Kraków wydawał mu się mdły w porównaniu z Paryżem, niepowodzenia zawodowe wzmagały nastroje depresyjne. Wykonał policliromię do kościoła Franciszkanów (nie cała została przyjęta), witraże ze św. Franciszkiem, bł. Salomeą i słynny witraż Stań się (Bóg-Ojciec). Prace przy freskach w kościele Św. Krzyża powierzono komuś innemu, u Dominikanów nie było funduszy na wykończenie. Wykonywał ilustracje do Iliady (księgi 1 przetłumaczonej przez L. Rydla).
W Krakowie otwarto nowy gmach teatru (dziś im. Słowackiego), którego dyrektorem został Tadeusz Pawlikowski. Otworzył on teatr dla Rydla, Kisielewskiego, Przybyszewskiego, Kasprowicza, Micińskiego, dla Zapolskiej, Jerzego Żuławskiego, Staffa, Żeromskiego oraz Wyspiańskiego (wystawiono tu 26.11.1898 r. Warszawiankę, rok potem Lelewela).
W 1897 r. Wyspiański zaczął współpracę z „Życiem” Ludwika Szczepańskiego, potem został jego kierownikiem artystycznym. Drukarstwo uznawał za sztukę.
Powstaje organizacja młodych malarzy krakowskich - Towarzystwo „Sztuka”, którego sekretarzem jest Wyspiański. Dostaje on pierwsze nagrody za swoje witraże.
W 1897 r. Wyspiański proponuje wystawienie Legendy, ale trudności techniczne to uniemożliwiły. Wydano Legendę drukiem w 1898. W 1904 r. autor opracował Legendę II, którą wystawiono w 1905 r. bez większego powodzenia.
W 1898 r. wyszła Warszawianka. W 1899 - Meleager, Protesilas i Laodamia, Lelewel i Klątwa.
Ujawnia się choroba, która będzie przyczyną przedwczesnej śmierci artysty. W 1900 r. bierze ślub z chłopką, Teodorą Teofilą Pytkówną - drugi taki „mezalians” po ślubie Włodzimierza Tetmajera z Anną Mikołajczykówną w 1890. Lucjan Rydel ożenił się z Jadwigą Mikołajczykówną (WeseleW'.).
W 1900 r. powstają dramaty związane z przeszłością i monumentami Krakowa, często jako komentarze do witraży na Wawelu - Bolesław Śmiały, Kazimierz Wielki. Powstał Legion, ale teatry nie były przygotowane na jego wystawienie.
16.03.1901 r. wystawiono Wesele - przyjęto je rewelacyjnie. Wyspiański zaczął się liczyć jako pisarz, malarz i kontynuator romantycznych poetów-wieszczów.
Trochę słabiej przyjęto w 1903 r. Wyzwolenie. Powstaje Achilleis i Akropolis (1904; w noc Zmartwychwstania ożywają posągi w katedrze wawelskiej i obrazy) nawiązujące do mitów antycznych i Iliady. Temat powstania 1830 r. podejmuje Noc listopadowa (premiera 1908).
Powstają liczne liryki, studium o Hamlecie, Skałka (spór między biskupem Stanisławem a królem Bolesławem, dopełnienie Bolesława Śmiałego), parafraza Cyda Comeille’a, Powrót Odysa (pod wpływem Homera), Sędziowie (współczesne życie przetworzone w konflikt o wymiarze tragedii antycznej, jak w Klątwie). Wielu dramatów nie skończył, Zygmunta Augusta mógł już tylko dyktować, bo nie był w stanie utrzymać ołówka w rękach.
Kandydował na dyrektora teatni po Tadeuszu Kotarbińskim. Przegrał z aktorem-reżyserem Ludwikiem Solskim.
Od września 1906 r. był w Węgrzcach pod Krakowem, gdzie tworzył i starał się utrzymywać kontakt z miastem i Polską. Zmarł w klinice krakowskiej 28 listopada 1907 r. Jego ciało złożono na Skałce, a pogrzeb stał się narodową manifestacją.
2