Składa się z bakterii właściwej fermentacji mlekowej, tzn. różnych gatunków bakterii z rodzajów Leuconostoc, Streptococcus, Lactobacillus. Mikroflorę tę mogą również stanowić formy termofilne, jeśli dochodzi do zagrzewania się fermentującej masy. Wynikiem działalności tej mikroflory jest nagromadzenie się kwasu mlekowego i obniżenie pH do 4,2 lub poniżej.
Pochodzi z roślin, gleby, obornika lub powietrza. Powoduje obniżenie wartości kiszonek lub ich psucie. Mikroflorę niepożądaną mogą stanowić:
• tlenowe bakterie gnilne,
• bakterie fermentacji masłowej,
• bakterie rzekomej fermentacji mlekowej,
• tlenowe i beztlenowe bakterie,
• drożdże i pleśnie.
Tlenowe bakterie gnilne. Powodują rozkład białka (Pseudomonas, Serratia, Bacillus). Są one bardzo wrażliwe na zakwaszenie i wymagają do swojego wzrostu przynajmniej odczynu obojętnego. Zapewnienie warunków beztlenowych przez dokładne ubicie masy i niewielkie zakwaszenie zapobiega ich rozwojowi.
Bakterie fermentacji masłowej, czyli różne gatunki Clostridium. Mają prawie takie same wymagania w stosunku do środowiska jak i bakterie fermentacji mlekowej. Zabezpieczenie kiszonki przed tymi drobnoustrojami jest trudne, jedyną możliwością ochrony kiszonki jest bardzo szybkie obniżenie pH poniżej 4,2, ponieważ stanowi to wartość graniczną zakwaszenia tolerowanego przez te bakterie.
Bakterie rzekomej fermentacji mlekowej. Wśród nich najczęściej występują Escherichia coli i Enterobacter aerogenes, wytwarzają w kiszonkach różne niepożądane produkty i duże ilości C02- Stanowią one przede wszystkim naturalny składnik gleby i przewodu pokarmowego zwierząt. Zachowanie warunków higienicznych przy przygotowywaniu i przechowywaniu kiszonek pozwala na ograniczenie rozwoju tych mikroorganizmów.
Tlenowe i beztlenowe bakterie. Przeprowadzają rozkład celulozy i pektyn (Bacillus, Flauobacterium, Clostridium).
Drożdże i pleśnie. Są naturalnymi składnikami mikroflory roślin. Ograniczony wzrost drożdży w kiszonkach może być nawet pożądany, ponieważ produkują one alkohol zaostrzający smak kiszonki oraz różne witaminy i substancje wzrostowe potrzebne bakteriom fermentacji mlekowej właściwej i podnoszące wartość odżywczą kiszonek. Zbyt silny rozwój drożdży w kiszonce może stanowić niebezpieczną konkurencję dla bakterii mlekowych, gdyż mogą one wykorzystywać kwasy organiczne jako źródło węgla i energii. Liczniejsze pojawienie się drożdży w kiszonce jest objawem jej starzenia. Pleśnie są bezwzględnymi szkodnikami w kiszonkach. Są to organizmy wybitnie tlenowe, dlatego atakują kiszonki od warstw wierzchnich,
53