Podstawowa jednostka systematyczna enzymów jest klasa. Wyróżnia się 6 klas ze względu na rodzaj katalizowanej reakcji:
1) Oksydoreduktazy
2) Transferazy
3) Hydrolazy 4} Liazy
5) Izomerazy
6) Syntetazy(ligazy)
Oksydoreduktazy- katalizują rekacje utleniania -redukcji np. dehydrogenaza jablczanowa
Transferazy-katalizuja przenoszenie grup chemicznych z substratu zwanego dawca/donorem na substrat zwany biorca/akceptorem. Np. aminotransferaza asparaginianowa
Hydrolazy-sa enzymami rozkładającymi wiąznla chemiczne przy udziale cząsteczki wody. Najczescie rozkładają wiazania peptydowe, estrowe, amidowe , glikozydowe, bezwodnikowe. Np. glukozo-6-fosfataza Liazy- katalizują odszczepienie od substratów określonej grupy (bez udziału wody) z wytworzeniem podwójnego wiązania lub odwrotnie, przyłączające grupy do podwójnych wiązań np. fumaraza
Izomerazy- katalizują rekacje Izomeryzacji np. fosfoheksoizomeraza Syntetazy(ligazy)- katalizują reakcje syntezy kosztem energi z ATP np. synteza glutaminy
Każda z wymienionych klasa dzieli się na podklasy a one na podpodklasy. Międzynarodowy kod enzymatyczny. Z powodu niejasności jaki wynikały ze stosowania nazw zwyczajowych enzymów wprowadzono ujednolicony kod opisujący poszczególne enzymy.
Na kod składaja się dwie Litery EC(enzym codę) oraz 4 segmentów cyfr opisujących klasy i podklasy enzymów. Przykładowo EC 3.1 oznacza ze enzym to hydrolaza o nalezaca do podklasy esteraz. Nazewnictwo
Zwykle nazwy enzymów pochodzą od substratów przetwarzanych w reakcji lub od
samej reakcji przez nie obsługiwanych, do których dodaje się przyrostek -aza.
Przykładowo celulaza to enzym rozkładający celulozę, a lioaza DNA to
enzym liauiacy cząsteczki DNA. Często nazwa jest dwuczłonowa, gdzie pierwszy
człon określa reakcję, a drugi jej substrat, np. dehydrogenaza
alkoholowa. Czasami nazwa enzymu nie pochodzi od reakcji obsługiwanej w
warunkach fizjologicznych, in vlvo. ale od jego aktywności In yitro. Przykładem
iestizomeraza glukozowa, wykazująca in
vitro aktywność izomerach glukozy we fruktozę, ale in
vivo będąca izomeraza ksylozowa. Także zamiast od nazwy reakcji, enzymy są niekiedy nazywane od ogólnego procesu, jaki przeprowadzają, jak np. oyraza DNA (czyli topoi7omeraza II) której nazwa pochodzi od greckiego słowa obracać I przyrostka -aza. Podczas przeprowadzanej reakcji enzym ten rzeczywiście musi obrócić nić DNA. Duża część enzymów jest nazywana zwyczajowo, historycznie, jak np. pepsyna (nazwa pochodząca od greckiego słowa pepsls oznaczającego trawienie) czy papaina (enzym z owocu papai). Nazwy niektórych enzymów powstały także poprzez dodanie przyrostka -zym (tego samego co w słowie enzym) do ogólnej funkcji cząsteczki lub opisu, skrótu opisowego. Przykładami są lizozym (od llzujących właściwości wobec bakterii)