Ukwaszone ogórki powinny zawierać 0,8–1,0% kwasu mlekowego (ich pH wynosi 3,4–4,0) oraz 1,5–3,5% soli kuchennej.
Do najważniejszych wad ogórków kiszonych spowodowanych nieprawidłowym przebiegiem fermentacji należą: mięknięcie owoców, powstawanie w nich pustych komór, tworzenie się kwasów masłowego i octowego, substancji śluzowatych, a także zmiany zabarwienia. Główną przyczyną mięknięcia jest rozkład pektyn, który prowadzi do rozluźnienia struktury owoców. Proces ten zachodzi pod wpływem enzymów pektynolitycznych, wytwarzanych przez mikroorganizmy (przeważnie pleśnie), które dostają się do fermentujących ogórków razem z resztkami okwiatów lub przyprawami złej jakości. Przyczyną może być także skłonność odmianowa. Opracowano wiele metod zapobiegających mięknięciu ogórków:
pasteryzację zalewy po upływie 1 lub 2 dni po rozpoczęciu fermentacji;
unikanie wysokiej temperatury podczas fermentacji i przechowywania;
podwyższenie stężenia soli kuchennej (powyżej 6%);
dodawanie do zalewy chlorku wapnia (w stężeniu 7,5 g/l) przed rozpoczęciem fermentacji.
Powstawanie pustych komór (fot.) w ogórkach kiszonych związane jest między innymi z wytwarzaniem i nagromadzaniem znacznych ilości CO2 w przestrzeniach międzykomórkowych. Taki przebieg fermentacji wywołują bakterie z grupy coli, rozwijające się w początkowym okresie procesu, lub Lactobacillus brevis i Leuconostoc mesenteroides — należące do grupy heterofermentatywnych bakterii mlekowych, a także drożdże powodujące wtórną fermentację. Aktywność drożdży wyeliminować można przez dodatek antyseptyków, na przykład sorbinianu potasu w ilości 0,05%, nie daje to jednak pewnego efektu. Z tego powodu procesem kiszenia należy kierować tak, aby uzyskiwać możliwie szybki rozwój homofermentatywnych bakterii kwasu mlekowego. W efekcie ich działalności następuje obniżenie wartości pH do około 3,8 oraz zwiększenie ilości kwasu mlekowego (powyżej 0,7%), co zapewnia czasową trwałość kiszonych ogórków.