Po śmierci Huayny Capaca, który zmarł na skutek epidemii, władzę objął jego prawowity syn Huascar, koronowany w Ciazco przez kapłanów, zarząd nad częściami północnymi imperium ze stolicą w Quito przejął przyrodni brat Huascara - Atahualpa.
W roku 1527 między obu braćmi wybuchła wojna domowa opanowanie nad całym imperium Inków, podczas której Atahualpa, dysponujący wyborową armią ojca, stacjonująca w północnych prowincjach państwa pokonał w 1532 roku pod Apurimac Huascara i uwięził go. W tymże samym roku Atahualpa został podstępnie pojmany w mieście Cayamarca, przez wojska hiszpańskie R Pizarra, który rozpoczął podbój inkaskiego imperium. Mimo złożonego olbrzymiego okupu (ok.. 6 tys. kg złota i 12 tys. kg srebra) Atahualpa, oskarżony o bezprawne przywłaszczenie sobie władzy, polecenie zamordowania uwięzionego brata Huascara i przygotowanie powstania przeciwko Hiszpanom, został w 1533 roku na rozkaz Pizarra stracony.
Nowym władcą imperium Inków Pizarro mianował brata Atahualpy -Toparcę, który wkrótce zmarł. Na jego następcę Pizarro wyznaczył syna Huayna Capaca, brata, Huascara - Manco Inkę, który odebrał z rąk Pizarra insygnia władzy królewskiej, złożył hołd królowi hiszpańskiemu i został marionetkowym władcą Inków. Pizarro ustanowił w Cuzco hiszpański zarząd miejski, sam zaś ogłosił się gubernatorem zajętych ziem inkaskich. W 1535 roku Manco inka po odmowie Pizarra przywrócenia mu faktycznej władzy, uciekł z Cuzco, zebrał inkaskich wojowników, utworzył regularną -armię, wzniecił powstanie antyhiszpańskie, które ogarnęło cały kraj, i rozpoczął oblężenie Cuzco. Po kilku miesiącach bezskutecznego szturmu miasta, Manco Inka wycofał się do twierdzy .Tambo, a następnie w noku 1537 do Yilcabamby - ostatniej enklawy imperium inkaskiego - skąd nadal nękał napadami wojska hiszpańskie. W 1544 zginął zamordowany przez hiszpańskich zbiegów, przebywających na jego dworze. Ostatni władca Yilcabamby - Tupać Amaru, syn Manco Capaca, panujący po śmierci swego przyrodniego brata, Titu Kusego, zmarłego w 1571, został tracony w Cuzco w 1572 roku przez Hiszpanów, którzy przejęli całkowitą kontrolę nad dawnym imperium Inków.
Krajem Inków zwanym Tawantmsnju ( Tahuantmsuyu) - Kraj Czterech Dzielnic - rządził Sapa Inka ( Jedyny Inka),. syn Słońca, osoba boskiego pochodzenia, władca absolutny, źródło wszelkiej władzy, najwyższy kapłan i prawodawca, zwierzchnik sił zbrojnych.Swego następcę wybierał spośród synów, ale nie musiał to być syn pierworodny. Zmarły władca był mumifikowany - jego mumia pozostawała w pałacu, który, opuszczany natychmiast po jego śmierci stawał się niejako świątynią - grobowcemT
3