Transformacja Natury (性质 変 化, Seishitsu Henka) jest zaawansowaną formą kontroli czakry i techniką, która ma decydujące znaczenie dla manipulacji chakry i tworzenia nowych jutsu. Kształt podczas transformacji zostaje zmieniony, wraz z przepływem chakry, a żywiołowy charakter chakry, zmienia także właściwości i cechy techniki. Warto zauważyć, że niektórzy shinobi, mogą manipulować kształtem i naturą chakry. Charakter manipulacji jest jedną z dwóch rzeczy niezbędnych do tworzenia jutsu, będące odpowiednikiem jego przemian. Charakter manipulacji wymaga formowania i określenia własnej, poprzez sprawdzenie natury.

Istnieje pięć podstawowych typów, w których charakter chakry może zostać przekształcony, zwane są Pięcioma Rodzajami Charakteru Przemiany (五大 性质 変 化, Godai Seishitsu Heńka). Te pięć rodzajów nazywane są również elementami i posiadają takie same nazwy jak pieć wielkich krajów shinobi, ale są także podstawą wszystkich żywiołowych ninjutsu.Pięć podstawowych natur są ze sobą połączone w kręgu, gdyż jeden jest słabszy od jednego i silniejszy od drugiego.

Elementy

Ogień (火, Hi) naturę czakry pozwala na używanie elementu ognia (火 遁, Katon), który jest silny w stosunku do Wiatru i słaby przeciwko wodzie.

Wiatr (风, Kaze) natura czakry pozwala na uzytkowanie elementu wiatru (风 遁, Futon), który jest silny przeciwko błyskawicy i słaby w stosunku do ognia.

Błyskawica (雷, Kaminari) natura czakry pozwala na korzystanie z elementu błyskawicy (雷 遁, Raiton), który jest silny w stosunku do Ziemi, ale słaby przed wiatrem.

Ziemia (土, Tsuchi) natura czakry pozwala na używanie elementu ziemi (土遁, Doton), który jest silny w stosunku do wody, ale słaby przeciwko piorunowi.

Woda (水, Mizu) naturę czakry pozwala na użytkowanie elementu wody (水 遁, Suiton), który jest silniejszy od ognia i słabszy od ziemi.

W zasadzie oznacza to, że jeśli zostanie wprowadzone jutsu żywiołów przeciw elementarnemu jutsu na tym samym poziomie, ale silniejszym charakterze, to jutsu z silniejszą naturą zwycięży. Jednak słabe jutsu, które posiada silniejszą naturę, od drugiej, potężniejszej techniki może zostać pokonane. Natura chakry prawdopodobnie przechodzi z pokolenia na pokolenia w klanach, co można wywnioskować faktem, że klan Uchiha posiada naturę ognia.

Aby dowiedzieć się jaką posiada się chakrę, trzeba skorzystać z specjalnego papieru, wykonanego z wyjątkowego drzewa, które było karmione cha180px-Elemental Relationships Diagram.svg

Pięć Naturalnych Żywiołów Chakrykrą i w obecnej chwili reaguje w zależnie od natury nawet na najmniejszy przepływ chakry, jeśli zostanie dotknięte przez użytkownika.

Naturę chakrę za pomocą kartek rozpoznaje się:

Ogień - papier zapala się

Wiatr - kartka przcina się

Błyskawica - papier marszczy się

Ziemia - papier kruszy się

Woda - będzie mokry/wilgotny

Lód (氷, Kōri) limit krwi używany przez Haku, wykreowany z połączenia Wody i Wiatru. Ten limit pozwala na użytkowanie ninjutsu lodu (氷遁, Hyōton). Został zaprezentowany jako wrażliwy przeciwko elementowi ognia.

- Yukigakure - ninja z tej wioski także używali elementu lodu, wykorzystując wodę znajdujący się wokół nich, która zamarzała z powodu bardzo niskiej temperatury. Kakashi mógł skopiować tą technikę, bo nie jest to Kekkei Genkai.

Drewno (木, Ki) limit krwi użytkowany przez Hashirame Senju, Yamato oraz Danzō Shimure, wykreowany poprzez kombinację Wody i Ziemi. Ten limit pozwala na użytkowanie elementu drewna (木遁, Mokuton).

Lawa (溶岩, Yōgan) natura, którego użytkownikami są Czteroogoniasta małpa i jego Jinchuuriki oraz Mei Terumi oraz Kurotsuchi, wykreowana prawdopodobnie przez połączenie Ognia z Ziemią. Ta natura pozwala na użytkowanie elementu lawy (熔遁; Yōton).

Kryształ (結晶, Kesshō) natura użytkowana przez Guren, prawdopodobnie wykreowana poprzez element ziemi (pieczęcie) oraz prawdopodobnie ognia. Ta natura umożliwia wykorzystanie elementu kryształu (晶遁, Shōton). (tylko anime)

Płomień (炎, Honō) natura użytkowana przez Sasuke Uchiha, za pomocą płomieni Amaterasu użytkownik tworzy nową zaawansowaną naturę element płomienia (炎遁, Enton).

Burza (嵐, Arashi) natura użytkowana przez Darui oraz skradziona przez Hiruko, kreowana przez Błyskawicę i Wodę. Pozwala ona na użytkowanie elementu burzy (嵐遁, Ranton).

Kwasowa Mgła (沸騰, Futtōn) natura użytkowana przez Mei Terumi, wykreowana poprzez połączenie Ognia i Wody. Ta natura pozwala na użytkowanie elementu kwasowej mgły(沸遁, Futton).

Pył (塵, Chiri) natura użytkowana przez Ōnokiego oraz Drugiego Tsuischkage, wytworzona poprzez połączenie ziemi, ognia i wiatru. Pozwala na używanie elementu pyłu (塵遁, Jinton).

Mrok (冥暗, Meian) natura skradziona przez Hiruko, mrok (冥遁, Meiton). (tylko film)

Stal (鋼, Hagane) natura stali, skradziona przez Hiruko (鋼遁, Kōton). (tylko film)

Prędkość (迅速, Jinsoku) natura, skradziona przez Hiruko, pozwala na używanie elementu prędkości (迅遁, Jinton). (tylko film)

Eksplozja (爆発, Bakuhatsu) natura, używana przez Gariego i Deidarę, prawdopodobnie wykreowana przez ziemię i ogień, pozwalając na użytkowanie elementu eksplozji (爆遁, Bakuton).

Skwara (灼熱, Shakunetsu) natura używana przez Pakurę, pozwalając na używanie elementu parzącego (灼遁, Shakuton).