Ryc. 5 - 19. Struktura protohcmu (pochodne tego związku występują w cytochromach oraz chlorofilu a). W hemie przenośnikiem elektronów jest atom żelaza. W chlorofilu funkcję tę pełni układ naprzemiennych wiązań pojedynczych i podwójnych, tzw. układ rezonansowy (oznaczony na rysunku „otoczką" z poprzecznie ustawionych kresek)
UKM iaite-!0(NAD|iM»
Mgjs
Mi
ar
Następstwem owej „wędrówki" pary elektronów jest nagromadzenie jonów dodatnich (H’> na zewnątrz Mony, zaś jonów ujemnych (OH ) w macierzy. Ta polaryzacja błony narasta i ustala się z czasem różnica potencjałów elektrycznych (sięgająca 140 milivoltów), jak i gradient jonów wodorowych. Różnica pH po obu stronach błony dochodzi do 1,5 jednostki pH (z tym, że w kompartmencie zewnętrznym nagromadzenie jonów wodorowych powoduje powstanie ładunku elektrycznego dodatniego i kwaśnego odczynu). Całość tych zjawisk Mitchell nazwałsiła protonowo-motoryeznn. Protony dążą do wyrównania stężeń, lecz jedyna możliwa droga przepływu wiedzie przez cząstkę enzymu ATP-azy; przepływając ptzez nią zużywają swą energię na połączenie ADP i fosforanu w cząsteczkę ATP. Przepływ pary protonów powoduje syntezę jednej cząsteczki ATP. A zatem trzy pary protonów, przemieszczane przez błonę w wyniku wędrówki jednej pary elektronów, umożliwiają syntezę trzech cząsteczek ATP. Innymi słowy: z jednej cząsteczki NADH+H' powstają Itzy cząsteczki ATP. Obliczono, że z jednej molekuły FADH, otrzymać można dwie cząsteczki ATP.
Podobnie przebiega fosforylacja oksydatywna w komórkach bakteryjnych (ryc. 5-20). U bakterii, np. pałeczki okrężnicy (Escherichia coli) w warunkach tlenowych strukturami wyspecjalizowanymi do fosforylacji są tzw. mezosomy. Są to pofałdowania błony komórkowej. Wędrówka elektronów poprzez mniej skomplikowany aniżeli w mitochondriach łańcuch oddechowy powoduje nagromadzenie jonów wodorowych na zewnątrz komórki, pomiędzy błoną a ścianą komórkową; powrót protonów poprzez cząsteczkę ATP-azy powoduje powstanie ATP.
Jak widać na ryc. 5-20, dwa atomy wodoru przedostające się z cząsteczki NADH+H’ na cząsteczkę FAD ulegają rozbiciu: protony przerzucone zostają na zewnątrz błony komórkowej, elektrony zaś wędrują z FAD na cząsteczkę białka siarkowożelazowego (oznaczonego na rycinie 5-20 skrótem FeS). Białko to (ang.: iron-sulfur protein) połączone jest z siatką przestrzenną /budowaną z atomów siarki i żelaza, w której następuje przesuwanie elektronów. W następnym etapie elektrony z białka FeS przechodzą na cząsteczkę ubichinonu. co powoduje pobranie przez len związek pary protonów z cytoplazmy (powstaje hydrochinon), a następnie ich odłączenie na zewnątrz błony komórkowej. Natomiast elektrony / hydrochinonu poprzez dwie cząstec/ki cyiochromu b i cząsteczkę cytochromu c są transportowane do cytoplazmy. Ich akceptorem (lak jak j w mnochondrium) jest tlen, w obecności protonów łączący się w molekułę wody. Opisany proces