Powołanie Instytutu nawiązywało do tradycji pierwszej polskiej uczelni stomatologicznej - Państwowego Instytutu Stomatologicznego.
Instytut został zorganizowany na bazie klinicznej, kadrowej i lokalowej Oddziału.
Z czterech podstawowych katedr powstało osiem jednostek dydaktycznych:
1. Katedra Chirurgii Szczękowo-Twarzowej, Chirurgii Stomatologicznej i Implantologii (kierownik prof. Alfred Meissner, od r. 1920, doc. dr hab. n. med. Franciszek Borusiewicz, od r. 1945, prof. Marian Górski, od r. 1950, prof. dr hab. n. med. Leszek Kryst, od r. 1970 i prof. zw. dr hab. n. med. Janusz Piekarczyk, od 1990 r.)
- Klinika Chirurgii Czaszkowo-Szczękowo-Twarzowej (kierownik prof. Alfred Meissner, od r. 1920, doc. dr hab. n. med. Franciszek Borusiewicz, od r. 1945, prof. dr n. med. Franciszek Bohdanowicz, od r. 1947, prof. dr hab. n. med. Leszek Kryst, od r. 1970 i prof. dr hab. n. med. Hubert Wanyura od 1999 r.)
- Zakład Chirurgii Stomatologicznej (kierownik prof. dr hab. n. med. Barbara Juszczyk-Popowska, od r. 1990 i prof. dr hab. n. med. Andrzej Wojtowicz, od 1997 r.)
2. Zakład Stomatologii Zachowawczej (kierownik prof. dr Janusz Krzywicki, od r. 1977 dr n. med. Irena Kozłowska, od r. 1979 doc. dr Maria Wierzbicka, od r. 2004 prof. dr hab. n. med. Elżbieta Jodkowska),
3. Zakład Protetyki Stomatologicznej (kierownik prof. dr Janina Galasińska-Landsber-gerowa, a od r. 1973 doc. dr Eugeniusz Spiechowicz, od r. 1999 prof. dr hab. n. med. Elżbieta Mierzwińska-Nastalska),
4. Zakład Ortodoncji (kierownik prof. dr Antonina Orlik-Grzybowska, od r. 1970 doc. dr Irena Szczepańska, od r. 1986 doc. dr Krystyna Szlachetko i od r. 1989 dr Barbara Siemińska-Piekarczyk),
5. Zakład Stomatologii Dziecięcej (kierownik doc. Katarzyna Grodzka, od r. 1980 doc. dr Maria Szpringer-Nodzak i od r. 1999 dr n. med. Aleksander Remiszewski),
6. Zakład Chorób Błony Śluzowej i Przyzębia (kierownik doc. dr Halina Smosarska, od r. 1980 doc. dr Maria Wierzbicka i od r. 1994 prof. dr hab. n. med. Renata Górska),
7. Zakład Propedeutyki i Profilaktyki Stomatologicznej (kierownik doc. dr Eugeniusz Spiechowicz, a od r. 1973 dr n. med. Tadeusz Bączkowski i od r. 2003 prof. dr hab. n. med. Leopold Wagner),
8. Zakład Radiologii Stomatologicznej i Szczękowo-Twarzowej (kierownik dr n. med. Jan Kozłowski, od 1973 dr n. med. Krzysztof M/osek, od 1995 r. dr Hanna Markiewicz i od 2002 r. prof. dr hab. n. med. Anatol Dowżenko).
Powołana została Rada Instytutu, której przewodniczył Dyrektor. W jej skład weszli samodzielni pracownicy naukowi, przedstawiciele organizacji politycznych, związków zawodowych, pomocniczych pracowników naukowo-dydaktycznych i organizacji studentów. W 1972 roku Rada Instytutu została przekształcona w Radę Naukową o rozszerzonych funkcjach i kompetencjach. Jako jedyna w Polsce uzyskała uprawnienia do przeprowadzania przewodów i nadawania stopni doktora nauk medycznych. W historii polskiej stomatologii został spełniony ambitny postulat nobilitujący warszawski Instytut. Pierwsza publiczna obrona pracy doktorskiej odbyła się w Instytucie w roku 1974, a do chwili obecnej stopień doktora nauk medycznych otrzymało 47 lekarzy.
W analogicznym okresie w Radzie I Wydziału Lekarskiego stopień doktora habilitowanego i stanowisko docenta uzyskało 12 pracowników naukowych. Na wniosek uczelni Rada Państwa a później Kancelaria Prezydenta R. P. nadała tytuł profesora 6 osobom.
6