WW niektórych komórkach błona plazmatyczna nie jest mocno naciągnięta i gładka, lecz pofałdowana w walcowate kształty, mikrokosmki. Na przykład komórki wyściełające jelito posiadają bardzo długie kosmki, których zadaniem jest wchłoniecie jak największej ilości składników odżywczych z trawionego pożywienia. W pewnych miejscach błona komórkowa jest zwinięta głęboko do wewnątrz komórki, tworząc tak zwaną siateczkę śródplazmatyczną. Wewnątrz błony znajduje się przeźroczysta cytoplazma, wypełniająca przestrzeń między organellami. Cytoplazma jest poprzecinana niezwykle złożona i zmienna siatką maleńkich rurek i nitek, zwanych mikrotubulami i mikrowłókienkami. Właśnie one nadają komórce określony kształt i strukturę. Rurki i włókienka utrzymują organelle we właściwych miejscach oraz tworzą kanały, wzdłuż których może przesuwać się zawartość komórki. Mikrotubule i mikrowłókienka odgrywają również istotna rolę w przesuwaniu się całej komórki. Niektóre rodzaje komórek jak białe krwinki, potrafią pełzać po całym organizmie jak ameby. Rolę napędu spełnia tu szybki proces, w którym mikrotubule gromadzą się w jednej części cytoplazmy, potem zostają przeniesione i gromadzą się w innej części, i tak dalej. Wszystkie procesy życiowe wymagają energii, dlatego jednym z najważniejszych organelli w komórce jest mitochondrium - źródło energii komórki.
Mitochondrium wykorzystuje różne ilości glukozy, innych cukrów, pewnych tłuszczów i innych bogatych w energie związków chemicznych, które docierają do komórki z przetrawionego pożywienia. Na powierzchniach pofałdowanej wyściółki wewnętrznej zostają zamienione w wysokoenergetyczne cząsteczki, które mogą być łatwo zmagazynowane przez komórkę i wykorzystane do przeprowadzenia większości procesów życiowych Te cząsteczki energetyczne to ATP - adenozyno trójfosforany. Każda komórka zużywa pewną ilość ATP w procesach pozwalających utrzymać życie, zdrowie i dobrą organizację. Jeśli jakaś komórka produkuje substancje, które zostaną wysłane na zewnątrz , albo zajmie się rozkładaniem potencjalnie szkodliwych produktów przemiany materii na bezpieczne związki, jej zapotrzebowanie energetyczne wzrasta. A im więcej energii zużywa komórka, tym więcej posiada mitochondriów. Duża komórka mięśniowa, która często zmienia kształt, zmniejszając swą długość podczas skurczu mięśnia, może mieć setki tysięcy mitocłiiondriów, co sekundę wykorzystujących miliony cząsteczek ATP.
Jedną z najważniejszych grup cząsteczek występujących w żywych organizmach są białka. Niektóre białka tworzą części strukturalne komórki, jak np.: we wspomnianych wcześniej wyspach błony komórkowej. Inne wchodzą w skład bardzo ważnej podgrupy związków chemicznych znajdujących się w komórkach - enzymów.
Enzymy to białka o szczególnym kształcie występujące w setkach różnych rodzajów. Każdy rodzaj enzymów kontroluje tempo przebiegu konkretnej reakcji chemicznej w komórce. Produkowanie wybranych enzymów w odpowiedniej ilości powala komórce na regulowanie przebiegu swoich wewnętrznych procesów. Zatem białka są zarówno narzędziami jakimi posługuje się komórka, jak i cegiełkami, z których są zbudowane jej główne struktury.
Białka są produkowane przez maleńkie kule znajdujące się w cytoplazmie zwane rybosomami. Czasami w cytoplazmie występują grupy rybosomów, polirybosomy. Bardzo często są usytuowane na jednej lub kilku tworach błony, siateczce śródcytoplazmatycznej. Same białka są zbudowane z ok. 20 rodzajów jeszcze mniejszych cegiełek, określanych nazwa aminokwasów. Rybososomy pobierają aminokwasy z cytoplazmy i łączą je ze sobą we właściwych kolejnościach, produkując różne rodzaje białek, przy wykorzystaniu energii pochodzącej z ATP. Znamy dwa rodzaje siateczki śródcytoplazmatycznej.. Jedna, wypełniona rybosomami, zwana siateczką środcytoplazmatyczną szorstką jest głównie fabryką białek . Drugi rodzaj nie zawiera rybosomów i nazywa się siateczka środcytoplazmatyczną gładką. Uważa się, że bierze raczej udział w produkcji kolejnej ważnej grupy, lipidów . Niektóre białka i lipidy są produkowane an użytek własny komórki. Inne są wytwarzane „na eksport” -zostają wysłane poza granice komórki. Na przykład pewne komórki w narządach trawiennych