W roku 1948 kilku beduińskich chłopców znalazło na pustyni judzkiej w miejscowości Qumran w pobliżu Morza Martwego grotę, a w niej gliniane dzbany zawierające rękopisy sprzed 2 tysięcy lat. Oczywiście Beduini nie zdawali sobie sprawy jak cenne jest ich odkrycie. Rękopisy zostały pocięte na kawałki i trafiły na bazar w Jerozolimie. Jeden z takich fragmentów wpadł przypadkiem w ręce handlarza staroci z Betlejem, który skontaktował się z profesorem E. L. Sukenikiem z Uniwersytetu Hebrajskiego, prosząc go o ocenienie, czy są to jakieś rzeczy wartościowe. Ten błyskawicznie zorientował się, że ma przed sobą coś niezwykłego i poprosił o dostarczenie mu większej ilości podobnych kawałków.
Na kolejne spotkanie handlarz z Betlejem przyniósł trzy kompletne, nie rozwinięte jeszcze, zwoje ze skóry zapisane pismem starohebrajskim. Profesor kupił znalezisko. Gdy ostrożnie rozłożył je w domu, okazało się, że pierwszy z nich zawiera tekst starotestamentowej księgi proroka Izajasza, drugi
zaś komentarz do księgi proroka Habakuka. Trzeci okazał się najbardziej tajemniczy, stanowił bowiem nie znaną dotychczas nikomu Regułę Wojny - apokaliptyczny opis wojny Synów Światłości z Synami Ciemności. Księga ta mogłaby niemal stanowić regulamin walki jakiejś starożytnej armii, wzorowany zapewne na organizacji legionów rzymskich, precyzyjnie definiujący sposób ustawienia oddziałów, ich uzbrojenie, a nawet szczegóły uprzęży przy zbrojach i wiek wymagany od żołnierzy służących w poszczególnych oddziałach. Było to pierwsze tego typu dzieło literackie znane biblistom, na tyle różne od konwencjonalnych tekstów hebrajskich, że profesor natychmiast doszedł do wniosku, że musiał on być dziełem jakiejś bliżej nie znanej historykom sekty, odłączonej od głównego nurtu religii żydowskiej.
Z wyrywkowych informacji, jakie można było odnaleźć w zwoju z komentarzem do Habakuka, wynikało, ze jej założycielem był ktoś nazwany Mistrzem Sprawiedliwości, który, prześladowany przez Niegodziwego Kapłana, wraz ze swoimi uczniami udał się na pustynię, aby tam założyć wspólnotę żyjącą według własnych reguł. Trudno ustalić, kim były te zagadkowe postacie. Na ogół uważa się, że Niegodziwy Kapłan to któryś z arcykapłanów świątyni w czasach dynastii Hasmoneuszy. Postać Mistrza Sprawiedliwości - założyciela sekty, pozostaje zagadką.
Informacje o Mistrzu Sprawiedliwości już wcześniej znano z tzw. Dokumentu Damasceńskiego, który został odkryty w roku 1897 w starej synagodze w Kairze (w tzw. genizie, czyli pomieszczeniu, do którego składowano stare, zniszczone zwoje).
Tymczasem inne zwoje, trafiły w ręce patriarchy prawosławnego Kościoła syryjskiego w Palestynie. Ten, wysłał je do Stanów Zjednoczonych, gdzie zostały przez naukowców rozwinięte, sfotografowane i opublikowane w formie mikrofilmów. Yigael Yadin, izraelski archeolog, a zarazem syn profesora Sukenika, skontaktował się z przedstawicielem patriarchatu Kościoła syryjskiego i wynegocjował warunki kupna za 250 tysięcy dolarów. W ten sposób zwoje, których nie zdołał zdobyć profesor Sukenik, zostały nabyte dla państwa żydowskiego przez jego syna.
Oryginały umieszczono w specjalnie dla nich wybudowanym podziemnym muzeum, znanym jako Świątynia Księgi. Przypomina ona gliniany garnek, w jakim przechowywano zwoje. Ich komplet liczył łącznie siedem sztuk: dwa egzemplarze Księgi Izajasza, komentarz do księgi Habakuka, a z ksiąg pozabiblijnych - księgę hymnów, Regułę Wojny oraz tekst przypominający regułę jakiejś wspólnoty klasztornej zwany Regułą Zrzeszenia. Siódmy i ostatni zwój, okazał się apokryficzną wersję Księgi Rodzaju.
W nieco późniejszym okresie odnaleziono jeszcze dwa kompletne zwoje, które umieszczono w Świątyni Księgi. Pierwszy z nich to Zwój Świątynny. Jego znaczną część zajmują teksty stanowiące parafrazę Księgi Rodzaju, tyle że napisaną tak, jak gdyby opowiadał je sam Pan Bóg w pierwszej osobie, poza tym zawiera ogromną ilość wskazówek i nakazów dotyczących sposobu sprawowania kultu w świątyni jerozolimskiej.
Drugim jest Zwój Miedziany. W odróżnieniu od wszystkich pozostałych nie został on spisany na skórze. Tekst wytłoczono na taśmie z miedzianej blachy, prawdopodobnie po to, aby zabezpieczyć go przed zniszczeniem. Niestety, gdy dokument ten odnaleziono, metal był doszczętnie skorodowany. Rozwinięcie go groziło, ze rozsypie się w pył. Przez kilkadziesiąt lat specjaliści obmyślali metody zabezpieczenia miedzianej taśmy przed skruszeniem. Po rozwinięciu zwoju okazało się, że zawiera on informacje jak znaleźć ukryte w różnych miejscach skarby. Jedni traktują te skarby jako metaforę, inni uważają, że faktycznie jest to wykaz autentycznych kryjówek. Wskazówki zawarte w tekście Zwoju Miedzianego są jednak tak ogólnikowe, że jak dotąd, nikomu nie udało się zidentyfikować opisywanych miejsc.
Niestety wiele z jaskiń zostało wcześniej spenetrowanych przez Beduinów, którzy wynieśli z nich część znalezisk, wietrząc dobry interes. Wszystkie te znaleziska zostały umieszczone w Muzeum Rockefellera we wschodnim (arabskim) sektorze Jerozolimy. Zbiór ten jest dużo, dużo większy aniżeli zbiór przechowywany w Świątyni Księgi, ale składa się on z niewielkich fragmentów, dość dokładnie wymieszanych nawzajem. W jego skład nie wchodzi
ani jeden tekst zachowany w całości, dlatego prace nad ich opracowaniem i opublikowaniem okazały się bardzo trudne.
Przypominało to czasami układanie puzzli z drobnych skrawków. Władze Jordanii powołały międzynarodową komisję biblistów, powierzając jej zadanie odczytania i opracowania fragmentów złożonych w Muzeum Rockefellera.
Ekspedycje archeologiczne odnalazły nad Morzem Martwym nie tylko fragmenty rękopisów, lecz również ruiny budowli przypominającej klasztor oraz przylegające doń cmentarzysko dokładnie naprzeciwko skał ze jaskiniami. Szczegółowe badania pozwoliły ustalić, że w okresie od II wieku p.n.e. do połowy I wieku n.e. okolicę tę zamieszkiwała wspólnota, której organizacja i tryb życia do złudzenia przypominać mogła klasztor. Istnieje przypuszczenie, że byli to właśnie autorzy zwojów, oraz że wspólnotę tę tworzyło religijne ugrupowanie esseńczyków, o których posiadamy informację od Józefa Flawiusza. Jest to hipoteza dość powszechnie przyjmowana. Z badań archeologów wiemy, ze osada w Qumran została zburzona przez Rzymian, zaś jej mieszkańcy pozabijani. Pewne fragmenty pism qumrańskich odnaleziono w ruinach fortecy Masada - ostatniej z fortec zdobytych przez Rzymian podczas powstania żydowskiego, co może oznaczać że nieliczni ocaleni esseńczycy przyłączyli się do partii zelotów i ponieśli śmierć po upadku Massady. Prawdopodobnie, zdając sobie sprawę z możliwej klęski, ukryli zwoje w trudno dostępnych jaskiniach obok swej osady, aby ocalić
je przed Rzymianami.
NAG HAMMADI
W 1945 roku niedaleko wioski Nag Hammadi dawnym Ksenoboskion w Górnym Egipcie wieśniak Muhammad Ali wykopał z ziemi stare naczynie. Zawierało ona oprawione w skórę teksty zapisane w języku koptyjskim.
Stanowią one kolekcję 12 oprawionych w skórę papirusowych kodeksów. Zawierają 52 gnostyckie pisma przetłumaczone z greckiego na koptyjski lub napisane w języku koptyjskim. Pochodzą one z 350-400 r. n.e. i są pismami gnostyków heretyckiej z punktu widzenia Ojców Kościoła sekty chrześcijańskiej. Aż do 1945 nauki gnostyków były znane niemal wyłącznie z krytycznych pism ich przeciwników.
Odkrycie z Hag Hammadi pozwoliło poznać gnostycyzm z pierwszej ręki. Wśród znalezionych dokumentów znajdował się m.in. tekst "Grzmot: Doskonały Umysł". Jest to monolog Świętej Zofii, jednej z emanacji Boga, która była matką Jaldabaotha - podrzędnego bóstwa identyfikowanego często przez gnostyków jako okrutny Jehwe ze Starego Testamentu. Zdaniem gnostyków to ten Demiurg, a nie najwyższy Bóg stworzył materialny świat, co tłumaczyć ma jego niedoskonałość i to, ze jest pełen cierpienia. Materia według tekstów z Nag Hammadi jest więzieniem, w którym Demiurg zamknął ludzkie dusze i jedynie oświecenie (gnosis) daje możliwość wyzwolenia się oraz powrotu do prawdziwego, najwyższego Boga. Ponieważ stwórca świata jest wrogiem, należy odrzucić ziemskie prawa. W praktyce oznaczało, to skrajną ascezę albo skrajny libertynizm. Jedne szkoły gnostyckie namawiały do żywota pustelniczego, inne do świętych orgii.
W Nag Hammadi znaleziono kilka ksiąg, które nosiły chrześcijańskie tytuły np. Ewangelia Tomasza, Ewangelia Filipa, czy Dzieje Piotra i Dwunastu Apostołów. Powstały one sto lub więcej lat po Ewangeliach. Nazywa się je pseudoepigrafami, gdyż ich autorzy przybrali imiona apostołów, aby łatwiej dotrzeć ze swoim gnostyckim przesłaniem do chrześcijan, którzy nie akceptowali jako natchnione pism nie wywodzących się od apostołów.