PCR RAPD

Reakcja PCR : komponenty do PCR: DNA , polimeraza, bufor LOSOWY STARTER

Starter do PCR - RAPD : stosuje sie jeden ktortki starer (kilka kilkanascie nt), sekwencja starerta jest przypadkowa, pozwyzsze cechy starterow umozliwiaja przylaczenie sie w losowych miejscahc, mozemy spodzieqwzac sie wystepowanai wielu sekwenji komplemenetarnych w genomie

etapy jak w kalsycznym PCR ( denaturacja poczatkowa, cyklowa denaturacja, przylaczanie sterterow, synteza) obnmizenie temperatury przylaczenia sterterow = obnizenie komplementarnosci wiazania starera do matrycy (robimy to po to aby zwiekszyc mozliwa najwieksza ilosc produktow)

Amplifikacja : do amplifikacji dochodzi gdy startery dolacza sie w komplementarnym miejscu genomum a odleglosc pomiedzy dwoma z nich nie przekrocxzy 1000-1500 pz, uzyskuje sie od kilku do kilkudziesieciu fragmentow DNA o roznych dlugosciach, dochodzi do amplifikacji wielu przypadkowych fragmentow, sekwencje produktow rreakcji i ich miejsce wystepowania w genomie są nieznane

Wizualizację wynikow przeprowadza się poprzez elektroforezę w zelu agarazowym lub poliakrylamidowym

Roznice we wzorze prazkowym miedzy osobnikami wynika z :

- wystapienia mkutacji (insercji, delecji lub mutacji punktowej) w obrebie miejsc wiazania startera = brak prązka

- pojawienia się nowych miejsc wiązania startera w wyniku zajscia mutacji = wystapienie nowego prazka

- delecja lub insercja pomiedzy miejscami wiazania startera = zmiana długosci produktow

zalety RAPD: stosunkowo maly koszt

wady: amplifikacja przyp[adkowych fragmentow, brak mozliwosaci podroznienia homozygot dominujacych od heterozygot, komigracja prazkow, mala powtarzalnosc wynikow, ryzyko zanieczyszczenia obcym DNA

do czego sie stosuje: do identyfikacji gatuynkow i szczepow oraz okreslania ich pokrewienstwa, identyfikacja patogenow, poszukiwanie markerow sprzezonych z waznymi cechami fewnotypowymi zwierzat i roslin