1 Oddychanie jest wielostopniowym biochemicznym procesem utleniania związków organicznych związanym z wytwarzaniem energii użytecznej metabolicznie. Oddychanie przebiega w każdej żywej komórce w sposób stały. Zachodzi ono nawet wtedy, gdy inne procesy metaboliczne zostaną zahamowane. Chociaż istnieją różnice w przebiegu procesu oddychania u poszczególnych grup organizmów, to zestaw enzymów katalizujących poszczególne reakcje składające się na oddychanie jest zbliżony u wszystkich organizmów żywych. Zachodzenie oddychania jest jednym z najczęściej stosowanych wskaźników zachodzenia procesów życiowych.

3 Wewnątrz błony mitochondrialnej (u eukariontów) następuje utlenianie NADH do NAD⁺. Uwolnione elektrony uczestniczą w łańcuchu oddechowym, aby napędzić przeniesienie protonów w poprzek błony przez składające się na ten łańcuch odpowiednie przenośniki (pompy). W chloroplastach i błonach fotosyntetyzujących organizmów prokariotycznych protony przenoszone są dzięki energii uzyskanej poprzez pochłonięcie kwantów światła przez odpowiednie kompleksy.

4 Siła protonomotoryczna (gradient elektrochemiczny)– różnica stężeń wolnych protonów i ich ładunków w poprzek błony biologicznej. Gradient elektrochemiczny wykorzystywany jest przez syntezę ATP w chloroplastach, mitochondriach oraz błonach komórek prokariotycznych do produkcji ATP. Przenoszenie protonów przez błonę biologiczną może następować w łańcuchu transportu elektronów.

5 Cykl składający się z ciągu reakcji enzymatycznych zachodzący w mitochondriach. Kwas pirogronowy powstały w procesie glikolizy zostaje utleniony (dzięki NAD+), odłącza się cząsteczka CO2 (dekarboksylacja oksydacyjna) i dzięki koenzymowi A powstaje czynny kwas octowy - acetylo-CoA. Może on powstać także z przemiany różnych związków, jak tłuszcze i sacharydy. W cyklu Krebsa AcCoA przyłącza się do szczawiooctanu, tworząc 5 węglowy cytrynian, który następnie, w cyklu różnych przemian, zostaje utleniony do dwutlenku węgla i atomów wodoru. W trakcie przemian powstaje CO2, NADH2, FADH2 oraz ATP (pośrednio z GTP). Powstały wodór uczestniczy w reakcjach łańcucha oddechowego, w którym końcowymi produktami są woda i ATP.
Cykl Krebsa zachodzi w obrębie matriks mitochondrium, pomiędzy grzebieniami mitochondrialnymi.