Walka Akademii Krakowskiej z jezuitami rozgrywała się też na innej płaszczyźnie. Ażeby podnieść swoją pozycję zabiegano o beatyfikację własnego świętego. Taki proces pochłaniał nie mało pieniędzy i absorbował czas. Jezuici ten cel osiągnęli już w 1726 r., kiedy kanonizowany zosta Stanisław Kostka (1550-1568), nowicjusz tego zakonu. Uniwersytet ponad 100 lat zabiegał o kanonizację Jana Kantego, prof. teologii Akademii Krakowskiej (1390-1473). Dopiero w 1767 r. osiągnięto zamierzony cel.
Niechęć do szkolnictwa jezuickiego okazywała także postępowa szlachta. Zebrana na sejmie elekcyjnym w 1587 r., po śmierci ostatniego Jagiellona, Zygmunta Augusta (1520- 1572), sformułowała dezyderat, by przyszły monarcha przywiódł Akademię Krakowską do lepszego stanu przez sprowadzenie tam profesorów, którzy wychowywaliby młodzież szlachecką w duchu narodowym i do służby krajowi ucząc prawa polskiego, umiejętności skutecznego występowania na sejmikach i w sądach oraz ćwiczeń wojskowych.
Prawdopodobnie inicjatorem tej uchwały był wielki hetman koronny i kanclerz Jan Zamoyski (1542-1605), który był znany także ze swych wielostronnych zainteresowań humanistycznych, jakie rozwinęły się znakomicie w czasie wieloletnich studiów zagranicznych. Kiedy plany reformy Akademii Krakowskiej, jak i utworzenia świeckiej uczelni upadły, wystąpił do papieża Klemensa VIII z prośbą o zatwierdzenie planu powołania do życia w Zamościu Akademii z trzema wydziałami: sztuk wyzwolonych, prawa i medycyny, z upoważnieniem do nadawania stopni naukowych.
Papież w 1594 r. projekt zatwierdził . Na tej podstawie dn. 15 marca 1595 r. zostali wpisani do albumu Akademii Zamojskiej pierwsi studenci; natomiast oficjalny akt fundacyjny ogłoszony został w 1600 r.
Organizacja uczelni była dosyć złożona. Obejmowała dwa stopnie kształcenia.
Pierwszy niższy klasy elementarne - stanowił wprowadzenie do właściwych
studiów wyższych . Przeznaczony dla dzieci od 7 do 12 roku życia, obejmował 3 klasy.
W klasie I , jednorocznej, chłopcy zaczynali od nauki czytania i pisania w języku polskim, wg gramatyki Jana Kochanowskiego, a następnie przechodzili do początków języka łacińskiego i greckiego.
W klasie II , pogłębiali swoje umiejętności w łacinie i grece, przechodzili do poznania zasad składni oraz uczyli się analizy gramatycznej krótkich sentencji wyjętych z pism Cycerona.
W klasie III , poznawali początki filozofii i wymowy.
Drugi stopień - studia akademickie , organizowany był przez siedem katedr.
Pierwsze cztery katedry prowadziły poszerzony kurs nauki dawnego quadrivium, a więc arytmetyki, geometrii, logiki, metafizyki i filozofii naturalnej, czyli nauk przyrodniczych i medycyny oraz retoryki, czyli elokwencji i krasomówstwa , która nastawiona była na przygotowanie młodzieży do publicznej działalności na dworach i w innych instytucjach państwa.
Teoretyczne i praktyczne przygotowanie do życia publicznego dawały katedry filozofii moralnej polityki oraz dwie katedry prawa rzymskiego i feudalnego oraz prawa polskiego.
Działalność Akademii Zamojskiej nie zdołała oczywiście zagrozić monopolowi edukacyjnemu jezuitów, ani osłabić działalności Akademii Krakowskiej. Zmiana wyraźniejsza zarysowała się dopiero w drugiej połowie XVII w., kiedy niechętny jezuitom król Władysław IV, w 1642 r. sprowadził do Polski Pijarów, czyli zakon Braci Szkół Pobożnych
ZAKON PIJARÓW
Pijarzy stawiali sobie za cel upowszechnienie oświaty chrześcijańskiej wśród biednych.
Swoje szkoły zakładali głównie w Hiszpanii i Włoszech, gromadząc zwykle młodzież z warstw ubogich. Początkowo miały one poziom szkół elementarnych, w których główny nacisk kładziono na nauki praktyczne, tj. na naukę czytania, pisania i rachunków.
Ich zasługą było udoskonalanie nauki matematyki oraz wydanie podręcznika do nauki rachunków, czym spopularyzowali ją wśród swoich wychowanków. Pod wpływem jezuitów rozszerzyli swoją działalność na szkoły średnie.
W swoich kolegiach realizowali na ogół ten sam program nauki co jezuici. Jedyną swoistością było to, że pielęgnowali naukę arytmetyki i że częściej uczyli się w ich szkołach synowie z rodzin ubogich.
Do Polski przybyli w 1642 r. z Moraw, kiedy król Władysław IV ufundował dla nich klasztor w Warszawie. W rok później (wl643 r.), starosta Stanisław Lubomirski ufundował drugi klasztor w Podolińcu . Po paru latach (w 1655 r.) osiedlili się w Rzeszowie, a potem w kilku innych miastach, przejmując niekiedy szkoły - kolonie Akademii Krakowskiej.