W latach 1997-2005 autor koncentrował się na poznawaniu i badaniu serii osadowych Sudetów, w szczególności osadów czerwonego spągowca, pstrego piaskowca, kredy i neogenu. Podjął również próby wyjaśnienia genezy i wieku utworów zwietrzelinowych w Sudetach. Ważny wątek badawczy w tym okresie, poza przedstawionymi schematami stricte środowiskowymi i paleogeograficznymi, stanowiła próba wyjaśnienia ewolucji obszarów basenowych obejmująca m.in. aktywność podłoża i przypuszczalną kinematykę stref uskokowych (Wojewoda 1997 a, 2003 a; Wojewoda i in., 1997; Wajsprych i in., 1997; Awdankiewicz i in., 1999; Śliwiński i in., 2003 a i b; August & Wojewoda 2004, 2005).
Przez cały czas swojej dotychczasowej aktywności zawodowej, ale szczególnie podczas ostatnich 10 lat, autor prowadził badania powaryscyjskiej pokrywy osadowej, jak również zajmuje się ewolucją strukturalną i geomorfologiczną obszaru Sudetów, zarówno w okresach starszych (dewon, karbon, perm, trias, kreda) (Mastalerz & Wojewoda 1988 a; Aleksandrowski & Wojewoda 1990; Wojewoda 1997 c, 2003 a, 2006 a & c, 2007 g & h, 2008 c, d, e, f,, g, h, i & j, 2009 a, b & c; Wojewoda & Burliga 1996, 2003; Koziar & Wojewoda 2002; Don & Wojewoda 2004 a & b, 2005; Burliga i in. 2008; Wojewoda & Aleksandrowski 2010), jak i w kenozoiku, sięgając po czasy współczesne, dla których zapis geomorfologiczny jest wciąż dobrze czytelny (August i in. 1995; Wojewoda i in. 1995; Rotnicka & Wojewoda 1996; Wojewoda 2003 a, 2004 a & b, 2005, 2006 a & d, 2007 b, d, e & f, 2010 a). Szczególną wartość wśród tych prac wydają się mieć uzyskane przeze autora nowe dane geologiczno-kartograficzne z kilku obszarów Sudetów Środkowych oraz przeprowadzona analiza geometrii jednostek geomorfologicznych z wykorzystaniem metodyki precyzyjnego pozycjonowania przy użyciu urządzeń GPS (Global Positioning System), sondowań za pomocą GPR (Ground Penetrating Radar) oraz analizy numerycznej materiałów SRTM (Shuttle Radar Topography Mission) i UDAR (Light Detecting And Ranging). Przeprowadzone prace doprowadziły do odkrycia permo-mezozoicznych struktur tektonicznych o zasięgu regionalnym, m.in. środkowosudeckiei strefy ścinania i południowosudeckiego ciągu basenów sedymentacyjnych, a także zaowocowały zupełnie nową interpretacją kinematyki tak ważnych dla mezozoiczno-kenozoicznego rozwoju strukturalnego Sudetów dużych struktur kruchych, jak rów Górnej Nysy Kłodzkiej, czy strefa uskokowa Porici-Hronoy (Don & Wojewoda 2004 a i b, 2005; Wojewoda 2004 a & b' 2005, 2006 a, b, c & d, 2007 a, d, e, f, g & h, 2008 e, f & h; 2010 a & b; Cacoń i in, 2009).
Szczególne znaczenie mają prace, w których, poza opisem całkowicie nowych zjawisk z zakresu sedymentologii, ichnologii oraz reologii osadów, udało się zaproponować wyjaśnienie procesowe (fizyczne) i środowiskowe tych zjawisk (Wojewoda, 1988 c. 1992 b, 1993 a, b, c & e, 2004 c, 2008 b; Wojewoda & Wojewoda 1988 a & b; Wojewoda & Przybytek 1993; Wojewoda & Burliga 2008). Niemal w każdym przypadku ich interpretacja prowadzi do wniosków dotyczących geodynamiki obszaru Sudetów (Wojewoda 1987 a & c, 2008 b, 2009 d) lub innych obszarów (Aleksandrowski & Wojewoda 1992,1993 a & d, 2008 g; Muszyński i in. 1996; Pitera & Wojewoda 2010).
• Wyjaśnienie strukturalnych przyczyn anizotropii przepuszczalności w osadach ziarnistych i wykonanie sztucznego ośrodka filtracji o istotnej anizotropii;
• Wyjaśnienie przyczyn anizotropii przepuszczalności w wybranych utworach węglanowych;
• Wyjaśnienie przyczyn kolmatacji mechanicznej i eksperymentalne potwierdzenie procesów kolmatacyjnych w osadach ziarnistych w strefach intensywnej infiltracji;
• Odkrycie, opis i interpretacja struktur i mikrostruktur kolmatacyjnych w osadach ziarnistych oraz wskazanie na ich rolę w rekonstrukcjach warunków paleohydrogeologicznych;