EGZAMIN
INŻYNIERIA GENETYCZNA 30.01.2015r.
Otwarte : 1.gen reporterowy :definicja przyklady ( 3) zastosowanie 2. definicja klonowania molekularnego 3.co to jest wektor DNA. wyjasnic termin wektory wahadlowe 4. trankryptomy : do jakich technik sie je uzywa, zastosowanie. 5. enzymy II : wymienic zalety i dlaczego sie je najczesciej wykorzystuje w in vitro i ogolnie w inzynierii genetycznej. 6. wymienic znane strategie porownac je i wypisac wady i zalety 7. opisac zasade dzialania sekwencjonowania wg Sangera. 8. przeprowadzic doswiadczenie majac sklonowany wektor plazmidowy i znana sekwencje
Otwarte: 1. Enzymy restrykcyjne- dlaczego są najchętniej stosowane? 2. "Rekombinowane białko"-wyjaśnij co oznacza i zaproponuj metodę eksperymentu 3. Wektory eukariotyczne do badania komórek zwierzęcych i ludzkich. 4. Co to jest znakowanie, jakie są metody znakowania i zastosowanie oznaczonych cząsteczek 5. Opisz metodę Sangera 6. Podaj metody interpretujące zależność DNA-białko 7. Co to jest transkryptom? Podaj przynajmniej 3 metody (tego dokładnie nie pamiętam) 8. Podaj metody sekwencjonowania całych genomów wraz z porównaniem, wadami i zaletami.
Zamkniętych było 47. Elektroforeza poliakrylamidowa- do czego stosowana, zalety elektroforezy poliakrylamidowej w stosunku do agarozowej, elektrotransformacja- co to jest i czym się cechuje ,asymetryczny PCR, wektor YAC, wektor BAC, jakich wektorów stosuje się przy rozmiarze 1kpz, co to jest alfa-komplementacja, gen reporterowy- do czego służy, wektory będące pochodnymi bakteriofagów, wektory retrowirusowe, termostabilna polimeraza DNA w PCR, odwrotna transkryptaza- zastosowanie, wprowadzenie DNA do roślin- zaznaczyć nazwę tego procesu, hybrydyzacja typu Sothern, hybrydyzacja typu Northern, hybrydyzacja typu Western, rekombinacja DNA in vitro, przyłączanie starterów w reakcji PCR, Real-Time PCR, Biblioteki genomowe- co to jest, Strategia hierarchiczna- co to jest?, metoda Shot gun, wspólne cechy strategii hierarchicznej, shot gun i NCS, metoda Odcisku Palca Wędrujące startery (mniej/więcej taki termin), EST- co to jest?, Cykliczne/automatyczne sekwencjonowanie, zwierzę z knockoutem genowym- jak powstaje?, struktura Cre/LoxP, Interferencja RNA,system dwuhybrydowy, macierze DNA, macierze peptydowe.
Grupa I: Do rozdziału ssDNA i RNA używamy - elektroforezy w warunkach deneturujących Elektroforeza pulsacyjna: rozdziela fragmenty od od ~50 kb do 1 Mpz Najskuteczniejsza metoda wprowadzana DNA do komorek bakteryjnych: zaznaczyłam elektroporacje Implantacja mysich zarodkow zrekombinowanym DNA: wszystkie opcji poza transfekcji zarodka (znaczy to tez jest dobra opcja, ale był to dopisek ze to najlepsza metoda a to nieprawda, więc chyba nie trzeba było tego zaznaczac) Wektor powinien mieć: MCS (chociaz tej opcji nie jestem pewna, bo było tam cos o unikalnosci miejsc klonowania a one są chyba uniwersalne) i co najmniej dwa markery Jakie enzymy stosowane w inzynierii są z wirusow: sekwenaza i ligaza Jakiego enzymu uzyjesz do produkcji DNA na matrycy RNA: enzymu z HIV Jaka ceche ma mieć polimeraza do sekwencjonowania: wysoka procesywnosc Najskuteczniejsza metoda wprowadzania DNA do komorek roslinnych: biobalistyka? Cos o wektorach ekspresyjnych: pamietam ze trzeba było zaznaczyc opcje o silnym promotorze i chyba jakas jeszcze Prawdziwe zdania o PCR (nie pamietam jakie, chyba ze produkt rosnie wykladniczo i ze czas elongacji zalezy od dlugosci produktu? ale nie mam pojecia) Znakowanie sond metoda przeusniecia pekniec: stosujemy DNAze i polimeraze pierwsza, sonda wyznakowana w calej dlugosci Wedrowki po chromosomie: wykorzystuja hybrydyzacje southern i jeszcze jakas opcja Hybrydyzacja northerna, nie pamietam odpowiedzi Jakie warunki trzeba spelnic zeby uzywac EST do sekwencjonowania: mieć biblioteke cDNA Do porownania poziomu ekspresji genu pomiedzy dwiema komorkami uzyjesz; mikromacierzy cDNA Do wyciszania potranskrypcyjnego wykorzystujemy: specyficznego aRNA o znanej sekwencji komplementarnej do docelowego genu Aby zbadać funkcje określonego genu mozemy uzyc: wyciszania potranskrypcyjnego, mutacji, nadekspresji metody selekcji klonow zrekombinowanych: poprzez gen letalny i alfa-komplementacje (nie pamietam jak dokladnie były sformulowane te odpowiedzi) cechy enzymow drugiej klasy które czynia je użytecznymi: metylacja i restrykcja oddzielone od siebie, ciecie w specyficznej sekwencji co posiada część eukariotyczna YAC: centromery, telomery i ARS (nie zaznaczac opcji o markerach selekcyjnych, bo była tam Ampr, ale moglo mi się cos pochrzanic) Do czego można uzyc macierzy peptydowych Do czego wykorzustujemy elektroforeze w warunkach niedenturujacych: rozdzial dsDNA, EMSA Prawidlowe zdania o kosmidach: posiadają sekwencje cos faga lambda, wykorzystywane do budowy bibliotek genomowych