Na mocy Protokołu nr 11 Europejski Trybunał Praw Człowieka zajmuje się obecnie rozpoznawaniem skarg zarówno indywidualnych, jak i międzypaństwowych. Obradujący stale Trybunał zastąpił działające sesyjnie Europejską Komisję Praw Człowieka i Europejski Trybunał Praw Człowieka.
Jurysdykcja Trybunału rozciąga się na wszystkie państwa Konwencji. Wcześniej było to uzależnione od złożenia przez państwo specjalnej deklaracji o uznaniu prawa do skargi indywidualnej i jurysdykcji Trybunału. Przed złożeniem skargi muszą być wykorzystane wszystkie dostępne krajowe środki odwoławcze, przewidziane przez prawo w sprawach, których dotyczy skarga. Ważne jest aby skarżący przesłał skargę w terminie sześciu miesięcy od podjęcia ostatecznej, prawomocnej decyzji w kraju. Termin ten biegnie od dnia doręczenia ostatecznej decyzji bądź wyroku wraz z uzasadnieniem. Wykorzystanie wszystkich środków odwoławczych jest zgodne z zasadą prawa międzynarodowego, gdyż pozwala państwu skarżącego naprawić naruszenie praw człowieka i obywatela, a w efekcie pogłębia zaufanie społeczeństwa do organów prawnych. Zdaniem Trybunału należy uruchomić wszystkie wewnętrzne procedury, a dopiero później skierować skargę do Strasburga. Konwencja o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności przewiduje możliwość wnoszenia do Trybunału skarg międzypaństwowych. Podmiotem uprawnionym są tylko państwa – strony Konwencji. Zgodnie z art. 33 Konwencji każda z jej stron może wnieść skargę do Trybunału, jeżeli uważa, że inna strona naruszyła postanowienia Konwencji lub jej Protokołów. Twórcy Konwencji nadali skardze międzypaństwowej charakter obligatoryjny, tj. nakładający na państwo ratyfikujące umowę obowiązek poddania się jurysdykcji Trybunału w razie wniesienia takiej skargi bez konieczności składania odrębnych oświadczeń co do uznania kognicji organu. Zgodnie z regulaminem Trybunału skarga międzypaństwowa powinna oprócz określenia strony, przeciwko której skierowano skargę, wskazywać fakty, stwierdzać domniemane naruszenie Konwencji wraz ze stosownym uzasadnieniem, zawierać oświadczenie o spełnieniu kryterium dopuszczalności, tj. wyczerpaniu środków przewidzianych prawem krajowym, wniesienie sprawy w terminie sześciu miesięcy od daty podjęcia ostatecznej decyzji, określać przedmiot skargi i ogólnie przedstawić roszczenie o słuszne zadośćuczynienie na rzecz domniemanej poszkodowanej strony lub stron. Skargi międzypaństwowe są kierowane do rozpoznania przez siedmio -osobowe Izby. Sędziowie wybrani z ramienia skarżącej i zaskarżonej strony z urzędu zasiadają jako członkowie Izby rozpoznającej sprawę. Po utworzeniu Izby państwo, przeciwko któremu wniesiono skargę, proszone jest o dostarczenie pisemnej opinii na temat jej dopuszczalności. Dopuszczalne jest przeprowadzenie rozprawy w przedmiocie dopuszczalności, jeżeli złoży taki wniosek jedna lub kilka stron lub na wniosek własny Izby.
Konwencja przewiduje także dopuszczalność wnoszenia skarg indywidualnych przez osoby, organizacje, grupy osób, które uważają, iż stały się ofiarą naruszenia praw zawartych w umowie lub w jej Protokołach dodatkowych przez państwo – stronę po spełnieniu określonych przesłanek. Możliwość wniesienia skargi przysługuje każdej osobie, jeżeli podlega ona, zgodnie z art. 1 Konwencji, jurysdykcji państwa – strony dopuszczającej się naruszenia. Pojęcie „każdy”, niezależnie od płci, obywatelstwa, zdolności do czynności prawnych, obejmuje oprócz osób fizycznych także osoby prawne – te ostatnie jednak w takim zakresie, w jakim możliwe jest naruszenie ich „praw człowieka”. Osoby prawne nie mogą być bowiem adresatem niektórych praw, które ze swej istoty przysługują tylko osobie fizycznej np.: wolność i bezpieczeństwo osobiste. Istotne jest, aby podmiot wnoszący skargę był ofiarą naruszenia – rzeczywistą bądź potencjalną, bezpośrednią lub pośrednią. Zasada ta obowiązuje także w stosunku do organizacji pozarządowych, które mogą wnosić skargę, o ile Konwencja została w stosunku do nich naruszona. Skarga jest kierowana do Kancelarii ETPC. Po jej zarejestrowaniu trafia do Komitetu, gdzie sędziowie decydują o dopuszczalności skargi. O dopuszczalności skargi międzypaństwowej decyduje Izba. W razie uznania skargi za dopuszczalną merytorycznie zajmuje się nią Izba, a w sprawach międzypaństwowych Wielka Izba. Wyjątkowo, jeśli w sprawie toczącej się przed Izbą pojawia się poważne zagadnienie dotyczące interpretacji EKPC lub jej Protokołów, lub jeśli rozstrzygnięcie takiego zagadnienia może doprowadzić do sprzeczności z wyrokiem wydanym wcześniej przez ETPC, Izba może w każdym czasie przed wydaniem swego wyroku, zrzec się swojej właściwości na rzecz Wielkiej Izby, chyba że sprzeciwia się temu jedna ze stron. Decyzja o dopuszczalności skargi skutkuje podjęciem przez ETPC działań na rzecz polubownego załatwienia sprawy na zasadach poszanowania praw człowieka. Osiągnięcie takiego rozwiązania sprawy jest uważane za optymalne, tak dla skarżących, jak i ze względu na uwzględnienie w nim konwencyjnych standardów praw i wolności człowieka. Działania na rzecz polubownego załatwienia sprawy mają charakter poufny. Oznacza to ich niejawność oraz to, że w razie nie osiągnięcia ugody przez strony postępowania, w dalszych jego stadiach nie będzie można powoływać się na jakiekolwiek ustalenia, propozycje i korespondencję mającą miejsce podczas ugodowych negocjacji.
Skarga może dotyczyć tylko zdarzeń, które nastąpiły po dniu wejścia w życie EKPC w stosunku do danego państwa. W wypadku naruszenia mającego charakter ciągły, które rozpoczęło się przed wejściem w życie EKPC, zarzuty oceniane są wyłącznie w zakresie , w jakim odnoszą się do naruszenia po dacie wejścia w życia Konwencji. Skarga nie może być anonimowa, ETPC nie rozpozna żadnej skargi, która jest anonimowa. Skarżący musi być bezpośrednią bądź pośrednią ofiarą naruszenia prawa, a skarga musi być opatrzona jego podpisem, jeśli składa ją organizacja pozarządowa, musi być podpisana przez kompletny organ bądź osobę upoważnioną do reprezentowania tejże organizacji. Jeśli skargę składa grupa osób, podpisuje ją każdy z członków grupy bądź upełnomocniony przedstawiciel. Pełnomocnictwem na piśmie muszą się także okazać przedstawiciele skarżącego. Złożenie wypełnionego formularza wraz z wszelkimi dokumentami zezwala zarejestrować skargę, co nie jest równoznaczne z przyjęciem sprawy do rozpatrzenia. Istotną role pełni tu Kancelaria Trybunału, która prowadzi korespondencję, uczestniczy w redagowaniu decyzji o dopuszczalności skargi i przygotowaniu sprawozdania kończącego sprawę oraz notyfikuje stronom sposób zakończenia pracy nad skargą.
Konwencja dopuszcza skreślenie sprawy z listy skarg w każdej fazie postępowania, jeśli z okoliczności sprawy wynika, że skarżący nie podtrzymuje swojej skargi lub spór został już rozstrzygnięty, lub z jakiejkolwiek innej przyczyny ustalonej przez Trybunał dalsze rozpoznawanie sprawy nie jest już uzasadnione. To jednak do wyłącznej kognicji Trybunału zależy rozstrzygniecie, czy poszanowanie praw człowieka nie uzasadnia dalszego rozpoznawania skargi.
Procedura postępowania przed Trybunałem ma zwykle charakter pisemny, jednak jeśli Trybunał podejmie decyzję o przeprowadzeniu rozprawy z udziałem stron, wówczas jest ona z reguły otwarta dla publiczności. Trybunał w składzie Izby lub Wielkiej Izby zwołuje rozprawę obejmującą, w zależności od fazy postępowania, kwestie dotyczące zarówno dopuszczalności skargi, jak i jej meritum lub zupełnie wyjątkowo wyłącznie związane z meritum. Trybunał może wyłączyć jawność rozprawy z tych samych względów, dla których odmawia wglądu w akta sprawy.
Przed Trybunałem może toczyć się postępowanie polubowne i merytoryczne. Izba przed podjęciem decyzji o dopuszczalności skargi może postanowić o przeprowadzeniu przesłuchania. Dokonuje się tego na wniosek stron lub z urzędu. Strony w tej kwestii mają prawo zająć odpowiednie stanowisko. W pisemnych bądź ustnych opiniach zawiera się zarzuty niedopuszczalności skargi. Po uznaniu skargi za niedopuszczalną wydaje się decyzję, od której nie przysługuje żaden środek odwoławczy.
Po uznaniu zasadności skargi wszczyna się dwa postępowania, toczą się one równolegle. Polegają one na polubownym załatwieniu sprawy oraz na rozpatrzeniu skargi z udziałem stron. wysokość Zawarcie ugody może doprowadzić do zmiany obowiązującego systemu prawnego w danym państwie, bądź może określać odszkodowania lub zadośćuczynienia. Zawarcie ugody powoduje, iż skarżący nie może uważać się w dalszym ciągu za pokrzywdzonego. Ugoda ta musi w sposób całkowity naprawić wyrządzoną szkodę. Odszkodowanie uważane jest także za środek naprawczy, jeżeli w wyniku naruszenia nie można przywrócić stanu poprzedniego. ETPC jest zwolennikiem ugodowego załatwiania konfliktów między państwem a obywatelem. Motywuje to poszanowanie praw człowieka. Zasady reprezentacji i pełnomocnictwa stron w postępowaniu przed Trybunałem wyglądają następująco: stronę rządową reprezentuje umocowany pełnomocnik rządu, zazwyczaj jest to ktoś z resortu spraw zagranicznych lub sprawiedliwości danego państwa. Skarżący natomiast nie musi posiadać pełnomocnika na etapie wnoszenia skargi, mimo to pożądane jest aby skargę sporządził prawnik z doświadczeniem w sprawach strasburskich, ponieważ znacznie ułatwia to pracę Kancelarii Trybunału i zdecydowanie może mieć to wpływ na przyspieszenie sprawy. Wymóg posiadania pełnomocnika przez skarżącego pojawia się po zakomunikowaniu sprawy rządowi. Jeżeli skarżący znajduje się w trudnej sytuacji materialnej, może otrzymać pomoc finansową przez Radę Europy. Na rozprawie przed Trybunałem niezbędna jest profesjonalna reprezentacja skarżącego, chyba że prezes Izby wyjątkowo zezwoli skarżącemu na samodzielne przedstawienie swojej sprawy, z ewentualną pomocą adwokata lub innego pełnomocnika.
Zasadą postępowania przed Trybunałem jest udział dwóch stron, tj. skarżącego i strony rządowej. Regulamin Trybunału umożliwia przyłączenie się do postępowania osoby trzeciej. Taka sytuacja może mieć miejsce, gdy skarga została złożona przez osobę lub grupę osób przeciwko państwu obcemu.
Niezwłocznie po rozprawie otwiera się naradę dotyczącą przyszłego wyroku. Narady nad orzeczeniami odbywają się za zamkniętymi drzwiami, a ich treść pozostaje tajemnicą. W naradach uczestniczą wyłącznie sędziowie Skargi indywidualne składane są na formularzach doręczanych przez Kancelarię. Zasadą jest, iż skargi rozpatruje się według kolejności ich wpływu i przygotowania do rozpoznania. Zgodnie z Regulaminem Trybunału strony są reprezentowane przez przedstawicieli i pełnomocników. W trybunale obowiązuje „przymus adwokacki” w odniesieniu do działania skarżącego, którego powinien reprezentować adwokat zamieszkujący i uprawniony do wykonywania zawodu na obszarze któregokolwiek z państw stron Konwencji bądź inna osoba upoważniona przez Prezesa Izby. Skarżący w postępowaniu przed Trybunałem może otrzymać zgodę na bronienie swojej sprawy osobiście. Adwokat i skarżący występujący samodzielnie powinni znać w wystarczają-
cym stopniu jeden z języków oficjalnych Trybunału. Ze skargą w imieniu ofiary naruszenia Konwencji może wystąpić jej przedstawiciel, zwłaszcza gdy „ofiara” nie może osobiście wystosować skargi ze względu na wiek, niepełną poczytalność czy pozbawienie wolności czy z innych przyczyn. Wówczas w jej imieniu mogą wystąpić członkowie rodziny, opiekun prawny lub inna osoba. Wyrok ogłaszany jest publicznie, dokonuje tego prezes lub upoważniony przez niego sędzia. Przekazuje się go Komitetowi Ministrów, a także Sekretarzowi Generalnemu Rady Europy, stronom postępowania oraz osobom, z którymi się wiąże. Nad wykonaniem wyroków ETPC, zgodnie z art. 46 EKPC i po zmianach wprowadzonych w Protokole nr 11 czuwa Komitet Ministrów Rady Europy.