wyjścia plikowe

15.7. Operacje łańcuchowe

15.8. Inne funkcje

15.9. Biblioteki i klasy

15.10. Formy, składniki i wywołania zwrotne

1. Witamy w programie PAST

Program ten był pierwotnie przeznaczony do jako pakiet PALSTAT do paleontologicznej analizy danych i był napisany w roku 1955. Jego autorami byli P.D. Ryan, D.A.T. Harper oraz J.S. Whalley (Ryan et al. 1995). Poprzez ciągły rozwój w ciągu 15 lat, PAST rozrósł się do wszechstronnego pakietu stosowanego nie tylko przez paleontologów, ale również w wielu dziedzinach nauki, w tym w naukach o ziemi, inżynierii i ekonomii.

Dalszy rozwój wielu technik wraz z przypadkami historycznymi zaimplementowano w książce p.t. „Paleontological data analysis” (Hammer & Harper 2005).

Gdy natraficie na błędy programu, macie pytania lub sugestie albo inne komentarze, będzie nam miło gdy je nam przekażecie. W tym celu prosimy o kontakt pod adresem [e-mail]. W razie zgłaszania błędów, prosimy o przesyłanie nam stosowanych danych zapisywanych w PAST wraz z pełnym opisem wykonywanych operacji prowadzących do wystąpienia problemu.

Ostatnią wersję PAST razem z dokumentacją można ściągnąć z Internetu korzystając z adresu:

http://folk.uio.no/ohammer/past

Będzie nam również miło gdy w waszych publikacjach naukowych będziecie powoływali się na PAST.

Źródła literaturowe

• Hammer, Ř. & Harper, D.A.T. 2006. Paleontological Data Analysis. Blackwell.

• Hammer, Ř., Harper, D.A.T., and P. D. Ryan, 2001. PAST: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis. Palaeontologia Electronica 4(1): 9pp.

• Harper, D.A.T. (ed.). 1999. Numerical Palaeobiology. John Wiley & Sons.

2. Instalacja

Wersja przenośna Portable nie wymaga instalacji.

3. Szybki start

Większość elementów programu PAST jest samoobjaśniających, ale niektóre z wbudowanych funkcji są nieco trudniejsze do znalezienia i w obsłudze.

3.1. Jak eksportować grafikę ?

W celu uzyskania jakości publikacyjnej, zapisać wykres w formacie wektorowym SVG. Kliknąć w oknie wykresu przycisk Graph Settings. W otworzonym okienku dialogowym preferencji wykresu kliknąć przycisk Export Picture (patrz czerwona strzałka po prawej stronie powyższego rysunku). Utworzony plik SVG można otwierać np. w programie Adobe Illustrator lub Inkscape Można tam edytować wykres i zapisać go np. w formacie PDF. Pliki SVG są również obsługiwane w większości przeglądarek Web i można je wstawiać bezpośrednio na stronach internetowych.

Można także eksportować wykres do formatów obrazu (JPG, TIF, itp.) ale jakość jest wtedy niższa i nie można łatwo edytować grafiki. Alternatywnie, można skopiować i wklejać obraz jako bitmapę przez kliknięcie przycisku Copy w oknie wykresu .

3.2. Jak organizować dane w grupach

Wymaga to osobnej kolumny grupowej z identyfikatorami grup dla każdego wiersza. W poniższym przykładzie (1) istnieje kolumna grupowa grupa o nazwie Lithology zawierająca dwie grupy LS i MS.

Aby wyspecyfikować tą kolumnę najpierw zaznaczyć pole Column Attributes nad arkuszem. Pokaże to dwa dodatkowe wiersze na górze arkusza Type i Name. Widać to na poniższym przykładzie (2). Kliknąć kilka razy w komórce Type kolumny grupowej aby rozwinąć menu, w którym wybrać Group - patrz poniższy przykład (1). Następnie kliknąć gdziekolwiek aby zaktualizować arkusz po czym usunąć zaznaczenie pola Column Attributes nad arkuszem. Kolumna grupowa zostanie wtedy zaznaczona literą G - patrz poniższy przykład (4).

4. Arkusz i menu edycji Edit

Program PAST ma interfejs podobny do arkusza kalkulacyjnego. Dane wprowadza się jako macierz (tablica) komórek zorganizowanych w poziomych wierszach i pionowych kolumnach.

4.1. Wprowadzanie danych

W celu wprowadzenia danej do komórki, kliknąć myszką w komórce i wpisać daną. Komórki można również wybierać za pomocą klawiszy kierunkowych. W komórce można wprowadzać dowolny tekst, ale większość funkcji oczekuje liczb. Jako separatory dziesiętne, akceptowana jest zarówno kropka (.) jak i przecinek (,).

Brak lub obecność danej jest kodowane odpowiednio jako 0 lub 1.Wszelkie inne liczby dodatnie będą traktowane jako ich obecność. Tablice braku / obecności można wyświetlać z czarnymi prostokątami po zaznaczeniu pola Black / White (1/0) nad tablicą.

Genetyczne sekwencje danych są kodowane przy korzystaniu z liter C. A. G. T (akceptowane są również małe litery). Brakujące dane są kodowane znakiem zapytania (?). Obsługa brakujących danych jest szczególnie ważna w dokumentowaniu funkcji. Funkcje nie zawsze obsługują poprawnie brakujące dane, a więc należy tu zachować ostrożność.

Specyficzną konwencją PAST jest to, że obiekty rozmieszczane są w wierszach i kolumnach. Trzy indywidualne brachiopody (ramienionogi) mogą więc zajmować wiersze 1, 2, 3, a ich długości i szerokości mogą znajdować się w kolumnach A i B. Analiza klastrów zawsze taktuje klastry jako obiekty wierszowe.

W analizie skojarzeń Q-Mode, próbki (lokalizacje) powinny być dlatego wprowadzane w wierszach, a stawki (gatunki) w kolumnach. Przy zmianie trybu Q-Mode na R-Mode, wiersze i kolumny można łatwo wymieniać za pomocą operacji transpozycji Transpose.

4.2. Zaznaczanie obszarów

Większość operacji w programie PAST wykonywane jest tylko na zaznaczonych (zamarkowanych) obszarach tablicy. Przy próbie uruchomienia funkcji oczekującej danych, gdy nie są one zaznaczone, zostanie wyświetlony komunikat o błędzie.

• Wiersz zaznacza się przez kliknięcie etykiety wiersza (kolumna z lewej strony)
  

• Kolumnę zaznacza się przez kliknięcie etykiety kolumny (górny wiersz)
  

• Wiele wierszy zaznacza się przez zaznaczenie etykiety pierwszego wiersza, po czym klikanie z klawiszem Shift dodatkowych etykiet wierszy tablicy
  

• Wiele kolumkn zaznacza się przez zaznaczenie etykiety pierwszej kolumny, po czym klikanie z klawiszem Shift dodatkowych etykiet kolumn tablicy
  

• Można również zaznaczać nieprzyległe wiersze lub kolumny klikając je z klawiszem Ctrl
  

• Całą tablicę można zaznaczyć klikając górny lewy róg tablicy (puste szara komórka) lub przez wybranie polecenia menu Edit |Select All

• Mniejsze obszary w tablicy można zaznaczać klikając je, a następnie klikając je z klawiszem Shift.

4.3. Przesuwanie wierszy lub kolumn

Wybrać polecenie Drag rows/columns w sekcji Click Mode nad tablicą. Można teraz przesuwać wiersze lub kolumny przez klikanie ich etykiet i przeciąganie w nowe miejsce.

4.4. Zmiana nazw wierszy lub kolumn

Po uruchomieniu PAST, wiersze są numerowane od 1 do 99, a kolumny są etykietowane od A do Z. Dla własnych potrzeb i dla poprawnego etykietowania wykresów można opisywać te wiersze i kolumny w sposób bardziej opisowy za pomocą skrótowych nazw.

W tym celu wybrać opcję Row attributes w sekcji Show nad tablicą aby zobaczyć edytowalną kolumnę nazw wierszy lub wybrać opcję Column attributes w sekcji Show nad tablicą aby zobaczyć edytowalny wiersz nazw.

4.5. Zwiększanie rozmiarów tablicy

Domyślnie, PAST ma 95 wierszy i 26 kolumn. Gdy chcemy mieć ich więcej, możemy dodać wiersze lub kolumny przez wybranie polecenia Insert more rows lub Insert more columns w menu Edit. Wiersze lub kolumny będą wstawiane za zaznaczonym obszarze lub na dole albo z prawej strony jeśli żaden obszar nie był zaznaczony. Przy ładowaniu dużych plików danych, wiersze i kolumny są automatycznie dodawane.

4.6. Wycinanie, kopiowanie i wklejanie

Funkcje wycinania Cut, kopiowania Copy i wklejania Paste znajdują się w menu edycji Edit, Można wycinać lub kopiować dane z arkuszy PAST i wklejać je do innych programów, np. Word lub Excel. Podobnie, dane z innych programów można wklejać do PAST, co wymaga danych tekstowych w formacie z separatorami w postaci tabulatorów.

Przed wklejaniem należy zaznaczyć górną lewą komórkę obszaru arkusza, gdzie chcemy wkleić dane. Zwrócić uwagę aby nie wklejać do być może ukrytych kolumn i wierszy oraz do pół atrybutów jeśli istnieją.

4.7. Usuwanie

Funkcja usuwania Remove w menu Edit pozwala na usunięcie zaznaczonych wierszy lub kolumn z arkusza.

Usuwany obszar nie jest kopiowany do bufora wklejania.

4.8. Kolory i symbole wierszy

Każdy wiersz może mieć określony kolor lub symbol (kropka, krzyżyk, kwadracik, itp.) Można z nich korzystać na wykresie rozrzutu lub na innych wykresach.

W tym celu należy wybrać opcję Row attributes nad arkuszem i edytować indywidualnie wymagane wiersze kolorami lub skorzystać z polecenia menu Edit | Row colors/symbols do jednoczesnego ustawiania wszystkich zaznaczonych wierszy (opcjonalnie w oparciu o grupy - patrz rozdział 4.9.)

4.9. Zaznaczanie typów danych dla kolumn i specyfikowanie grup

Każda kolumna może mieć pewien typ danych wstawionych po zaznaczeniu opcji Column attributes nad arkuszem. Należy wtedy kliknąć kilka razy komórkę w kolumnie Type aby otworzył małe menu, gdzie można wybrać wymagany typ danych. Do dyspozycji mamy poniższe typy danych:

• - (niewyspecyfikowane) - Jest to domyślny typ danych
  

• Ordinal (zwykły), Nominal (nominalny) lub Binary (dwójkowy) - Wybrać jeden z tych typów jeśli chcemy korzystać z mieszanych pomiarów podobieństwa / odległości
  

• Group - W kolumnie grupowej można wprowadzać identyfikatory grup danych. Można tutaj stosować liczby całkowite lub łańcuchy tekstowe, np. takie jak „Kobieta” lub „Mężczyzna” (oczywiście bez cudzysłowów). Będzie to grupowało dane w oparciu o wieloboki lub elipsy na wykresach rozrzutu. Kolumna grupowa jest również wymaga w wielu analizach, np. takich jak MANOVA. Zaleca się mieć wiersze kolejne w tych samych grupach. Niektóre analizy, np. podwójna analiza wariancji ANOVA wymagają dwóch lub nawet więcej ko0lumn grupowych.

Podkreśla się, że w odróżnieniu od poprzednich wersji PAST, nie ma automatycznych łączy między kolorami, symbolami i grupami. Gdy chcemy korzystać z innych kolorów / symboli w różnych grupach, trzeba najpierw ustawić grupy, a dopiero potem skorzystać z polecenia menu Edit | Row colors/symbols do odpowiedniego przypisania kolorów / symboli.

4.10. Usuwanie zbędnych wierszy / kolumn

Niektóre wiersze i kolumny mogą być zbędne, zwłaszcza w analizach wielu zmiennych. Takie wiersze i kolumny mogą nadawać się do usunięcia. Wiele rożnych typów można wyszukiwać do usuwania. Mogą to być wiersze lub kolumny zawierające tylko zera (0), wiersze lub kolumny zawierające tylko brakujące dane (?) oraz wiersze i kolumny zawierające tylko jedną komórkę niezerową (singeltony).

4.11. Transpozycja

Funkcja Transpose w menu Edit | Rearrange pozwala na zmianę wierszy i kolumn. Jest ona stosowana np. do przełączania się między trybami R oraz Q w analizie klastrów. w analizie składników głównych oraz w tworzeniu serii.

4.12. Grupowanie kolumn dla wielu zmiennych

Polecenie menu Edit | Rearrange | Groupped Columns to multiver pozwala na przekształcanie z formatu wielu zmiennych w kolejnych grupach N-kolumn na format PAST po jednym elemencie w wierszu i wszystkich zmiennych w kolumnach.

Dla N = 2, o dwóch elementach i czterech zmiennych a-d, konwersja ta ma postać:

na

4.13. Grupowanie wierszy dla wielu zmiennych

Polecenie menu Edit | Rearrange | Groupped rows to multiver pozwala na przekształcanie z formatu wielu zmiennych w kolejnych grupach N-wierszy na format PAST po jednym elemencie w wierszu i wszystkich zmiennych w kolumnach. Dla N = 2, o dwóch elementach i czterech zmiennych a-d, konwersja ta ma postać:

na

4.14. Obserwacje dla tablicy kontyngencji (przestawnej)

Polecenie menu Edit | Rearrange | Observations for contingency table oczekuje po jednej obserwacji w wierszu. Każda kolumna zawiera kategorie kodowane cyframi, np. mężczyźni = 0, kobiety = 1 w pierwszej kolumnie, Europejczycy = 1, Afrykanie = 3, Azjaci = 5 w drugiej kolumnie. Pojawianie się rożnych kombinacji jest zliczane, co daje tablicę przestawną, którą można analizować za pomocą modułu Contingency table'w menu Univariate.

4.15. Stosowe grupowanie wierszy w kolumnach

Polecenie menu Edit | Rearrange | Stack Groupped rows into column może być przydatne np. do wykonywania analizy statystycznej par kolumn między grupami

4.16. Pary wartości dla macierzy

Edit | Rearrange | Value pairs to matrix jest bardzo podobne do polecenia menu Edit | Rearrange | Observations for contingency table i oczekuje dwóch kolumn danych zawierających liczby lub łańcuchy tekstowe Każdy wiersz zawiera jedną obserwację. np. Europa, Afryka, Azja w pierwszej kolumnie oraz Psy, Koty. Lisy w drugiej kolumnie. Pojawianie się różnych kombinacji jest zliczane, co daje pełną macierz (tablicę) danych, w tym przypadku lokalizacje w kolumnach oraz gatunki w wierszach.

4.17. Próbki na wydarzenia (UA do RASC)

Polecenie menu Statigraphy | Unitary associations może wymagać macierzy (tablicy) zawierającej gatunki próbek w wielu sekcjach. Funkcja ta przekształca wtedy każdą sekcję w jeden wiersz w kolejności wydarzeń (FAD, LAD lub oba jednocześnie) tak jak to oczekuje polecenie Ranking-Scaling w tym menu. Powiązane wydarzenia (w tej samej próbce) mogą mieć równe rangi.

4.18. Wydarzenia na próbki (RASC do UA)

Polecenie menu Statigraphy | Unitary associations może wymagać macierzy (tablicy) zawierającej sekcje / kolumny w wierszach i gatunki w kolumnnach z wartosciami FAD i LAD zmiennych kolumnach (tzn. w dwóch kolumnach na gatunek). Funkcja ta przekształca wtedy format Unitary Associations (brak / obecność) sekcji w grupach wierszy, próbek w wierszach oraz gatunków w kolumnach.

4.19. Ładowanie zapisanych danych

Polecenie menu File | Open pozwala na otwieranie plików. Można również przeciągać pliki z pulpitu do okna PAST. Program ten korzysta z formatu plików tekstowych do łatwego importu danych z innych programów (np. Word) w poniższy sposób.

Górna lewa komórka musi zawierać dwukropek (:) Separatorami komórek jest tabulator. Istnieją dwa górne wiersze z typami danych i nazwami kolumn oraz trzy kolumny z lewej strony zawierające kolory, symbole i nazwy wierszy, tak jak to ilustruje poniższy przykład:

Niezależnie od tego formatu, PAST może również wykrywać otwierane pliki w poniższych formatach:

• Excel (tylko pierwszy arkusz - patrz rozdział 4.20.).
  

• Nexus (patrz rozdział 4.21.).
  

• TPS - Format opracowany przez Rohlfa. Obsługuje on pola Lanfmark, Outlines, Curves, Id, Scale oraz Comment.
  Inne pola są ignorowane.
  

• NTSYS - Wielokrotne tablice i drzewa nie są obsługiwane.
  Pliki te mają rozszerzenia NTS.
  

• FASTA - Format sekwencji molekularnych.
  Uproszczona aplikacja zgodna z NCBI.
  

• PHYLIP - Format sekwencji molekularnych.
  Pliki te mają rozszerzenia PH.
  

• Arlequin - Format sekwencji molekularnych.
  Dla danych genotypów, dwa haplotypy są połączone w jeden wiersz.
  Nie wszystkie opcje są obsługiwane.
  

• BioGraph - Format biostratografii (próbki lub dane).
  Gdy znaleziony zostanie drugi plik o tej samej nazwie ale o rozszerzeniu DCT, zostanie dołączony do katalogu BioGraph.
  

• RASC - Format biostratografii. Trzeba otworzyć plik DAT.
  Program oczekuje odpowiednich plików DIC oraz DEP w tym samym katalogu.
  

• CONOP - Format biostratografii. Trzeba otworzyć plik DAT (plik log).
  Program oczekuje odpowiednich plików EVT (wydarzenia) i STC (sekcja) w tym samym katalogu.

4.20. Import danych z Excela

Istnieje kilka sposobów pobierania danych z Excela do PAST.

• Kopiować w Excelu i wklejanie w PAST. Przed wklejeniem należy kliknąć (zaznaczyć) górną lewą komórkę gdzie dane mają być wstawione. Zależy to od atrybutów wierszy lub kolumn zawartych w danych.
  

• Otworzyć plik Excela z poziomu PAST.
  

• Zapisać plik w Excelu jako plik tekstowy z separatorem w postaci tabulatora. Wynikowy plik będzie można otwierać w PAST.

4.21. Czytanie i zapisywanie plików Nexus

Format plików Nexus jest stosowany w wielu różnych programach. PAST może czytać i zapisywać bloki danych (tablice znaków) w formacie Nexus. Obsługiwane są dane z przeplotem. Ponadto, gdy mamy wykonaną analizę oszczędności i otwiera się okno Parsmony Analysis, wówczas drzewo skrótów zapisywane jest w formacie Nexus w celu dalszego przetwarzania w innych programach (MacClade lub Paup). Podkreśla się, że aktualnie nie wszystkie pliki Nexus są obslugowane.

4.22. Import plików tekstowych

Pliki tekstowe z separatorami liczb w postaci spacji, tabulatorów lub przecinków można otwierać za pomocą polecenia menu File | Open | text file.

4.23. Licznik

Funkcja licznika w menu Edit | Counter jest stosowana np. w mikroskopii przy zliczaniu różnych typów mikroskopowych. Trzeba zaznaczyć jeden wiersz (próbka) Otwiera się okno licznika z pewną liczba zliczeń, po jednej dla każdej zaznaczonej kolumny (gatunek). Liczniki są inicjalizowane z etykietami kolumn i wszelkimi zliczeniami już obecnymi w arkuszu. Przy zamykaniu okna licznika, wartości arkusza są aktualizowane.

Zliczamy w górę (+) lub w dół (-) za pomocą myszki albo klawiszami 0-9 i literami a-z (tylko pierwsze 36 zliczeń). Słupki reprezentują obfitość Abundance. Zapis wydarzeń log jest pokazywany po prawej stronie i można go przewijać suwakiem za pomocą myszki lub klawiszami kierunkowymi. Każdy licznik ma opcjonalny, specyficzny obszar audio.

5. Menu transformacji Transform

5.1. Logarytm

5.2. Odejmowanie średniej

5.3. Usuwanie trendu

5.4. Procent wierszy

5.5. Box-Cox

5.6. Usuwanie rozmiarów z odległości

5.7. Punkty orientacyjne - Dopasowanie Prokrustowe

5.8. Punkty orientacyjne - Dopasowanie Booksteina

5.9. Projekt do przestrzeni stycznej (nie zaimplementowane jeszcze w wersji 3)

5.10. Usuwanie rozmiaru z punktów orientacyjnych (nie zaimplementowane jeszcze w wersji 3)

5.11. Transformacja punktów orientacyjnych

5.12. Interpolacja liniowa

5.13. Obliczanie wyrażeń

6. Menu wykresu Plot

6.1. Wykres

6.2. Wykres XY

6.3. Wykres XY ze słupkami błędów

6.4. Histogram

6.5. Diagram słupkowy / skrzynkowy

6.6. Diagram kołowy

6.7. Diagram stosowy

6.8. Percentyle*

6.9. Wykres prawdopodobieństwa normalnego

6.10. Wykres trójkątny

6.11. Wykres pęcherzykowy

6.12. Macierz

6.13. Macierz

6.14. Powierzchnia

6.15. Wykres 3D rozrzutu / pęcherzykowy

7. Menu statystyki Statistics

7.1. Jedna zmienna

7.2. Testowanie jednej zmiennej

7.2.1.Test-t jednej zmiennej względem danej średniej μ₀ (parametryczny)

7.2.2.Test znaków Wilcoxona jednej zmiennej względem danej mediany M (nieparametryczny)

7.3. Testowanie dwóch zmiennych

7.3.1.Test-t i testy związane dla równych średnich

7.3.2.Test-F dla równych wariancji

7.3.3. Test Manna-Whitneya dla równych median

7.3.4. Test Mooda dla równych median

7.3.5. Test Kołmogorowa-Smirnowa dla równych rozkładów

7.3.6. Współczynnik zmienności (test Fignera-Klleena)

7.4. Testy F i t na podstawie parametrów

7.5. Sparowane testy dwóch próbek (test-t, test znaków, test Wilcoxona)

7.6. Sparowane testy dwóch próbek (test-t, test znaków, test Wilcoxona)

7.7. Testy wielu próbek

7.7.1. Pojedyncza analiza wariancji ANOVA

7.7.2. Analiza Kruskala-Wallisa

7.8. Testy wielu próbek z powtarzanymi pomiarami

7.8.1. Sparowane testy końcowe Tukeya

7.8.2 Test Friedmana

7.9. Podwójna analiza wariancji ANOVA

7.10. Podwójna analiza wariancji ANOVA bez powtórzeń

7.11. Podwójna analiza wariancji ANOVA z powtarzanymi pomiarami

7.12. Tablica korelacji

7.13. Korelacja między klasami

7.14. Testy normalności

7.15. Tablica kontyngencji (rozdzielczości) chi², itp.

7.16. Test Cochrana-Mantela-Haenszela

7.17. Ryzyko / szanse

7.18. Proporcja pojedyncza

7.19. Proporcja wielokrotna i przedziałów ufności

7.20. Analiza przetrwania (krzywe Kaplana-Meiera, testy log-rank, itp.)

7.21. Błędy łączne

8. Menu wielu zmiennych Multivar

8.1. Składniki podstawowe

8.2. Współrzędne podstawowe

8.3. Niemetryczne MDS

8.4. Analiza korespondencyjna

8.5. Analiza korespondencyjna beztrendowa

8.6. Analiza korespondencyjna kanoniczna

8.7. Topologia

8.8. Analiza czynnikowa CABFAC (nie zaimplementowana jeszcze w wersji 3)

8.9. Analiza dyskryminacyjna

8.10. Dwublokowy PLS

8.11. Analiza klastrów

8.12. Łączenie sąsiadów

8.13. K-średnie klastrów

8.14. Normalność wielu zmiennych

8.15. M-Box

8.16. Analiza wariancji wielu zmiennych MANOVA

8.17. Pojedyncza analiza wariancji ANOSIM

8.18. Pojedyncza analiza wariancji PERMANOVA

8.19. Podwójna analiza wariancji ANOSIM

8.20. Podwójna analiza wariancji ANOSIM bez powtórzeń

8.21. Podwójna analiza wariancji PERMANOVA

8.22. Test Mantela i częściowy test Mantela

8.23. SIMPER

8.24. Sparowany Hoteling

8.25. Nowoczesna technika analogowa

8.26. Wskaźniki podobieństwa i odległości

8.27. Statystyka sekwencji genetycznych

9. Menu modelowania (analizy regresji) Model

9.1. Liniowy, dwie zmienne

9.2. Liniowy, wiele zmiennych (jedna niezależna, wiele n-zależnych)

9.3. Liniowy, (jedna niezależna, wiele n-zależnych)

9.4. Liniowy, wielokrotny, wiele zmiennych (wiele m-niezależnych, wiele n-zależnych)

9.5. Uogólniony model liniowy

9.6. Regresja wielomianowa

9.7. Regresja nieliniowa

9.7.1. Regresja liniowa

9.7.2. Regresja kwadratowa

9.7.3. Regresja potęgowa

9.7.4. Regresja wykładnicza

9.7.5. Model Van Bertalanify

9.7.6. Model MIchaelisa-Mentena

9.7.7. Regresja logistyczna

9.7.8. Model Gompertza

9.7.9. Model Gaussa

9.8. Regresja sinusoidalna

9.9. Wygładzanie splajnami (krzywe sklejane)

9.10. Wygładzanie LOESS

9.11. Analiza mieszanin

9.12. Modele obfitości

9.14. Pakowanie gatunków (gaussowskie)

9.15. Spirala logarytmiczna

10. Menu różnorodności Diversity

10.1. Wskaźniki różnorodności

10.2. Kwadrat bogactwa

10.3. Rozbieżność Beta

10.4. Wyróżnienia taksonomiczne

10.5. Indywidualne osobliwości

10.6. Próbki osobliwości (Tau Mao)

10.7. Analiza SHE

10.8. Test permutacji różnorodności

10.9. Test-t różnorodności

10.10. Profile różnorodności

11. Menu szeregów czasowych TIme Series

11.1. Prosty periodogram]

11.2. Analiza widmowa REDFIT

11.3. Wielostożkowa analiza widmowa

*11.4. Transformacja Walsha

11.5. Szybka transformacja Fouriera

11.6. Transformacja falowa

11.7. Autokorelacja

11.8. Korelacja krzyżowa

11.9. Korelogram i periodogram Mantela

11.10. Test uruchomień

11.11. Test trendu Manna-Kendalla

11.12. ARMA (i analiza interwencji)

11.13. Model izolacji (Solar Forcing)

11.14. Punkt wydarzeń

11.15. Łańcuch Markowa

11.16. Proste wygładzanie

11.17. Filtr FIR

11.18. Konwersja data / czas

12. Menu geometrii Geometrical

12.1. Kierunki (jedna próbka)

12.2. Kierunki (dwie próbki)

12.3. Korelacja kołowa

12.4. Korelacja sferyczna (jedna próbka)

12.5. Analiza typu punktu

12.6. Analiza typu punktu (najbliższe sąsiedztwo)

12.7. Analiza typu punktu K Ripleya

12.8. Gęstość Kernela

12.9. Wyrównanie punktów

12.10. Autokorelacja przestrzenna I Morana

12.11. Siatka (interpolacja przestrzenna)

12.12. Allometria wielu zmiennych (nie zaimplementowana jeszcze w wersji 3)

12.13. Rozmieszczanie punktów PCA na płaszczyźnie 2D (zawijanie względne)

12.14. Rozmieszczanie punktów 2D za pomocą splajnów cienkowarstwowych

12.15. Rozmiary wg rozmieszczenia punktów 2D lub 3D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.16. Odległości wg rozmieszczenia punktów 2D lub 3D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.17. Wszystkie odległości od rozmieszczenia punktów (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.18. Łączenie rozmieszczenia punktów (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.19. Kształt Fouriera 2D (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.20. Analiza eliptycznego kształtu Fouriera

12.21. Analiza kątowego kształtu Fouriera

12.22. Analiza własnego kształtu (nie ma jeszcze w wersji 3)

12.23. Transformacja współrzędnych

13. Menu stratygrafii Stratigraphy

13.1. Skojarzenia jednostkowe

13.2. Skojarzenia jednostkowe

13.3. Skalowanie rang

13.4. Ograniczona optymalizacja(CONOP)

13.5. Przedziały ufności rang

13.6. Wygląd wydarzeń (nie ma jeszcze w wersji 3)

13.7. Rozkład swobodnych przedziałów ufności rang (nie ma jeszcze w wersji 3)

13.8. Diagram wrzecionowy (nie ma jeszcze w wersji 3)

14. Kladystyka (nie ma jeszcze w wersji 3)

15. Skrypty

15.1. Struktura języka

15.2. Okno wyjściowe

15.3. Dostęp do głównego arkusza PAST

15.4. Operacje macierzowe i wektorowe

15.5. Matematyczne funkcje skalarne

15.6. Wejścia / Wyjścia plikowe

15.7. Operacje łańcuchowe

15.8. Inne funkcje

15.9. Biblioteki i klasy

15.10. Formy, składniki i wywołania zwrotne

Z nieznanych powodów, opcja ta nie me zawsze działa (przypis tłumacza).

- 18 -

---