Pod względem składu chemicznego ziarno pszenżyta odznacza się wieloma po-Pednimi cechami gatunków użytych do krzyżowania.
>
Zawartość białka w ziarnie pszenżyta jest cechą genetyczną odziedziczoną po pszenicy jako formie matecznej, mocno, jednak modyfikowaną zarówno warunkami siedliskowymi, jak i poziomem nawożenia azotem. Z tych względów jego zawartość w ziarnie nie jest stała, lecz może się wahać w przedziale od 8 do 20% suchej masy. Średnia zawartość białka w ziarnie zrejonizowanych odmian pszenżyta wynosi 12,5%, w ziarnie pszenicy - 13,0%, a w ziarnie żyta - 11,0%. Białko pszenżyta ma korzystniejszy skład aminokwasów egzogennych niż białko pszenicy, ale mniej korzystny niż białko żyta. W białku ogólnym, podobnie jak w białku pszenicy, przeważają frakcje prolamin i glutelin, wchodzące w skład białek glutenowych. Największa koncentracja związków białkowych występuje w zewnętrznych warstwach bielma i w warstwie aleuronowej, a więc nieco inaczej niż u pszenicy, gdzie białka zapasowe są rozmieszczone w bielmie dość równomiernie. Z tego powodu mąka pszenżytnia zawiera wyraźnie mniej białka niż pszenna, ponieważ w procesie przemiału ziarna duża jego ilość wraz z warstwą aleuronową i okrywą owocowo--nasienną przechodzi do otrąb. Mniejsza zawartość białka ogólnego w mące pszen-żytniej znacznie obniża ilość glutenu mokrego, a jego jakość jest wyraźnie gorsza niż w pszenicy, o czym świadczy niższy wskaźnik testu sedymentacyjnego. Z tych względów ziarno pszenżyta lepiej nadaje się na paszę niż do przemiału na mąkę i chleb.
Jednak podstawowym składnikiem dojrzałego ziarna pszenżyta są węglowodany, wśród których dominuje skrobia. Zawartość skrobi wykazuje dość duże wahania, od 49 do 78%, a jej średnia wartość wynosi około 65%.
W ziarnie pszenżyta zawartość błonnika wynosi 3-4% i jest wyższa niż w ziarnie pszenicy i żyta (2—3% s.m.). Ponadto w ziarnie występują pentozany rozpuszczalne i nierozpuszczalne w wodzie, które szczególnie u żyta wywierają duży wpływ na właściwości wypiekowe. Ilość pentozanów nierozpuszczalnych jest w mące pszenżytniej wyższa niż w pszennej, mniejsza jednak niż w żytniej. Natomiast zawartość pentozanów rozpuszczalnych (śluzów) w ziarnie i mące pszenżytniej jest bardziej zbliżona do ich zawartości w ziarnie pszenicy niż żyta.
Cechą charakterystyczną ziarna pszenżyta jest większa niż w innych zbożach chlebowych zawartość składników mineralnych. Jest to związane z grubością i pomarszczeniem okrywy nasiennej, w której te składniki występują w największych ilościach. Pszenżyto przewyższa pod względem popiołowości pszenicę i żyto. Znacznie się też różni od pszenicy pod względem zawartości lipidów i frakcji lipidowych. Pszenżyto jest zbożem uboższym w tłuszcze.
Mąka pszenżytnia ma mniejszą wartość wypiekową niż pszenna ze względu na dużą podatność skrobi na działanie temperatury w czasie wypieku, a tym samym na zdolność i szybkość jej kleikowania. Z ziarna o niższej zawartości białka otrzymuje