SYSTEMATYKA: MORFOLOGICZNA I MOLEKULARNA
(a) Homologia pochodna
(b) Homologia pierwotna
Gatunki
Cechy
(c) Analogie
12 3 4
Rodzaje cech
12 3 4
a' a' a a
a
12 3 4
a' a a a
a1 \
a' a a' a
a
Homologia
Analogia
Rodzaje grup taksonomicznych
Parafilełyczna Polifiletyczna
Monofiletyczna
ROŻNE TYPY GRUP: W przypadku (a) ewolucja wspólnych cech pochodnych prowadzi do powstania grupy monofiletycznej. Gdy jakiś gatunek (lub kilka gatunków) odchyla się znacząco od stanu pierwotnego, może zostać wydzielony, pozostawiając grupę parafiletyczną (b). Ewolucja konwergentna może doprowadzić do powstania gatunków o podobnych adaptacjach; gatunki te mogą wchodzić do grupy polifiletycznej (c). Kladystycy za naturalne uznają jedynie grupy monofiletyczne, ponieważ odzwierciedlają one filogenezę. Fenetycy akceptują zarówno grupy parafiletyczne, jak i polifiletyczne, ponieważ odzwierciedlają one wyniki ewolucji, czyli przystosowania.
jest neutralna pod względem selekcyjnym, są one niewidoczne dla doboru naturalnego. Konwergencja wiążąca się z podobnymi mutacjami w różnych liniach ewolucyjnych jest zatem bardzo mało prawdopodobna i może wystąpić jedynie przypadkowo. Po trzecie, uważano, że ewolucja molekularna i morfologiczna postępują w bardzo różnym tempie (pierwsza zawsze regularnie, druga zawsze kapryśnie), z czego miało wynikać, że dane molekularne są bardziej godne zaufania.
Co więcej, ponieważ podejrzewano, że różnice genetyczne między liniami ewolucyjnymi kumulują się w sposób regularny, stworzono pojęcie molekularnego zegara ewolucyjnego. Na podstawie danych molekularnych możliwe miało być nie tylko jednoznaczne ustalenie porządku odgałęziania się spokrewnionych gatunków, ale także wyliczenie, kiedy poszczególne linie ewolucyjne odłączyły się od siebie -czyli obliczenie długości gałęzi. I wreszcie, cechy morfologiczne są wynikiem działania złożonych i na ogół nieznanych zespołów genów i ich wzajemnych zależności regulacyjnych, natomiast dane molekularne odnoszą się do znacznie mniejszych i ściśle określonych zespołów genów. Zdaniem zwolenników systematyki ' molekularnej prostota gwarantuje niezawodność.