Przyczyną występowania rodzinnego OZT i PZT mogą być mutacje genu PRSS1 kodującego kationowy trypsynoger^
Mutacje te zaburzają równowagę pomiędzy aktywnością proteolityczną soku trzustkowego a jego działaniem
antyautoproteolitycznym, co prowadzi do przedwczesnej aktywacji trypsynogenu i innych enzymów, co prowadzi do samotrawienia trzustki
O udział w patogenezie rodzinnego OZT I PZT podejrzewany jest gen kodujący białko SPINKI (PSTI) - sekrecyjny trzustkowy inhibitor trypsyny. Mutacje tego genu są stwierdzane u 20% chorych.