„Weisera Dawidka” inauguruje moment, gdy trzej nierozłączni koledzy – Szymon, Piotr i Paweł (narrator powieści) - znajdują się w gabinecie dyrektora szkoły, do której chodzą. Powodem jest niewyjaśnione zniknięcie ich dwojga kolegów, Elki i tytułowego Weisera Dawidka. Przesłuchiwanie jest niejako nicią przewodnią, na której snuta jest opowieść o zagadkowym chłopcu. W tej powieści nie ma rozdziałów, jedynie tak zwane „światła” oddzielają wątek od wątku. Prawie każdy z takich wątków rozpoczęty jest od rzucenia czytelnika w sytuację przesłuchiwania. Oprócz trojga dzieci udział w nim biorą woźny, który pilnuje podejrzanych, dyrektor, prokurator i M-ski, nauczyciel przyrody. Pierwszy przesłuchiwany jest Szymon.

Następnie narrator opisuje, jak doszło do poznania Dawidka. Przedstawia chłopca jako tego, który zawsze stał z boku, wycofanego. Charakteryzuje go jako lekko przygarbionego i drobnego, chudego wręcz, o rudych włosach i ogromnych, szeroko otwartych, ciemnych oczach, kontrastujących z jego bladą cerą. Umieszcza Weisera w konkretnej przestrzeni, czyli kamienicy na pierwszym piętrze. Chłopiec mieszkał tam pod numerem trzynastym razem ze swoim dziadkiem (?), opiekunem, krawcem Abramem Weiserem.

Po raz pierwszy dzieci spostrzegają Dawidka pod koniec czerwca, w czasie procesji Bożego Ciała, kiedy chłopiec wyłania się z mgły kadzidlanego dymu. Już wtedy narrator ujawnia, że Weiser sprawiał takie wrażenie, jakby czekał na nich od zawsze. Bliższe spotkanie następuje pod plebanią, gdy Weisera prawie spotyka lincz jako tego, który nie chodzi na religię, jako Żyda. Gdy już już mają spaść na niego pierwsze ciosy, do akcji wkracza Elka, która odpędza dzieciaki od chłopca. Ten sprawia wrażenie, jakby nic się nie stało, nakłada na siebie koszulę i odchodzi, a za nim dziewczynka.

Lato jest tak upalne, że dzieci wsiadają w tramwaj, który zawozi je na plażę w Jelitkowie. Tam okazuje się, że kąpiel jest niemożliwa, bowiem brzeg zasłany jest zdechłymi rybami.

Dalej narrator rozpisuje się na temat M-skiego, jego roli w szkole (odpowiedzialny za wychowanie w szkole), jego udziału w pochodzie pierwszomajowym, odwiedzin u każdego, kto nie był na pochodzie, z wyjątkiem Weisera.

W tym momencie narrator z uporem zaznacza, że nie pisze książki, ale jeśli już, to to, co napisze za chwilę, powinno być jej pierwszym rozdziałem. Następuje opis zabaw trzech chłopców na brętowskim cmentarzu: Szymon jest dowódcą SS, a chłopcy żołnierzami partyzantki, których spotyka śmierć. Zabawie przyglądająją się Weiser i Elka, pojawiający się nie wiadomo skąd. W pewnym momencie Weiser zeskakuje z sosny, na której siedział, i wręcza chłopcom prawdziwą broń z czasów drugiej wojny światowej, po czym razem z Elką odchodzi.

Wątek zostaje przerwany i znowu wracamy do przesłuchania. Tym razem zeznania składa Paweł, czyli narrator. Następnie oddaje się on rozmyślaniom na temat istoty relacji Weiser-Elka. Zastanawia się, czy Elka była zakochana w swoim żydowskim towarzyszu, czy też łączyła ich jakaś inna więź. Potem opisuje, jak doszło do poznania przez Pawła, Piotra i Szymona uciekiniera z pobliskiego szpitala psychiatrycznego. Nazwali go Żółtoskrzydłym (od szlafroka, w który ubrany był mężczyzna). Paweł kreśli, jakimi słowy odezwał się po raz pierwszy pomylony człowiek, oraz to, co wydarzyło się potem – człowiek uwiesił się dzwonu na cmentarzu, czym wywołał nagonkę na siebie i swoich nieletnich znajomych. Jednak ucieczka powiodła się – natrafiają na M-skiego, na którego spadają cięgi za domniemane zachowanie na cmentarzu, z którym przyrodnik nie miał jednak nic wspólnego. Dochodzi do kłótni między kościelnym a nauczycielem. Potem następuje opis śledzenia Elki i Weisera przez Szymona i Pawła. Okazuje się, że dziewczynka i chłopiec oddają się niecodziennym praktykom na lotnisku, a konkretnie na końcu pasa startowego. Mianowicie obserwują z pozycji leżącej brzuchy lądujących samolotów, których podmuch wznosi czerwoną sukienkę Elki w górę, odsłaniając jej podbrzusze. Zafrapowani śledzący rozpowiadają tę plotkę na podwórku (konkretnie Szymon), po czym naśmiewają się z Elki („daj nam też się pomacać”). Ta jest bliska furii, jednakże w ostatniej chwili do wszystkich zwraca się z wysokości pierwszego piętra Weiser oświadczający, aby przyszli następnego dnia do oliwskiego ZOO o dziesiątej rano. Znamienne jest to, że tak naprawdę Weiser zwraca się do Elki, aby im przekazała. Jest to specyficzny gest dla Dawidka, który traktował dziewczynę jako pośrednika między sobą a chłopcami.

Narrator tnie wątek i wraca do przesłuchania, w czasie którego dochodzi do spięcia między prokuratorem a dyrektorem. Paweł, obserwując zajście, dochodzi do wniosku, że prawda na temat tajemniczego zniknięcia Elki i Weisera jest niemożliwa do przyjęcia przez dorosłych. Następuje przesłuchanie Piotra, w międzyczasie chłopcy próbują ustalić jedną spójną propozycję zeznań, na co nie zgadza się Szymon. Paweł wspomina o odwiedzinach u Szymona.

Potem przenosimy się do ZOO, gdzie przed głównym wejściem spotyka się nierozłączna trójka kolegów oraz ich paru znajomych z podwórka. Wszyscy są świadkami, jak Dawidek staje przed klatką z panterą i bez słów ujarzmia rozwścieczone zwierzę. Później, jakby nigdy nic się nie stało, Dawidek zabiera „paczkę” na długi spacer po nieodkrytych dotychczas okolicach Gdańska (wskazuje im miejsce, gdzie odpoczywał w czasie polowania Fryderyk Wielki).

Znowu wracamy do gabinetu dyrektora szkoły, który odbiera telefon od ojca Hellera z żądaniem wydania mu syna. Później jednak narracja skacze do przodu – narrator opisuje poszukiwania dowodów na istnienie Weisera w kartotece miejskiej i szkolnej. Następnie wracamy do przeszłości – Paweł wspomina wycieczkę, na którą zabrali go Weiser i Elka po Gdańsku. Dawidek pełni funkcję przewodnika – wskazuje, gdzie mieszkał Schopehauer, opowiada o organach w gdańskiej katedrze, mówi o domu innego filozofa, Schichaua, wspomina, gdzie stał gauleiter na Długim Targu. Potem następuje scena gry w piłkę z zaczepnymi wojskowymi – tylko dzięki Weiserowi i jego umiejętności rozstawienia ludzi na boisku chłopcy wygrywają mecz 5:2. Wtedy właśnie chłopiec ujawnia kolejną ze swoich umiejętności.

Po krótkim opisie przesłuchania Pawła narrator opisuje swoje odwiedziny u Elki w Manheim, gdzie teraz mieszka przyjaciółka Weisera. Kreśli dzieje ciężkich początków życia bohaterki w Niemczech, a następnie mówi o swoistej grze o Dawidka, jaką prowadzi z nim Elka. Dochodzi między nimi do zbliżenia – jest to jeden z piękniejszych opisów w powieści, poetycki i nie mający w sobie nic z dosłowności. Paweł ponosi fiasko: niczego nie dowiedział się od Elki na temat tajemniczego zniknięcia Dawidka i jej amnezji po wybuchu w tunelu.

Przenosimy się do gabinetu, gdzie trzej chłopcy mają na piśmie złożyć zeznania. Paweł opisuje pierwszy wybuch, po którym – tydzień po – następuje kolejny, każdy aranżowany przez Weisera, który okazuje się nie tylko zaklinaczem zwierząt i zdolnym piłkarzem, ale i piromanem. Czwarty wybuch okazuje się nieudany.

Wątek przerwany jest wtrąceniem, że Szymon zdecydował się na napisanie o znalezieniu przez nich fragmentu sukienki Elki. Znowu cofamy się w przeszłość, czyli opisy nudy, jaka panuje w to upalne lato. Jedyną rozrywką jest tropienie Elki i Dawidka, który to wątek znowu zostaje przerwany i uzupełniony wtrętem o „rozmowach” narratora z nieżyjącym Piotrem na cmentarzu. Wracamy do prób śledzenia Weisera i jego przyjaciółki: chłopcy decydują się poczekać na nich w pustej krypcie na cmentarzu, miejscu ich zabaw. Gdy już już po długim oczekiwaniu mieli zrezygnować, spostrzegają obiekty ich zainteresowania. Śledzą tę dwójkę, jednak nic ciekawego się nie dzieje. Dawidek i Elka czekają na zachód słońca, by potem dojść do starego budynku nieczynnej cegielni. Sprawia ona wrażenie zamczyska, w którym roznoszą się głosy. Dwoje przyjaciół znajduje się na samym dole, w piwnicy. Elka rozstawiła w pomieszczeniu świece, tymczasem Weiser skulony klęczy i wygląda, jakby się modlił, co rejestruje trójka chłopców-podglądaczy. Dziewczynka wyciąga z torby fletnię Pana i zaczyna grać. Weiser rozpoczyna swój szamański taniec, po czym, gdy muzyka ustaje, przemawia w dziwnym niezrozumiałym języku i powoli unosi się w powietrze. Tę lewitację przerwie załamująca się pod podglądającymi powierzchnia. W ten sposób zostają zdemaskowani i zarazem zaprzysiężeni, że nikomu nie powiedzą o tym, co tu zobaczyli.

Dalej narrator wędruje do przyszłości, w której spotyka się z Szymonem w Gdańsku. Rozmawiają o fletni Pana skradzionej ze szkoły. Konkludują, że Elka mogła być instrumentem, narzędziem eksperymentów w rękach Weisera. Pada również parę myśli na temat okoliczności śmierci Piotra (trafiony przypadkową kulą w czasie zamieszek w grudniu 1970).

Spotkanie zostaje przerwane wtrąceniem narratora o niezgadzających się ze sobą zeznaniach trójki chłopców, po czym powraca do momentu, gdy piątka dzieci znalazła się z starej cegielni. Następuje wyżej wspomniana przysięga, po czym umawiają się na następny dzień na godzinę szóstą. W czasie drogi do domu, przechodząc obok cmentarza, rozlegają się dźwięki dzwonów – chłopcy domyślają się, że to Żółtoskrzydły, który ucieka przed kościelnym do krypty. Postanawiają, że będą go chronić. Przynoszą mu jedzenie, ubranie i papierosy, bez których chory psychicznie mężczyzna nie może funkcjonować.

Następuje ponowna retrospekcja, czyli cofnięcie się do przesłuchania, po czym narrator wraca do cegielni. Zanim Weiser odkryje przed chłopcami następną tajemnicę, każe im przysiąc na życie pozagrobowe, że przenigdy nie zdradzą nic z tego, co tu zobaczyli i co mogą zobaczyć, po czym prezentuje im swoje zbiory broni z czasów drugiej wojny światowej oraz imponującą kolekcję znaczków z Generalnej Guberni. Uczy chłopców strzelać (za makietę służy popiersie M-skiego wystylizowanego na Stalina), a potem wręcza im instrukcję obsługi broni oraz parabellum, rodzaj broni.

Narrator wraca na cmentarz, gdzie rozmawia z Piotrem, następnie wraca pamięcią do mszy i modlitw, jakie odbywały się w intencji rolników. Opisuje awanturę, do jakiej dochodzi pod barem „Liliput” między panem Korotkiem a jednym z murarzy i uniemożliwienie ćwiczeń w strzelaniu z racji nabożeństw. Elka przekazuje im wiadomość od Weisera o kolejnym spotkaniu, na cmentarzu zaś nie zastają Żółtoskrzydłego, który najwidoczniej wyprowadził się z ich pustej krypty. Chłopcy spotykają się na treningach w strzelaniu z parabellum, aż pewnego razu spostrzegają M-skiego, kierującego się w stronę lasu. Śledzą go, po czym doznają iluminacji – ich nauczyciel spotyka się w lesie z pewną czarnowłosą gospodynią, by otrzymywać od niej razy po twarzy (za co jej płaci), które doprowadzają go do rozkoszy. Trzej chłopcy nie nazwali tego, co zobaczyli, ale wspomnienie tego wydarzenia zostało w nich.

Heller opisuje kolejny wybuch przeprowadzony przez Weisera, umawiają się na wczesne popołudnie w cegielni. W międzyczasie Paweł opowiada Dawidkowi swój sen, w którym Weiser pokonuje monstrum z morza. Monstrum owo ma twarz M-skiego.

Znajdujemy się znowu w przyszłości, a konkretnie w 1971 roku, kiedy Paweł udaje się do proboszcza Dudaka na spowiedź mającą charakter rozmowy. Wielebny wykazuje się niezrozumieniem, Heller wypada z kościoła wzburzony.

Kolejna retrospekcja wyjaśnia trochę więcej: w czasie przesłuchania chłopcy na migi ustalają wspólną wersję dotyczącą skrawka sukienki Elki – ostateczną wersją będzie ta, że fragment został przez nich spalony.

Znowu znajdujemy się w cegielni, gdzie Weiser wyjmuje z klaseru dwanaście znaczków z podobizną Hitlera (tzw. Adolfów) i nakleja na makietę z podobizną nauczyciela biologii. Strzelają po kolei wszyscy oprócz Elki, ale znowu to Weiser okazuje się mistrzem. Następnie dzieci udają się w plener, gdzie Paweł rozstawia makiety. Tym razem będą strzelać z automatu. W pewnym momencie, gdy Weiser jest przy broni, a Paweł wraca do grupy po zmianie planszy, dzieje się wypadek – Paweł dostaje rykoszetem strzał nad lewą piętą. Weiser fachowo i bez paniki zajmuje się kolegą – wypala mu ranę, by nie wdała się gangrena. Instruuje, jak odpowiadać, gdy dorośli będą pytali, co mu się stało. Tym samym Paweł zostaje unieruchomiony w domu na dłużej, pomaga matce przy domowych czynnościach, a w tym czasie reszta grupy dalej trenuje strzelanie. Po trzech dniach Pawła odwiedza Piotr, streszcza mu, że teraz zmienili broń na nagana, a Weiser pokazywał im, jak chodzi po rozżarzonych węglach. W czasie tego wieczoru Weiser opowiada chłopcom o tym, jak chce zostać artystą cyrkowym.

Wracamy do gabinetu dyrektora – toczy się przesłuchiwanie Pawła, który dzieli się z czytelnikami refleksjami dotyczącymi M-skiego. Przypomina mu się, jak w czasie odwiedzin u Elki zobaczył swego nauczyciela w niemieckiej telewizji. Następuje opis przemian, jakie rejestruje Paweł z punktu widzenia dorosłego. Zauważa, że okolice Gdańska i same miasto bardzo się zmienia (na przykład dziewicze niegdyś tereny zostały zarekwirowane przez działki).

Pewnego dnia – to znowu powrót do czasów dzieciństwa – do miasta przyjeżdża cyrk. Piątka kolegów oczywiście bierze udział w występie i jest świadkiem, jak pantera rzuca się na żonę tresera. Wtedy po raz pierwszy Paweł jest wściekły na Weisera, że ten nie robi użytku ze swoich zdolności hipnotyzerskich. Są również świadkami linczu i złapania Żółtoskrzydłego, co zostanie odnotowane w lokalnej gazecie.

Potem dzieci uczestniczą w pikniku na pożegnanie wakacji. Weiser również prezentuje swój przedostatni wybuch, który wygląda jak trąba powietrzna. Dawidek i Elka żegnają się z towarzyszami, po czym odchodzą. Następnego dnia rano dziadek Dawidka wszędzie szuka wnuka, okazuje się, że nie wrócił do domu na noc. Zagadkę wyjaśnia matka Elki – dziewczynka zaprosiła chłopca na wycieczkę do rodziny w Pszczółkach. W przedostatniej scenie z przesłuchań chłopcy podpisują zeznania. Do akcji wkracza ojciec Pawła, który informuje śledczych, że odnalazła się Elka, nieprzytomna oraz że zmarł dziadek Weisera.

Teraz następuje kluczowa dla całej powieści scena, gdy Weiser z towarzyszami przygotowuje ostatni, specjalny wybuch. Po czym znika wraz z Elką na końcu długiego tunelu pod torami kolejowymi. I nigdy już się nie odnajdzie.

Scena końcowa to przywołanie krainy dzieciństwa oraz bezradne wołanie Weisera przez dorosłego już Pawła.