eKolokwium z Biologii molekularnej NR 1 - ZIMA 2013-2014

Początek formularza

Question 1

Punkty: 2

Które ze stwierdzeń na temat związków,których wzory przedstawiono na rysunku, są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Związek 6 to tymina.
	b. W DNA związek 2 może powstać spontanicznie ze związku 5.
	c. Związek 1 to guanina.
	d. Wzory 1, 3 i 4 przedstawiają pirymidyny, a wzory 2, 5 i 6 – puryny.
	e. Podczas procesu naprawy DNA związek 2 zostaje usunięty przez fosfodiesterazę nukleozydową.
	f. Wzory 1, 3 i 4 przedstawiają puryny, a wzory 2, 5 i 6 – pirymidyny.

Question 2

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących trzech enzymów, A, B oraz C, których aktywności przedstawiono schematycznie na rysunku, są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Istnieje co najmniej jedna grupa enzymów, które wykazują zarówno aktywność „A”, jak i aktywność „C”.
	b. Niektóre enzymy wykazujące aktywność „A” są stosowane w metodzie Sangera.
	c. Fosfataza wykazuje aktywność enzymatyczną przedstawioną na schemacie „B”.
	d. Enzymy wykazujące aktywność „B” są stosowane do znakowania DNA radioaktywnym izotopem fosforu.
	e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	f. Enzym „A” wykazuje aktywność polimerazy RNA zależnej od DNA.

Question 3

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących naprawy DNA są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Za usuwanie dimerów tymin w komórkach E. coli jest odpowiedzialne białko uvrABC będące fotoligazą.
	b. Koniec 3’ uszkodzonej nici jest starterem syntezy brakującego fragmentu DNA.
	c. Ostatnim etapem naprawy DNA jest połączenie odpowiednich końców DNA przez ligazę DNA.
	d. Spontaniczne pojawienie się uracylu w DNA może podlegać naprawie polegającej na jego metylacji w odpowiedniej pozycji z utworzeniem tyminy.
	e. Puste miejsca powstałe w wyniku wycięcia uszkodzonego DNA wypełnia polimeraza DNA I.
	f. Błędnie sparowane nukleotydy u E. coli rozpoznaje białko MutH.

Question 4

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mutacji genów są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Psoralen i jego chemiczne pochodne mogą połączyć kowalencyjnie dwie nici DNA.
	b. Transwersja jest jednym z rodzajów tranzycji.
	c. Wprowadzenie do DNA 5-bromouracylu zwiększa częstość pojawiania się insercji.
	d. Zamiana zasady purynowej na pirymidynową jest przykładem tranzycji.
	e. Produkt utlenienia guaniny, 8 - oksyguanina, tworzy wiązania wodorowe z adeniną.
	f. Metylacja cytozyny w pozycji C-5 może skutkować zwiększonym poziomem mutacji z powodu zachodzącej jej aminacji.

Question 5

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kwasów nukleinowych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Deoksyryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 2’.
	b. Ryboza nie zawiera grupy hydroksylowej 3’.
	c. W DNA, obok standardowych wiązań fosfodiestrowych 3’-5’, występują przejściowo również wiązania 2’-5’ fosfodiestrowe.
	d. Jednoniciowy RNA nie może tworzyć helisy z komplementarnym jednoniciowym DNA.
	e. Temperatura topnienia DNA zależy od długości cząsteczki tego DNA w sposób odwrotnie proporcjonalny.
	f. Podczas rozplatania dwuniciowej helisy DNA pod wpływem wzrostu temperatury następuje wzrost absorbancji DNA przy długości fali 260 nm, co nazywamy efektem hiperchromowym.

Question 6

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń na temat metody PCR są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Wymaga użycia dwóch komplementarnych do siebie oligonukleotydów jako starterów.
	b. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	c. Klasyczny PCR może być wykorzystany do amplifikacji jednoniciowych matryc DNA.
	d. Metodą tą możemy skutecznie poddać amplifikacji tylko taki fragment cząsteczki DNA, którego sekwencję znamy w całości.
	e. Typowym enzymem wykorzystywanym w tej metodzie jest termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus, nazywana polimerazą Taq.
	f. Aktywność egzonukleazowa 3’→5’ jest aktywnością wysoce pożądaną w przypadku polimerazy DNA używanej w tej metodzie.

Question 7

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego miejscami restrykcyjnymi PstI, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Eksperyment ten wymaga zastosowania polimerazy DNA zależnej od DNA tylko na etapie „C”.
	b. Eksperyment ten wymaga zastosowania fosfatazy na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”.
	c. Eksperyment ten wymaga zastosowania enzymu PstI na etapach „A” oraz „B”.
	d. Eksperyment ten wymaga zastosowania kinazy polinukleotydowej zarówno na etapie „A”, jak i „B”.
	e. Eksperyment ten wymaga zastosowania metody PCR na każdym z etapów – „A”, „B” oraz „C”.
	f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Question 8

Punkty: 2

Które z poniższych zdań dotyczących kodu genetycznego są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. W standardowym kodzie genetycznym istnieją 64 kodony dla 20 aminokwasów, a jeden kodon złożony jest z 3 nukleotydów.
	b. W różnych organizmach ten sam kodon może kodować inny aminokwas, co jest nazywane degeneracją kodu genetycznego.
	c. Mitochondrialny DNA koduje odmienny od cytozolowego zestaw cząsteczek tRNA.
	d. Kod genetyczny jest w pełni uniwersalny, co oznacza, że wszystkie systemy translacyjne organizmów żywych używają tego samego kodonu, lub tej samej grupy kodonów, dla tych samych aminokwasów.
	e. Kodony, które określają ten sam aminokwas, nazywają się synonimami i różnią się dwiema pierwszymi zasadami trypletu.
	f. Mutacja w pętli antykodonu cząsteczki tRNA może sprawić, że dany kodon w mRNA kodujący dany aminokwas będzie rozpoznawany jako kodon kodujący inny aminokwas.

Question 9

Punkty: 3

Eksperymentator wyizolował DNA genomowe oraz mRNA z mózgu, nerki oraz mięśni szkieletowych szczura wędrownego. Następnie przygotował odpowiednie biblioteki genomowe oraz biblioteki cDNA z każdego z tych narządów w tym samym plazmidzie. Które z poniższych stwierdzeń na temat uzyskanych bibliotek są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Szansa odnalezienia klonu sekwencji kodującej białko występujące tylko w nerce jest wyższa w bibliotece cDNA nerki niż w bibliotece genomowej z tego organu, z powodu znacznie mniejszej liczby różnych klonów zawartych w tej pierwszej.
	b. Biblioteka genomowa przygotowana z DNA mózgu nie nadaje się do poszukiwania sekwencji genu kodującego białko występujące tylko w mięśniach szkieletowych.
	c. To, jakie różne sekwencje DNA zawarte są w każdej z uzyskanych bibliotek cDNA, zależy np. od wieku, trybu życia, diety oraz temperatury chowu zwierzęcia.
	d. Każda z uzyskanych bibliotek cDNA powinna zawierać pewną liczbę klonów DNA odpowiadających tym samym genom.
	e. Szansa odnalezienia klonu cDNA kodującego dowolne wybrane białko szczurze jest identyczna w przypadku każdej z otrzymanych bibliotek cDNA.
	f. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.

Question 10

Punkty: 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących eksperymentu klonowania insertu (kolor pomarańczowy), ograniczonego miejscami restrykcyjnymi PstI, do wektora plazmidowego pBR322, zobrazowanego schematycznie na rysunku, są prawdziwe? Zwróć uwagę, że wektor pBR322 zawiera geny (kolor niebieski i czerwony) nadające bakteriom oporność na dwa antybiotyki – ampicylinę (Amp^R) oraz tetracyklinę (Tet^R).

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Eksperyment ten został zaplanowany nieprawidłowo, ponieważ do przecięcia wektora należałoby użyć enzymu EcoRI, aby włączyć ten insert do wektora.
	b. Na podłożu zawierającym oba antybiotyki zginą tylko te komórki, które pobrały wektor zawierający insert oraz te, które nie uległy transformacji.
	c. Włączenie insertu do wektora w miejsce PstI nie ma sensu, ponieważ przerywa ciągłość genu Amp^R, niezbędnego do przeżycia komórek na podłożu z ampicyliną.
	d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	e. Na podłożu z ampicyliną zginą tylko te komórki, które pobrały wektor zawierający insert.
	f. Na podłożu z tetracykliną przeżyją wszystkie komórki, które pobrały wektor.

Question 11

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących elektroforezy fragmentów restrykcyjnych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Ruchliwość elektroforetyczna fragmentu DNA jest do pewnych granic odwrotnie proporcjonalna do logarytmu długości tego fragmentu, wyrażonej liczbą par zasad.
	b. Elektroforeza żelowa może być wykorzystana także do rozdziału cząsteczek o długości milionów par zasad, w tym - chromosomów.
	c. Wysoka zdolność rozdzielcza żeli poliakryloamidowych pozwala rozdzielać fragmenty restrykcyjne, których długość różni się tylko jednym nukleotydem na kilkaset wchodzących w ich skład.
	d. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	e. Żele agarozowe lepiej nadają się do rozdziału krótszych fragmentów restrykcyjnych niż żele poliakryloamidowe.
	f. Elektroforeza w pulsującym polu elektrycznym (PFGE, ang. pulsed-field gel electrophoresis) nadaje się szczególnie do rozdziału bardzo krótkich cząsteczek DNA.

Question 12

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących schematu widełek replikacyjnych u E. coli na rysunku jest prawdziwe?

Wybierz odpowiedź

	a. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-helikaza, 3-białko wiążące jednoniciowy DNA, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.
	b. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić wiodąca.
	c. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-ligaza DNA, 6-holoenzym polimerazy DNA I, 7-nić opóźniona, 8-polimeraza DNA III, 9-fragment Okazaki.
	d. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-holoenzym polimerazy DNA III, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-polimeraza DNA I, 9-nić opóźniona.
	e. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić opóźniona, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-prymasom, 4-helikaza, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona.
	f. Poszczególne numery oznaczają: 1-nić wiodąca, 2-białko wiążące jednoniciowy DNA, 3-helikaza, 4-prymasom, 5-polimeraza DNA I, 6-ligaza DNA, 7-fragment Okazaki, 8-holoenzym polimerazy DNA III, 9-nić opóźniona.

Question 13

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów restrykcyjnych są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Przecinając cząsteczki DNA, niektóre enzymy tworzą końce kohezyjne (lepkie), a inne – końce tępe.
	b. Większość z nich wiąże się z sekwencjami palindromowymi na DNA.
	c. Mogą być użyte do stworzenia charakterystycznego wzoru nazywanego „odciskiem stopy” (tzw. footprint) cząsteczki DNA.
	d. Mogą służyć komórce do degradowania wirusowych białek.
	e. Są wytworem inżynierii genetycznej i nie występują w komórkach żywych.
	f. Służą komórce do rekombinacji własnego DNA zwiększając w ten sposób zmienność genetyczną komórki.

Question 14

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zjawiska homologii genów kodujących białka są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Jeśli dwa geny są względem siebie paralogami to są swoimi homologami.
	b. Jeśli dwa geny są względem siebie ortologami to oba pochodzą od wspólnego przodka genowego.
	c. Jeśli dwa geny wykazują ponad 90% identyczności sekwencji nukleotydowej to najprawdopodobniej powstały na drodze ewolucji konwergentnej.
	d. Dwa homologiczne względem siebie geny występujące u tego samego gatunku są najprawdopodobniej swoimi ortologami.
	e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	f. Dowolne dwa geny występujące u tego samego gatunku nazywamy homologami.

Question 15

Punkty: 2

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących liczb opisujących właściwości konformacyjne i topologiczne DNA są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Liczba Wr mówi, ile razy jedna nić DNA oplata lewoskrętnie oś helisy DNA.
	b. Liczba superskrętów jest topologiczną właściwością DNA.
	c. Tw to liczba opleceń DNA.
	d. Tw to liczba skrętów DNA.
	e. Żadne z podanych stwierdzeń nie jest prawdziwe.
	f. Liczba opleceń mówi, ile razy jedna nić oplata prawoskrętnie drugą nić DNA.

Question 16

Punkty: 4

Eksperymentator przeprowadził sekwencjonowanie jednoniciowej cząsteczki DNA metodą Sangera i otrzymał wynik w postaci autoradiogramu przedstawionego poniżej. W każdym z czterech śladów rozdziałowi poddano mieszaninę reakcyjną zawierającą odpowiedni analog ddNTP. Strzałka przedstawia kierunek elektroforezy. Która z podanych sekwencji odpowiada matrycowej nici DNA poddanej sekwencjonowaniu?

Wybierz odpowiedź

	a. TTGAGCGC
	b. AAGTGCGC
	c. GCGCTCAA
	d. TTCACGCG
	e. Żadna z podanych sekwencji nie odpowiada szukanej nici DNA.
	f. CGCGTGAA

Question 17

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących zasad występujących w DNA są zgodne z modelem Watsona-Cricka?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Adenina paruje z tyminą poprzez 2 wiązania wodorowe.
	b. Nukleozyd to nukleotyd połączony wiązaniem estrowym z jedną lub większą liczbą grup fosforanowych.
	c. Zmienną częścią DNA jest sekwencja pięciu rodzajów zasad.
	d. Kolejność ułożenia pierścieni deoksyryboz względem grup fosforanowych w cząsteczkach DNA stanowi informację genetyczną.
	e. W dwuniciowym DNA zasada purynowa zawsze tworzy parę z zasadą pirymidynową a pirymidynowa z purynową.
	f. Dwa helikalne łańcuchy oplatają wspólną oś i biegną w tym samym kierunku.

Question 18

Punkty: 3

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących telomerów i telomerazy są prawdziwe?

Wybierz co najmniej jedną odpowiedź

	a. Po usunięciu startera nić opóźniona ma niekompletny koniec 3’ i każda następna runda transkrypcji skraca chromosom.
	b. Telomeraza wykazuje aktywność odwrotnej transkryptazy.
	c. Telomerowy DNA zawiera setki tandemowo ułożonych powtórzeń sześcionukleotydowej sekwencji.
	d. Telomeraza rozwiązuje problem replikacji końców liniowych chromosomów dzięki swej nietypowej aktywności polimerazowej w kierunku 3’→5’.
	e. Telomeraza jest enzymem deoksyrybonukleoproteinowym, w którego skład wchodzi cząsteczka ssDNA.
	f. Telomeraza jest polimerazą DNA zależną od RNA i wykorzystuje jako matrycę zewnętrzne odcinki RNA chromosomów.

Dół formularza