Po wielu nie udanych próbach w atmosferze niedowierzania papież Paweł III otworzył sobór w Trydencie trwający od 1545 do 1563 roku. Mimo nie wielkiej ilości ojców soborowych podjął wiele kwestii niezmiernie istotnych otwierając nowy rozdział w życiu świętego Kościoła Katolickiego. Pierwszą kwestią był sam charakter soboru. Mianowicie należało się zastanowić czy nowo otwarty sobór ma się zająć sprawami dogmatycznymi czy reformatorskimi. Ostatecznie zdecydowano że oba zagadnienia muszą zostać na soborze podjęte. Również kolejność kwestii pozostawała kwestią sporną gdyż uważano że jeśli najpierw zajęto by się reformami to ojcowie mogli by się rozjechać pozostawiając sprawy dogmatyczne nie rozstrzygnięte. A jeśli najpierw podjęto by sprawy dogmatyczne istniała obawa że Rzym straci ochotę na podjecie reform. 22 stycznia 1546 roku postanowiono że obiema kwestiami będzie się sobór zajmował naprzemiennie raz sprawa reformy i raz dogmatyczna. Wydaje się jasne że chciano sprecyzować naukę Katolicką przeciw reformatorom.
Pierwszy dekret soboru dotyczył Pisma Świętego i Tradycji. Nie tyle chciano wyjaśniać wobec heretyków źródło objawienia co oprzeć prace soboru na autorytatywnej podstawie. Wiele niejasności budziła definicja tradycji. Gdyż z jednej strony jest to przekaz ewangeliczny nie zawarty w Piśmie Świętym, a z drugiej zwyczaje kościelne dotyczące liturgii i sakramentów a kończąc na przepisach postnych. Doszło więc do sporu o źródło zbawienia i wstępny projekt iż częściowo zawiera się w Piśmie i częściowo w tradycji zastąpiono łącznikiem „i” in libris scriptis et sine scripto traditionibus. Ustalono również kanon Starego i Nowego Testamentu.
Od czerwca 1546 roku obradowano nad dekretem o grzechu pierworodnym. Sobór oparł się w kwestii grzechu pierworodnego w dużej mierze na soborach w Kartaginie (418) i w Orange (529). Podkreślono wyraźnie iż chrzest gładzi grzech pierworodny. Również w dekrecie znajduje się stwierdzenie że pożądliwość, która pozostaje w człowieku nie przynosi szkody tym, którzy się jej opierają.
Sprawy związane z dogmatyką budziły pewne spory i kontrowersje jednak zaogniały je zagadnienia związane z reformą kościoła. Unaoczniała się w tedy walka między stronnictwami papieskim i cesarskim. Dotyczyły one najbardziej obowiązkowi rezydencji. Należało odpowiedzieć przy tej okazji czy urząd biskupi jest urzędem kościoła partykularnego czy powszechnego oraz czy jest pasterzem Kościoła czy członkiem warstwy urzędniczej. Zwolennicy teorii o Boskim pochodzeniu obowiązku rezydencji podkreślali że papież nie może nadawać biskupstw osobom, od których nie oczekuje, iż będą osobiście rządzić diecezja i nie może od tego obowiązku zwalniać dyspensą. Przeciwnicy tej teorii to przede wszystkim Włosi, którym jako kurialistom zależało na utrzymaniu status quo, jak również ci którzy nie chcieli podważać władzy papieskiej. W 1547 roku zaostrzono obowiązek rezydencji, jednak sprawę tą podjęto na ostatniej sesji gdyż dekret ten w praktyce stał się nie skuteczny.
1551 roku uchwalono dekret o Eucharystii. Podkreśla on rzeczywistą obecność Ciała i Krwi i uznaje zasadną cześć oddawaną im także poza mszą. Dekret mówi iż Prawda winna zwycięsko triumfować nad kłamstwem i herezjom, tak, żeby jej przeciwnicy wobec tak wielkiego blasku i tak wielkiej radości Kościoła, albo zamilkli wewnętrznie skruszeni, albo doszli do opamiętania, pełni wstydu i żalu. A za rada Melchiora Cano transubstancja została sformułowana jako model wyjaśniający naturę Eucharystii i jest ona nazwana trafnie i właściwie.
25 listopada uchwalono dekret o sakramencie pokuty i ostatniego namaszczenia. Pierwszy podkreśla obowiązek wyznania wszystkich ciężkich grzechów popełnionych po chrzcie. I przeciw heretyckim zarzutom ze człowiek nie jest w stanie ich przejrzeć, konstytucja mówi że dotyczy to tych grzechów których po badaniu sumienia penitent jest świadom. Również znalazła się tam wypowiedź o żalu niedoskonałym. Ustalono również że do sprawowania sakramentu prócz świeceń potrzebne jest kanoniczne pozwolenie oraz że istnieje możliwość zatrzymania grzechów.
W czasie soboru również zakazano kumulacji beneficjów oraz uchwalono orzeczenia o wyborze godnych biskupów. Również środkiem reformy miały się stać wizytacje biskupie, synody diecezjalne odbywające się co roku oraz prowincjonalne przeprowadzane co trzy lata. Jakość wykształcenia kleru miały podnieść seminaria duchowne tworzone na wzór kolegiów przy uniwersytetach których członkom zapewniano również opiekę duchowną. Miały one również znaczenie dla faktycznego wprowadzenia celibatu. Jednak idea seminariów nie była skrystalizowana i biskup diecezjalny wpływał w dużej mierze na jego kształt.
17 września 1562 roku uchwalono doktrynalny dekret „O Mszy świętej” . Ustalono że msza i ofiara krzyżowa jest tą samą ofiarą i niczego jej nie dodaje, ale stanowi jej uobecnienie. Uznano również katolickie praktyki liturgiczne takie jak msze o świętych, msze bez ludu, a z jednym ministrantem, łacinę jako język liturgiczny, cichy kanon, oraz że jest on wolny od błędów. Jednocześnie znosiła ryty młodsze niż 200 lat, a na ich miejsce wprowadzono ryt rzymski sięgający IV w., który jak wspomniano był czysty od błędów. Tak wiec mszał św. Piusa V wydany w 1570 roku dla kościoła łacińskiego rytu rzymskiego nie różnił się niczym od mszału rzymskiego z roku 1475. Dyskutowano również kwestie komunii pod obiema postaciami. Zgodzono się że Kościół swoim wiernym nie odbiera nic koniecznego do zbawienia, a Chrystus jest w pełni i całkowicie obecny pod postacią chleba. Ogłoszono również dekrety o kapłaństwie i sakramencie małżeństwa. Podkreśla on sakramentalny charakter małżeństwa oraz jego nierozerwalność. Osobnym punktem była forma przy zawieraniu sakramentów wobec proboszcza i dwóch świadków. Zakazywała również udzielania tajnych małżeństw, i pozwalała by kościół mógł ogłaszać określone osoby za niezdolne do zawarcia małżeństwa.
W czasie soboru zreformowano również Inkwizycję powołując Kongregację Kardynalską Świętej Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, tzw. Święte Oficjum (Sacrum Officium), które składało się z 6 kardynałów i miało nadzorować działalność sądów inkwizycyjnych
Jako ostatnie przeforsowano dekrety o czyśćcu, odpustach, czci świętych i obrazów. Nie dokonano jakiegoś teologicznego uzasadnienia odpustów uznano je jedynie za wielce zbawienna praktyką dla ludu chrześcijańskiego. Postanowiono też że cały szereg dokumentów pozostawia papieżowi takich jak opracowanie katechizmu rzymskiego dla duszpasterzy, który został wydany przez Piusa V w 1566 roku oraz brewiarz wydany w 1568 roku. Uznano za autentyczny przekład Wulgatę, którą się starano jak najdokładniej wydać, usuwając liczne jej warianty i błędy.