Początkowo chrześcijaństwo nie miało scentralizowanej organizacji - pierwsi chrześcijanie jednoczyli się w gminach, na czele których stali biskupi jako następcy apostołów (czasami pełnili władzę podobną do monarszej). W obrębie gmin wytworzył się podział na ludzi pełniących obowiązki duchowne i masę wiernych.
Biskupom podlegały diecezje, które od VI/VII w. dzieliły się na parafie. Biskupowi przysługiwała trójkątna władza:
1. Udzielanie święceń;
2. Nauczanie wiernych;
3. Sądownictwo.
W zarządzaniu diecezją dopomagała biskupowi kapituła katedralna, złożona z kanoników.
Kiedy sieć parafii zagęściła się, powstała w VIII/IX w. organizacja pośrednia - dekanaty z dziekanatami.
Ponad diecezjami stanęły metropolie (odpowiadały rzymskim prowincjom). Metropolici (zwani arcybiskupami) zwoływali synody prowincjonalne, wykonywali ich uchwały, wizytowali biskupów. Na szczycie znajdowały się patriarchaty (początkowo pokrywały się z prefekturami Cesarstwa) - m.in. Rzym, który odegrał wśród nich czołową rolę, bowiem biskup rzymski (zwany papieżem) uznawany za następcę św. Piotra rezydował w tym mieście (określonym przez to mianem „Stolicy Apostolskiej"). Rzym przestawszy być stolicą upadającego Cesarstwa, stał się stolicą kościoła.
Papież obierany był przez wyższy kler przy udziale ludzi świeckich, a ich elekcja potwierdzana (od Justyniana I w IV w.) przez cesarzy. Papież piastował swą władzę dożywotnio.
Kiedy po edykcie mediolańskim obok lokalnych synodów pojawiły się sobory powszechne, obejmujące cały episkopat, papieże odgrywali na nich istotną rolę, a z czasem objęli przewodnictwo. Do zadań soborów powszechnych należało:
a) Ustalanie prawd wiary;
b) rozbudowywanie organizacji Kościoła;
c) sądownictwo nad biskupami.
Poniżej soborów powszechnych znajdowały się synody patriarchalne (głównie na wschodzie), zajmujące się przede wszystkim sporami dogmatycznymi. Podobny do nich charakter posiadały synody generalne kościoła wschodniego i zachodniego.
Synody prowincjonalne gromadziły episkopat prowincji (później państwa) i działały pod przewodnictwem metropolity. W VI/VII wieku pojawiły się synody diecezjalne, stanowiące zebranie kleru diecezji, pod przewodnictwem biskupa.
Cały ten system, stosunkowo niezależny od świeckiej władzy państwowej, stworzył prototyp instytucji parlamentarnych. Wywarł on później - pod koniec epoki monarchii patrymonialnej i w epoce monarchii stanowej - głęboki wpływ na rozwój władzy ustawodawczej w państwie.
Duchowieństwo, wyodrębniając się z ogółu społeczności wiernych już od czasów apostolskich, podzieliło się z czasem na świeckie i zakonne. Przyjmowanie do szeregów kleru odbywało się poprzez święcenia, których biskupi udzielali mężczyznom posiadającym odpowiednie kwalifikacje społeczne i duchowe oraz mającym odpowiednie wykształcenie. Celibat obowiązywał tylko duchownych zajmujących wyższe stanowiska. Powoli przeobrażali się oni w stan społeczny - grupę wyodrębnioną zawodowo, społecznie i prawnie (nadawanie kościołowi, przez władców świeckich immunitetu ekonomicznego i sądowego oraz zwalnianie ze służby wojskowej).