Rady Ministrów, Rada Stanu zaczęła tracić na znaczeniu politycznym, stając się organem przede wszystkim sądowym.
Z uwagi na braki w wykwalifikowanej kadrze administracyjnej istotnym problemem stało się dążenie do stworzenia w Księstwie zawodowej polskiej warstwy urzędniczej. Od 1 wrześnie 1810 r. aby uzyskać nominacje na urzędnika państwowego należało zdać uprzednio egzamin państwowy. Egzaminy na wyższe stanowiska w kraju przeprowadzała, działająca przy Radzie Stanu, Najwyższa Komisja Egzaminacyjna. Egzaminy na niższe urzędy składano przed komisjami departamentowymi. W 1811 powołano do życia Szkołę Nauk Administracyjnych, mającą kształcić przyszłe kadry kierownicze. Następnie Szkołę Nauk Administracyjnych połączono z działającą już wcześniej w Warszawie Szkołą Prawa i zaczęto zwać ją Szkołą Prawa i Administracji. Wykształcenie w zakresie administracji można było pobierać na uniwersytecie krakowskim, który od 1809 r. znalazł się w obrębie Księstwa Warszawskiego. W 1814 r. doszło do przemianowania działającego wydziału prawa w Wydział Prawa i Administracji.
Administracja terytorialna. W zakresie administracji lokalnej przyjęto na wzór francuski podział na departamenty, których początkowo było 6 (warszawski, kaliski, poznański, bydgoski, płocki i łomżyński), zaś po 1809 r. 10 (doszły, krakowski, radomski, lubelski i siedlecki). Jednocześnie utrzymano na stopniu niższym, wywodzący się z zaboru pruskiego podział na powiaty.
Na czele departamentu stał prefekt, podległy służbowo ministrowi spraw wewnętrznych oraz zobowiązany do wykonywania poleceń innych ministrów. Do kompetencji prefekta należały wszystkie sprawy z zakresu szeroko pojmowanej administracji publicznej. Przy prefekcie funkcjonował komisarz policji z intendentem i adiunktem, który częściowo przy pomocy prefekta odbierał polecania od ministra policji. Na czele administracji powiatowej stał podprefekt wykonujący te same funkcje co prefekt.
W departamentach i powiatach były również rady o charakterze samorządowym. Zbierały się one raz do roku na sesje (15-dniowe w przypadku rad departamentowych, 10-dniowe w przypadku rad powiatowych), przy czym do głównych funkcji rad należał rozkład ciężarów publicznych.
Najniższą jednostką w administracji Księstwa miała być wg konstytucji municypalność, zarządzana przez burmistrza lub prezydenta. Za municypalności uznane zostały Warszawa, Poznań, Toruń i Kalisz a później również Kraków, Lublin i Sandomierz. W miastach tych powołani zostali prezydencji municypalni (mianowani przez króla podlegali prefektom), którzy sprawowali swą fiuikcje przy pomocy zawodowych ławników oraz intendentów policji. Organami samorządowymi w tych miastach były natomiast rady municypalne. Organem wykonawczym rad był prezydent municypalny.
W pozostałych miastach i we wszystkich wsiach Księstwa Warszawskiego wprowadzono odbiegającą od założeń konstytucji tymczasową organizacje. Zgodnie z nią każde miasto lub wieś stanowiło oddzielną gminę. Administracja w mieście należała do burmistrza. Burmistrz ponadto do pomocy miał honorowych ławników. Organem samorządowym była rada miasta składająca się z radnych. Władza administracyjna w gminie wiejskiej należała do wójta, który mógł sprawować swój urząd w odniesieniu do jednej lub kilku wsi (gmin) w tym ostatnim przypadku ustanawiając dla każdej gminy swojego zastępcę - sołtysa. Na uwagę zasługuje fakt, ze odpowiednie przepisy zalecały powierzenie stanowisk wójtowskich panom wsi, co miało zabezpieczyć interesy właścicieli. Formalnie wójt podlegał prefektowi ale za swoją pracę nie pobierał wynagrodzenia więc faktycznie wójt realizował swoje funkcje wyłącznie we własnym interesie.