Zróżnicowany pod względem gatunkowym skład mikroflory osadu czynnego wskazuje na to, że jest to zespół bardzo złożony, ale jednocześnie tworzący pewną funkcjonalną całość. Dotyczy to zwłaszcza metabolizmu, gdyż przemiany zachodzące w osadzie czynnym są sumą reakcji katabolicznych i anabolicznych składających się na ostateczny efekt, jakim jest oczyszczanie ścieków. Bakterie wchodzące w skład osadu czynnego charakteryzują się różną aktywnością. Może się tak zdarzyć, że masa osadu czynnego będzie stosunkowo wysoka, lecz bakterie będą słabo aktywne i proces usuwania zanieczyszczeń będzie zachodził wolno. A więc otrzymanie osadu czynnego o wysokiej aktywności metabolicznej jest zadaniem bardzo ważnym, ale i bardzo trudnym. Okresem decydującym o wielu walorach osadu czynnego jest okres jego hodowli, w którym należy zapewnić dominację bakteriom przygotowanym pod względem enzymatycznym do rozkładu takich substratów, które znajdują się w danych ściekach. Szczególną uwagę należy poświęcić adaptacji osadu czynnego do oczyszczania ścieków przemysłowych, w których na ogół brak jest dostatecznej ilości związków biogennych, natomiast obecne są związki trudno podatne na biodegradację, a nawet toksyczne. Związki te jeśli nie wywierają zbyt ostrego działania bakteriobójczego, to przynajmniej oddziałują jako inhibitory enzymów i przez to obniżają bardzo wydatnie wynik oczyszczania. Ważna sprawą jest zapenienie odpowiednich warunków odżywczych. Brak substancji pokarmowych w ściekach przemysłowych uzupełnia się przez dodanie rpirdpowiednich proporcjach ścieków komunalnycji.
Adaptację enzymatyczną osadu czynnego, do pewnych specyficznych substratów przeprowadza się przez dozowanie do komory napowietrzania początkowo małych ich ilości, a następnie dawki te się zwiększa. W okresie adaptacji osadu czynnego zachodzi obok indukcji enzymatycznej również zjawisko selekcji bakterii, w czasie której ustępują zespoły i szczepy wrażliwe i enzymatycznie nieprzystosowane. W efekcie otrzymuje się osad czynny, który przy zapewnieniu odpowiednich parametów technologicznych jest w stanie oczyścić ścieki przemysłowe z niekorzystnych i toksycznych związków np. fenolu i jego pochodnych oraz detergentów czy Cyjanków.
Badania nad aktywn®!śią enzymatyczną wskazują, że adaptowany i właściwie hodowany osad czynny w trakcie oczyszczania sćfeków charakteryzuje się znacznymi wahaniami tej aktywności. Jest ona więc bardzo czułym wskaźnikiem zmian stanu fizjologicznego bakterii, który może być wykorzystany do kontroli w praktyce.