Tylko połowa z wymienionych schronisk w Polsce to samodzielnie funkcjonujące placówki. Pozostałe dziewięć schronisk dla nieletnich jest zlokalizowanych w tych samych budynkach co zakłady poprawcze i w takim przypadku te dwie placówki stanowią jedną organizacyjną całość (o czym świadczy np. jeden dyrektor). Nie jest to sytuacja korzystna z uwagi na możliwość kontaktowania się nieletnich o zróżnicowanym poziomie demoralizacji, co ma negatywny wpływ na nieletnich mniej zdemoralizowanych (najczęściej są to nieletni ze schroniska). Wychowankowie zakładu i schroniska uczęszczają do tej samej szkoły, w tych samych warsztatach uczą się zawodu, jedynie w internacie występuje podział na osobne grupy wychowawcze. Uregulowanie prawne dotyczące schronisk, z 1997 r., sformułowało postulat utworzenia osobnej sieci schronisk dla nieletnich, jednakże do tego czasu dopuszcza się umieszczanie w jednym obiekcie schroniska zwykłego i zakładu poprawczego (Kowalska-Ehrlich 1998, s. 14).
Kształcenie ogólne i zawodowe, zatrudnianie oraz zajęcia w czasie wolnym od nauki i pracy prowadzi się na terenie schroniska. Tylko w szczególnie uzasadnionych przypadkach kształcenie i zatrudnianie może odbywać się poza schroniskiem, za zgodą organu, do którego dyspozycji pozostaje nieletni.
Podstawą funkcjonowania schroniska w roku szkolnym jest arkusz organizacji pracy schroniska, który określa formy jego działalności. Arkusz organizacji pracy opracowuje dyrektor schroniska przy współpracy z nauczycielami zajmującymi stanowiska kierownicze w schronisku i przedkłada go wraz z opinią okręgowego zespołu nadzoru pedagogicznego i akceptacją prezesa sądu okręgowego do zatwierdzenia ministrowi sprawiedliwości. Wewnętrzny porządek funkcjonowania schroniska określa regulamin. Regulamin schroniska opracowuje dyrektor schroniska i przedstawia do zatwierdzenia prezesowi sądu okręgowego.
W skład schroniska wchodzi internat, szkoła, warsztaty szkolne oraz zespół diagnostyczny. Dla zapewnienia prawidłowej realizacji zadań schronisko powinno posiadać pomieszczenia mieszkalne oraz higieniczno-sanitarne, pomieszczenia do zajęć edukacyjnych (pracownie przedmiotowe) z zapleczem na środki dydaktyczne, salę gimnastyczną, bibliotekę z czytelnią, pomieszczenia warsztatowe odpowiednie do kierunków prowadzonego szkolenia zawodowego oraz szkolenia kursowego, gabinet lekarski i stomatologiczny oraz izbę chorych, gabinet psychologiczno--pedagogiczny, izby przejściowe, izby izolacyjne oraz tereny i urządzenia do zajęć rekreacyjnych i sportowych.
W schronisku zatrudnia się przede wszystkim pracowników pedagogicznych, w tym nauczycieli, wychowawców, psychologów, pedagogów, a także pracowników ekonomicznych, administracyjnych i obsługi oraz pracowników medycznych. Każdy pracownik schroniska jest zobowiązany do przestrzegania praw nieletnich i do - odpowiednio do zajmowanego stanowiska - brania udziału w ich resocjalizacji oraz bycia dla nich pozytywnym przykładem.
Organami schroniska są dyrektor i rada schroniska. Dyrektorem schroniska może zostać nauczyciel mianowany lub dyplomowany, posiadający wykształcenie wyższe pedagogiczne i 5 lat stażu pracy pedagogicznej, w tym 2 lata na stanowisku kierowniczym. Kandydat na dyrektora schroniska może być wyłoniony w drodze konkursu ogłoszonego przez prezesa sądu okręgowego. Na wniosek prezesa sądu okręgowego minister sprawiedliwości powierza nauczycielowi stanowisko dyrektora schroniska. Minister sprawiedliwości odwołuje nauczyciela ze stanowiska dyrektora schroniska w razie złożenia przez nauczyciela rezygnacji ze stanowiska lub stwierdzonych rażących zaniedbań w zakresie realizacji zadań schroniska.
Dyrektor schroniska kieruje, sprawuje nadzór pedagogiczny, zapewnia warunki niezbędne do realizacji zadań schroniska oraz ponosi odpowiedzialność za działalność schroniska. Dyrektor schroniska organizuje pracę w działach schroniska, dysponuje przyznanymi środkami finansowymi i odpowiada za ich prawidłowe wykorzystanie, wykonuje czynności wynikające ze stosunku pracy wobec pracowników schroniska, opracowuje zakres pracy i czynności służbowych pracowników, prowadzi dobór kandydatów na pracowników, uwzględniający kompetencje i umiejętność postępowania z nieletnimi oraz osobistą przydatność do pracy, a także reprezentuje schronisko na zewnątrz.
Realizując powyższe zadania, dyrektor schroniska powinien uwzględniać możliwość tworzenia w schronisku warunków indywidualnego oddziaływania na nieletnich, konieczność utrzymania bezpieczeństwa i porządku - w tym zabezpieczenia schroniska w sposób uniemożliwiający samowolne oddalenie się wychowanków ze schroniska lub ich uwolnienie przez osoby z zewnątrz oraz inne bezprawne działania - oraz konieczność zapewnienia wychowankom właściwych warunków bytowych, sanitarnych i zdrowotnych. m
Rada schroniska, jako organ kolegialny, współdziała z dyrektorem w wykonywaniu zadań schroniska i podnoszeniu jakości pracy schro ska. W skład rady schroniska wchodzą wszyscy pracownicy pedagogicz