Komisja Europejska, organ wspólnotowy, który reprezentuje interesy Wspólnoty. Obecnie liczy 25 komisarzy, mianowanych na 5 lat. Jako organ wspólny Wspólnot Europejskich (EWWiS, Euratom, EWG) powstała 1 lipca 1967, w wyniku traktatu fuzyjnego, do tej pory każda w wymienionych organizacji miała swoją komisję lub jej odpowiednik.
W realizacji przyznanych jej uprawnień posiada dużą samodzielność. Reprezentuje wspólnotowe interesy jako "strażniczka traktatów" i nie może uznawać instrukcji rządu jakiegokolwiek państwa członkowskiego, co łączy się z immunitetem sądowym związanym (w związku z pełnioną funkcją komisarz nie może zostać pociągnięty do odpowiedzialności karnej w swoim kraju). Komisja Europejska ma charakter ponadnarodowy. Ma monopol inicjatywy legislacyjnej w zakresie I filaru UE, jest wykonawcą wspólnotowych aktów prawnych, decyduje w sprawach określonych przez traktaty. Jest odpowiedzialna politycznie przed Parlamentem Europejskim, składa coroczne raporty generalne o działalności UE.
Duże znaczenie odgrywa przewodniczący. I tak np. W. Hallstein (1958-1968) ukształtował jej ponadnarodowy charakter, J. Delors (1985-1994) przyczynił się do zintensyfikowania prac nad tworzeniem Unii Europejskiej i jej rozszerzaniem na kolejne kraje. W latach 2000-2004 na czele Komisji Europejskiej stał R. Prodi (zatwierdzony w 1999), od listopada 2004 portugalski premier Jose Manuel Durao Barroso.
Komisja Europejska pełni cztery podstawowe funkcje:
przedkłada Parlamentowi i Radzie do zatwierdzenia wnioski legislacyjne,
zarządza i wdraża unijne polityki oraz budżet UE,
egzekwuje stosowanie prawa europejskiego - wspólnie z Trybunałem Sprawiedliwości,
reprezentuje Unię Europejską na arenie międzynarodowej, na przykład negocjując umowy między UE a innymi krajami
Najważniejszymi uprawnieniami Komisji są:
1) prawo do inicjatywy ustawodawczej, zgłaszania aktów prawnych - najważniejsze prawo Komisji, która posiada je jako jedyna w zakresie polityki Wspólnot;
2) kontrola nad stosowaniem prawa wspólnotowego przez państwa członkowskie lub określone przedsiębiorstwa. W wypadku, gdy dany podmiot nie stosuje danego aktu prawnego Komisja może wydać decyzję zmuszającą do stosowania prawa w określonym zakresie;
3) kompetencje wykonawcze - wydawanie aktów prawnych, zarządzanie funduszami (szczególnie funduszami strukturalnymi) oraz dbanie o wykonanie budżetu;
4) w zakresie stosunków zewnętrznych: Komisja reprezentuje Wspólnotę wobec państw trzecich lub organizacji międzynarodowych, uzyskawszy zgodę Rady Unii Europejskiej może również negocjować umowy z państwami bądź organizacjami międzynarodowymi.
Komisja - mimo, że jest egzekutywą UE, często mylnie nazywana jest rządem UE. W przeciwieństwie jednak do rządów państw Komisja funkcjonuje kolegialnie, tzn. decyzje podejmowane są przez komisarzy wspólnie, którzy wspólnie odpowiadają za nie przed Parlamentem. Samodzielnie, żaden z komisarzy nie ma żadnych prerogatyw decyzyjnych. Inną różnicą wobec rządów państw jest pozycja Przewodniczącego, który jest tylko "Primus inter Pares" (pierwszy pośród równych), co oznacza, że podczas głosowań w Komisji jego głos liczy się tak samo jak głos innych komisarzy. Poszczególni członkowie Komisji mogą być odwoływani przez rządy państw, które ich wyznaczyły bądź przez Trybunał Sprawiedliwości, jednak kolegialność jej działania powoduje, że przy każdej innej sytuacji votum nieufności w stosunku do jednego komisarza jest jednocześnie votum nieufności w stosunku do całej Komisji. Komisja zbiera się przynajmniej raz w tygodniu. W związku z częstymi zmianami liczby komisarzy zmienia się również jej wewnętrzna struktura. Pod względem administracyjnym składa się z 23 dyrekcji generalnych (te z kolei z dyrekcji, a następnie z wydziałów, których zwykle jest kilka: trzy, cztery), które można by porównać z ministerstwami (np. nauka, badania i rozwój, polityka regionalna czy rolnictwo; wcześniej miały one kolejne numery, np. DG I - stosunki zewnętrzne, DG IV - konkurencja itd.) oraz wyspecjalizowanych służb, jak np. Służba Prawna, Służba Rzeczników, Biuro Publikacji Oficjalnych Wspólnot Europejskich czy biuro statystyczne Eurostat. Bardzo istotną rolę pełni także Sekretariat Generalny, którego zadaniem jest przede wszystkim koordynacja prac wszystkich dyrekcji generalnych.
Komisja odgrywa doniosłą rolę w procesji negocjacji akcesyjnych. Dokonała bowiem podziału na tzw. obszary negocjacyjne, reprezentuje Unię w trakcie screeningu, a także publikuje coroczne raporty na temat postępów państw kandydackich w zakresie dostosowań do prawodawstwa wspólnotowego.