nego sensu jako skrótowy obraz natury, tak umiłowanej przez świętego z Asyżu, i symbole czystości księżnej-mniszki.
Przy świątyni franciszkańskiej nie budowano mauzoleów rodzinnych. Kaplica przylegająca od północy do prezbiterium stanowi sanktuarium bł. Salomei, w którym spoczywa również jej brat Bolesław Wstydliwy, współfundator kościoła. Gotycka pierwotnie kaplica uległa przekształceniu i otrzymała większość wyposażenia w związku z beatyfikacją Salomei w drugiej połowie XVII wieku. Przy nawie znajduje się obszerna kaplica Męki Pańskiej, będąca właściwie drugą nawą, w obecnym kształcie architektonicznym pochodząca z wieku XVII. Przez pewien czas miało tu siedzibę bractwo włoskie, następnie przeniesione do innej kaplicy w klasztorze. Część krużganku klasztornego po przeciwnej stronie kościoła została zamieniona na kaplicę Matki Boskiej Bolesnej. W barokowym ołtarzu znajduje się tam piękny późnogotycki obraz Madonny, zwanej tradycyjnie Smętną Dobrodziejką. Od strony południowej przylega do prezbiterium szlachetne, gotyckie wnętrze tzw. starej zakrystii, obok której, już w budynku klasztornym, usytuowana jest nowa zakrystia z zachowanym w całości wyposażeniem z drugiej połowy XVIII wieku.
Wyjątkowo piękny zakątek stanowią krużganki klasztorne otaczające prostokątny wirydarz, pochodzące w większej części z pierwszej połowy XV wieku. Jest to prawdziwe muzeum dawnego malarstwa. Na ścianach krużganków zachował się najcenniejszy w Krakowie zespół gotyckich malowideł ściennych, niestety znajdujący się obecnie, pomimo kolejnych konserwacji, w opłakanym stanie. Szczególnym urokiem wyróżnia się scena Zwiastowania, należąca jeszcze do miękkiej fazy gotyku. Wątek franciszkański reprezentuje Stygmatyzacja św. Franciszka, a Chrystus w tłoczni mistycznej stanowi typową dla późnego średniowiecza ilustrację skomplikowanych pojęć teologicznych.
Jak wspomniano, już w wieku XV ustalił się zwyczaj umieszczania w krużgankach franciszkańskich portretów biskupów krakowskich. Najstarsze przykłady, datowane na lata 1436-1455, to malowidła ścienne, przedstawiające dostojników kościelnych zasiadających obok siebie na ozdobnych ławach. Począwszy od następnego stulecia polichromię zastąpiły całopostaciowe portrety malowane na drewnie lub na płótnie.
288