0 sobie znać również poprzez reakcję ambasady rosyjskiej. Po trzech kolejnych przedstawieniach Krakowiaków zdjęto z afisza; Bogusławski zdołał jednak uniknąć aresztu (m.in. przez wyparcie się autorstwa na rzecz nieobecnego w kraju Niemcewicza). Nie jest bliżej znany repertuar teatru w następnych tygodniach, także ewentualna jego kontynuacja po wstrząsie wywołanym wybuchem insurekcji w dniu 17 kwietnia. Bogusławski podpisał akces do powstania, wziął udział w pracach Komisji Indagacyjnej przy badaniu korespondencji targowiczan w archiwum przejętym po ambasadorze Igelst-rómie, budynek teatru służył jako lazaret. Dopiero w ostatniej fazie powstania, uchwałą ogłoszoną 27 września, Rada Najwyższa Narodowa uznała „potrzebę otwarcia teatru publicznego [...] pragnąc duch narodowy mieć rozszerzonym
1 obywateli w ich nawet zabawach do dzieł patriotycznych zachęconych”. Przyznała też Bogusławskiemu na ten cel subwencję. Krótkotrwałe wznowienie przedstawień (wśród nich Krakowiacy z uaktualnionym tekstem) nastąpiło już między klęską pod Maciejowicami (10 października), a rzezią Pragi (4 listopada). Scena Narodowa „kilkunastu widowisk wystawieniem wskrzesiła na chwilę mdlejącą w ogromie nieszczęść odwagę” (DTN) — napisał Bogusławski o jej ostatnim epizodzie w niepodległej Rzeczypospolitej.
W przededniu zajęcia Warszawy przez wojska Suworowa opuścił stolicę, uwożąc bezcenny zbiór egzemplarzy teatralnych i udał się do Zdanowic, dokąd uprzednio wysłał paki z pozostałym teatralnym dobytkiem. Gdy wkrótce doszła go zachęcająca wiadomość od grupy warszawskich aktorów, którzy wraz z falą uciekinierów zatrzymali się we Lwowie, opuścił chwilowy azyl i już w styczniu 1795 rozpoczął tam występy sceny polskiej. Pokieruje nią do wiosny 1799. Miejscowy przedsiębiorca sceny niemieckiej i właściciel budynku teatru Henryk Bulla (poznał go Bogusławski w Warszawie, gdzie jego zespół grywał w latach 1792—1793) udzielił z początku życzliwej gościny rozbitkom. Wkrótce jednak zaczęły narastać nieuniknione kolizje interesów. Bulla miał poparcie austriackich władz, Bogusławski protekcję wpływowych Polaków, a zwłaszcza wzrastające powodzenie u publiczności; po wystawieniu w grudniu 1795 opery Axur zyskał entuzjastów także wśród Niemców. Pamiętnikarz Jan Duklan Ochocki zanotował, że polski teatr był przepełniony, a niemiecki pustoszał. Bogusławski mógł sobie pozwolić na stanowczość: „Znając przyzwoitą moję narodową dumę, nie spodziewano się (i słusznie), abym z moim towarzystwem pod innego przedsiębiorcy poddał się rozkazy” (DTN). W końcu wygrał — od wiosny 1796 został samodzielnym przedsiębiorcą, wydzierżawił budynek i objął zarząd obu zespołów.
Zyskawszy swobodę ruchów, mógł w pełni rozwinąć swoje inicjatywy i artystyczne zamysły. Rozpoczął od gruntownego remontu gmachu oraz budowy letniego „teatru w sposobie amfiteatrów rzymskich”, usytuowanego w parku-ogrodzie Jabłonowskich na przedmieściu halickim. Sprowadził z Warszawy znanych scenografów: Antoniego Smuglewicza (Axur. Krakowiacy) i Innocentę Maraino (Lanassa. Dowód wdzięczności. Henryk VI). Ten ostatni nadzorował obie lwowskie inwestycje budowlane Bogusławskiego.
122