W Pismach Hebrajskich nigdzie nie ma mowy o tych dwóch wpływowych stronnictwach. Pierwsza wzmianka Flawiusza o saduceuszach i faryzeuszach dotyczy II wieku p.n.e. W tym czasie wielu Żydów ulegało urokowi hellenizmu a kiedy władcy z dynastii Seleucydów zbezcześcili świątynię w Jerozolimie, poświęcając ją Zeusowi, konflikt między hellenizmem a judaizmem sięgnął szczytu. Przywódca żydowski, Juda Machabeusz poprowadził buntownicze wojska i uwolnił świątynię z rąk Greków. W następnych latach, po powstaniu i zwycięstwie Machabeuszy, tworzyły się nowe sekty, reprezentujące przeciwstawne poglądy i rywalizujące ze sobą o jak największy wpływ na społeczność żydowską. Zdaniem niektórych uczonych, faryzeusze rekrutowali się z chasydów (znanych bardziej z tego okresu pod nazwą asydejczyków), pobożnej sekty, która popierała religijne dążenia Judy Machabeusza, ale opuściła go, gdy zajął się polityką. Po śmierci Judy Machabeusza dokonał się podział chasydyzmu. Przedstawiciele skrzydła radykalnego odłączyli się od oficjalnego kultu świątynnego, tworząc ruch całkowicie niezależny, który przypuszczalnie dał początek wspólnocie z Qumran . Skrzydło liberalne przekształciło się w ugrupowanie faryzeuszy.
Nazwa „faryzeusze” jest zwykle kojarzona z hebrajskim słowem peruszim tłumaczonym na „oddzieleni” „odłączeni”, choć według niektórych, bierze ona początek od wyrazu „interpretatorzy”. Sami faryzeusze nazywali siebie chawerim czyli „równi sobie, współtowarzysze”.
Byli w zasadzie stronnictwem ludzi świeckich i nie wyróżniali się szczególnym pochodzeniem. Byli opozycją wobec kapłańskiej arystokracji saduceuszów. Starali się w swoim postępowaniu przestrzegać świątynnych reguł czystości. Byli uczonymi, wystrzegali się rytualnego skalania, stosując zasady swoistej pobożności, odnosili bowiem prawa świątynne dotyczące świętości kapłańskiej do życia codziennego. Rozwinęli nowy sposób interpretowania Pism i dali początek temu, co później stało się znane jako prawo ustne.
Za panowania Jana Hirkana I (etnarchy Judei i arcykapłana od 135 p.n.e). Był trzecim synem Szymona Machabeusza. Przybrał greckie imię Hirkan co było pierwszym krokiem do odejścia od charakterystycznej dla Machabeuszy postawy antyhellenistycznej. Nigdy nie przybrał tytułu królewskiego bo Żydzi uważali, że jedynym królem Izraela może być tylko potomek Dawida ale to się zmieniło później zmieniło.
Hirkan początkowo był uczniem i zwolennikiem faryzeuszy ale narazili się oni mu, ganiąc go za to, że nie chce zrezygnować z urzędu arcykapłana. Hirkan usunął ich z zajmowanych stanowisk religijnych a dodatkowo opowiedział się za saduceuszami.
W latach 103-76 p.n.e. rządy przejął 3 syna Hirkana — Aleksander Janneusz. Zerwał on z dotychczasową polityką i otwarcie obwołał się zarówno arcykapłanem, jak i królem. Aleksander rozszerzył zakres państwo hasmoneuszy, a 81 r. przed naszą erą założył Gamlę- centralne miasta Wzgórza Golan.
Był w konflikcie z faryzeuszami, podczas gdy konkurencyjni dla nich saduceusze gorąco go popierali. Janneusz zyskał reputację władcy, który był bardziej zainteresowany podbojami niż wypełnieniem religijnych obowiązków arcykapłana. Podczas jednego z świąt Świąt Szałasów Aleksander odmówił obrzędowego wylania wody na ołtarz, czym wyraził swoje poparcie dla saduceuszy. Spotkało się to z niezadowoleniem ludu, który wydrwił Jannaja i obrzucił go cytronami. Aleksander rozkazał swoim żołnierzom wymordować buntowników. Zamordowali oni ponad sześć tysięcy ludzi w dziedzińcu świątyni. W końcu wybuchła wojna domowa, w której zginęło 50 000 Żydów. Po stłumieniu buntu, Janneusz dokonał czegoś, co upodobniło go do pogańskich królów — powiesił na palach 800 rebeliantów i na ich oczach kazał poderznąć gardła ich żonom i dzieciom, podczas gdy sam ucztował ze swymi nałożnicami.
Mimo swej wrogości wobec faryzeuszy, Janneusz jako polityk był pragmatykiem. Widział, że cieszą się oni coraz większym poparciem ludu. Będąc na łożu śmierci, poradził swej żonie, Salome Aleksandrze, by się z nimi sprzymierzyła. Została ona następczynią tronu. zapewniła ludowi jeden z najspokojniejszych okresów w dziejach Hasmoneuszy. Faryzeusze odzyskali swe stanowiska, prawo do godności religijnych oraz zostali wprowadzeni do Sanhedrynu. Mniej więcej od tego momentu faryzeusze stali się duchowymi przywódcami narodu. Po śmierci królowej, stracili swoją dominującą pozycję na rzecz saduceuszy, ale nie utracili swego ogromnego wpływu na społeczeństwo żydowskie. (Mapka- utrzymała granice)
W okresie dominacji rzymskiej, faryzeusze wycofali się w zasadzie niemal całkowicie z aktywnego życia politycznego i skoncentrowali się na działalności religijnej.
Po zburzeniu Świątyni Jerozolimskiej, z powodu zaniku innych ugrupowań religijno-politycznych, ruch faryzeuszy przejął niemal pełną kontrolę nad Żydami w Judei i żydowską diasporą. Większość faryzejskich "uczonych w piśmie" wywędrowała razem z żydowskimi wygnańcami do Babilonii i Egiptu, a część pozostała w Palestynie.
Tworzyli gminy, na czele których stali uczeni w piśmie "mistrzowie" lub "nauczyciele" (hebr. rabbi). Mistrzowie ci ustalali własną interpretację tekstów biblijnych poprzez prowadzenie regularnych dysput i wymianę listów. Najbardziej "uczeni" z nich uzyskiwali naturalny autorytet i stawali się w pewnym sensie liderami tego ruchu, czego przykładem mogą być dwaj najwybitniejsi przedstawiciele faryzeuszy na przełomie I w. p.n.e. i I w. n.e., tworzący dwie konkurencyjne szkoły w interpretacji świętych Pism i Prawa, chodzi tu mianowicie o Hillela (zw. Starszym) i jego antagonistę - Szammaja. Do czasu zburzenia Świątyni w 70 r., główny nurt myśli faryzejskiej opierał się na naukach tych dwóch mistrzów i ich uczniów, oscylując między bardziej liberalnym stanowiskiem Hillela a rygoryzmem Szammaja. Ostatecznie przewagę zyskała szkoła Hillela i w nowej rzeczywistości polityczno-religijnej Żydów po 70 r., to ona właśnie zaczęła nadawać ton kształtującemu się judaizmowi rabinicznemu.
Dzięki środowisku faryzejskiemu, tworzącemu dwa główne ośrodki myśli judaistycznej w Palestynie i w Babilonii, prawo ustne zostało przekazane, rozszerzone, na nowo sformułowane i w końcu skodyfikowane w Misznie (ok. 200 roku n.e.), a potem w uzupełnionym Talmudzie.
Nazwa „saduceusze” prawdopodobnie ma związek z arcykapłanem Cadokiem, którego potomkowie sprawowali urząd kapłański od czasów Salomona. Jednakże nie wszyscy członkowie tego stronnictwa wywodzili się z owego rodu. Jak pisał Flawiusz, saduceusze pochodzili z rodzin arystokratycznych, należeli do ludzi zamożnych i nie cieszyli się poparciem mas. Większość z nich pełniła urząd kapłana lub była spowinowacona z rodzinami kapłańskimi. W ten sposób saduceusze przez długi czas byli ściśle związani z elitami rządzącymi. Dlatego czuli się zagrożeni, gdy faryzeusze odgrywali coraz większą rolę w życiu publicznym i propagowali pogląd, że cały lud powinien zabiegać o świętość wymaganą od kapłanów. W ostatnich latach panowania Hirkana, saduceusze odzyskali panowanie.
Saduceusze i faryzeusze stanowili w społ. żydowskim nie więcej niż 7-8 %, ale wywierali wielki wpływ na społeczeństwo. Saduceusze mieli wpływ na światynię i politykę a faryzeusze na lud. Oba skrzydła miały swoją reprezentację w Sanhedrynie i czasem zawierały koalicje.
Występujące w NT określenie `Uczeni w piśmie' nie należy automatycznie utożsamiać z faryzeuszami. Uczeni w piśmie (następcy soferów czyli skrybów) mogli należeć do ugrupowań faryzeuszy. Wszyscy uczeni w piśmie byli więc faryzeuszami, lecz nie wszyscy faryzeusze byli uczonymi w Piśmie.
2