PODSUMOWANIE WYNIKÓW KONTROLI orzeczenia sądów administracyjnych zapadały z przyczyn niezależnych od organów podatkowych. Istotną przyczyną uchylania decyzji organów podatkowych były skomplikowane i nieprecyzyjne przepisy prawa podatkowego. Na rozstrzygnięcia wpływała niejednolita linia orzecznicza lub zmiany linii orzeczniczej sądów administracyjnych, niezgodność krajowych przepisów prawa podatkowego z regulacjami wspólnotowymi Unii Europejskiej i z Konstytucją RP, zastosowanie się do wykładni Ministra Finansów niezgodnej ze stanowiskiem Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) zawartym w uchwałach. Poprawa jakości przepisów znacznie zmniejszyłaby liczbę sporów z podatnikami i liczbę uchylonych decyzji (str. 32,34).
4. Wyjątkowo dużo wątpliwości budziły przepisy w zakresie opodatkowania usługi ubezpieczenia towarzyszącej usłudze leasingu. Wykładnia prawa przedstawiona w uchwale NSA z dnia 8 listopada 2010 r. nr IFPS 3/10 okazała się niezgodna z wykładnią prawa dokonaną przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w wyroku z dnia 17 stycznia 2013 r. w sprawie C-224/11. Również wiele decyzji zostało uchylonych w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 21 czerwca 2012 r. w sprawach połączonych C-80/11 i C-142/11, dotyczących odliczania podatku VAT w przypadkach, gdy transakcja mająca stanowić podstawę do odliczenia podatku wiązała się z przestępstwem, a także w wyniku wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 17 lipca
2012 r. sygn. Akt P 30/11, stwierdzającego niezgodność z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej przepisu art. 70 § 6 pkt 1 ustawy Ordynacja podatkowa (str. 31,36).
5. Zmienność i niejasność przepisów prawa podatkowego utrudnia prowadzenie działalności gospodarczej, gdyż podejmowanie decyzji gospodarczych winno być oparte na pewności co do wysokości należnych obciążeń podatkowych. Sytuacja taka generuje znaczne koszty dla przedsiębiorców, którzy muszą korzystać z usług specjalistów do spraw podatkowych, a czasami otrzymują niespodziewany wymiar podatku po kontroli podatkowej. Powoduje także negatywne skutki dla budżetu. Tylko w Drugim Mazowieckim US w Warszawie kwoty zwrócone podatnikom po wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 17 stycznia 2013 r. w sprawie C-224/11 BGZ Leasing sp. z o.o. począwszy od 2007 r. wyniosły 109,8 min zł. Kwoty te będą jeszcze wyższe, gdyż część podatników, stosując się do interpretacji ogólnej Ministra Finansów z dnia 26 czerwca
2013 r. PT3/033/1/101/AEW/13/63224, pomniejsza podatek należny za lata ubiegłe w bieżących deklaracjach podatkowych VAT, co zmniejsza bieżące wpływy podatkowe (str. 31,34).
6. Właściwe departamenty Ministerstwa Finansów identyfikowały i analizowały problemy związane z funkcjonowaniem obowiązujących przepisów podatkowych na podstawie orzeczeń sądów administracyjnych, Trybunału Konstytucyjnego, Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, a na polecenie Ministra Finansów z 2011 r. także na podstawie informacji organów podatkowych i spotkań z przedstawicielami Biur Krajowej Informacji Podatkowej. Minister Finansów inicjował zmiany przepisów podatkowych budzących wątpliwości interpretacyjne.
Dla zapewnienia jednolitości i prawidłowości stosowania prawa podatkowego Minister Finansów wydawał lub zmieniał interpretacje ogólne, dokonywał zmian interpretacji indywidualnych. W związku z rozbieżnością w orzecznictwie sądowym oraz w interpretacjach indywidualnych Minister Finansów występował do Prezesa NSA o złożenie wniosku o podjęcie przez NSA uchwał dotyczących wskazanych zagadnień prawnych, doprowadził do zmian w ustawie o podatku od towarów i usług, dostosowujących polską regulację do dyrektywy UE 2006/112/WE oraz do orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Ministerstwo