Suwerenności tak rozumianej nie można jednak pojmować w sposób wyłączny i absolutny. Ponieważ wyłączało by to możliwość respektowania uniwersalnego porządku prawnego , którym to dla kościoła jest oczywiście prawo Boskie, pozytywne i naturalne.
Papież, który skupia w swoim ręku najwyższą władzę kościelną, władzę bezpośrednią związaną z obrzędem. Nikomu nie podlega, to Papież nie może zmienić prawa wewnętrznego kościoła w taki sposób który był by niezgodny z prawem Boskim czy to pozytywnym, czy naturalnym.
Zasada autonomiczności i niezależności nie znaczy absolutnej od niczego niezależnej, niczym nie ograniczonej suwerenności.
Zasad nie narzuca obowiązku współdziałania, ale rodzi potrzebę współdziałania. Owa zasad pod tym względem, różni się od proponowanej i dyskutowanej zasady rozdziału kościoła i państwa. Ponieważ gdy się coś rozdziela , to pierwsze nie ma potrzeby współdziałania. Owa zasada stwarza potrzebę owego współdziałania .
Rozumienie zasady odnosi się do respektowania przez obie strony [państwową i kościół katolicki], sposobu i formy działania, uznania nadrzędnej racji.
Konkordatowa zasada, koresponduje z zasadą separacji wspólnoty państwowej i wspólnoty kościelnej, {w ustawie o gwarancjach jest zapis że kościoły i inne związki wyznaniowe są niezależne i suwerenne w wykonywaniu swoich funkcji religijnych.}
Zasada autonomii i niezależności pojawia się oprócz Konkordatu w przepisach prawa państwowego: konstytucji art. 25 ust. 3, „ stosunki pomiędzy państwem a kościołami i związkami wyznaniowymi są kształtowane na zasadach poszanowania ich autonomii i wzajemnych niezależności każdego w swoim zakresie. W ustawie o gwarancjach wolności sumienia i wyznania art. 11, prawodawca , adresując do wszystkich związków wyznaniowych* a tylko lex specialis powoduje że tej ustawy się nie stosuje. Kościoły inne związki wyznaniowe są niezależne od państwa w wykonywaniu swoich fiuikcji religijnej.
Inną normatywną postacią tej zasady w cytowanej ustawie jest dział II, obejmuje on katalog uprawnień kościółków i innych związków wyznaniowych, które to są postacią normatywną owej zasady autonomii i niezależności, a tym samym są przejawem wyraźnie określonej prawami podmiotowymi wolności religijnej.
Prawo fundamentalne to prawo do określenia doktryny, określenie znaczeń, prawo do zmiany kształtowania, zniesienia obowiązującej doktryny religijnej, zasad wiary, dogmatu i liturgii. Wynika to z treści art., 19 pkt. 2 ustawy o gwarancji.
Prawo do rządzenia się własnym prawem, normami prawa wewnętrznego.
Prawo do publicznego wykonywania kultu, o ile w konstytucji każdemu zapewnia się prawo do wykonywania kultu, indywidualnie albo publicznie, to w ustawie o gwarancjach wolności sumienia i wyznania jak i we wszystkich regulacjach indywidualnych poza nie
2