Owoce i warzywa mogą być zakażone mikroflorą patogenną i saprofityczną.
Flora patogenna dla roślin, w większości przypadków nie jest chorobotwórcza dla człowieka. Choroby roślin wywołane są wirusami, bakteriami a przede wszystkim grzybami.
Objawy chorobowe roślin występują w różnej postaci: najczęściej obserwuje się na ich powierzchni pojawianie się plam różnej barwy i wielkości. Może również występować niedorozwój roślin, zniekształcenie poszczególnych organów oraz gnicie zbiorów w czasie przechowywania. Najgroźniejsze dla roślin są grzyby, stanowią one ok. 85% wszystkich chorób. Porażają one rośliny w różnych stadiach rozwojowych, poczynając od siewek a kończąc na dojrzałych owocach.
Flora saprofityczna występuje głównie na powierzchni owoców i warzyw. Rodzaj mikroflory oraz jej ilość zależą od gatunku, a nawet odmiany rośliny, warunków wegetacji, sposobu nawożenia gleby, warunków klimatycznych itp.
Im bliżej ziemi rośnie roślina, tym więcej jest na niej mikroflory , której naturalnym środowiskiem jest gleba, np. w ogórkach stwierdza się obecność bakterii pektolitycznych, powodujących hydrolizę wewnętrznej blaszki ścian komór nasiennych, przez co powstają puste przestrzenie oraz mięknienie, a nawet rozpadanie się ogórków w czasie kiszenia lub przechowywania.
• WARZYWA
Przyczyną psucia się warzyw mogą być bakterie i grzyby. W czasie magazynowania i transportu warzyw ich miękkie gnicie powodują Ervinia carotovora i jej odmiany oraz bakterie z rodzaju Pseudomonas. Frvina carotovora atakuje również ogórki, pomidory i paprykę.
Ervinia carotovora i jej odmiana Erwnia carotovora artroseptica wywołują miękkie gnicie ziemniaków.
Białą zgniliznę cebuli wywołuje Sclerotium cepivorum.
Sclerotinia slerotiorum atakuje selery powodując tzw. czerwoną zgniliznę wodnisto miękką.