P odstawową różnicą pomiędzy wodami gruntowpni a głębinowymi jest to, że wody gruntowe bezpośrednio stykają, się ze wszelkimi nieczystościami z powierzchni w postaci ścieków i odpadów. Są zatem bardziej skażone W przeciwieństwie do wód głębinowych, które są (jeszcze) odizolowane od zanieczyszczali?powierzchni Ziemi.