Agar MacConkeya - wykorzystywane w mikrobiologii podłoże służące do hodowli bakterii Gram-ujemnych. Zawiera sole kwasów żółciowych, fiolet krystaliczny (hamuje wzrost bakterii Gram-dodatnich), neutralną czerwień (barwi drobnoustroje fermentujące laktozę), laktozę i peptony. Podłoże zostało wynalezione przez Alfreda Theodore'a MacConkeya podczas jego pracy jako bakteriologa w Royal Commission on Sewage Disposal.
Agar MacConkeya różnicuje bakterie Gram-ujemne na fermentujące (Lac+) i niefermentujące laktozę (Lac-). Te drobnoustroje, które posiadają zdolność fermentacji laktozy zawartej w agarze (np. Escherichia coli, Klebsiella) zakwaszają podłoże do pH < 6,8. Prowadzi to do powstania czerwonych/różowych kolonii. Bakterie Lac- takie jak Salmonella czy Shigella zużywają peptony. Wytworzony podczas reakcji amoniak podwyższa pH podłoża - powstają białe/bezbarwne kolonie.
Poprzez selekcjonowanie bakterii Gram-ujemnych i różnicowanie pomiędzy patogenami jelitowymi, takimi jak Escherichia coli i Salmonella, agar MacConkeya jest wykorzystywany do diagnostyki przyczyn biegunki.
Wariant podłoża, agar MacConkeya z sorbitolem, umożliwia izolację i różnicowanie enteropatogennych serotypów E. coli.
Agar SS (agar Salmonella-Shigella) - jest to wykorzystywana w mikrobiologii pożywka typu wybiórczo-różnicującego. Wykorzystuje się ją do hodowli bakterii (np. w celu ustalenia lekooporności) grup Salmonella i Shigella z próbek kału. Ponieważ kał zawiera wiele bakterii z różnych rodzin, ważna jest tutaj wybiórczość wzrostu.
Pożywka poza czynnikami wzrostu (agar, bulion mięsny, pepton) posiada składniki różnicujące - chlorek sodowy, tiosiarczan i cytrynian sodowy oraz barwniki (czerwień obojętna, zieleń brylantowa). Innymi składnikami jest laktoza i dezoksychloran sodu.
Poza Salmonellą i Shigellą z biomateriału można wyhodować jeszcze:
Arizona - wytrącają dezoksychloran, żółte kolonie posiadają czarny środek
Citobacter - jw., ponadto wzrost w pierwszej dobie jest ograniczony.
Inne bakterie jelitowe (np. Pałeczka okrężnicy) wzrastają w bardzo ograniczonym zakresie, lub wcale.
Czasami przed położeniem na podłoże wybiórcze próbkę posiewa się na podłoże namnażające, w celu szybkiego wzrostu ilości bakterii.
Agar czekoladowy - wykorzystywana w mikrobiologii pożywka specjalna, na której mogą wyrosnąć prawie wszystkie szczepy bakterii. Pożywkę przygotowuje się poprzez stopniowe podgrzewanie agaru z krwią baranią w autoklawie; po pewnym czasie pojawia się jednolite zabarwienie, oznaczające hemolizę krwinek czerwonych.
Zaletą agaru czekoladowego jest to, że umożliwia wzrost wybrednym bakteriom takim jak Haemophilus i Naisseria, które nie rosną na żadnej innej pożywce[1]. Gatunki te nie wytwarzają hemolizyn które niszczą erytrocyty, a równocześnie potrzebują do wzrostu czynników (NAD, hemina) zawartych w środku tych komórek. Dlatego dopiero po ich uszkodzeniu poprzez ogrzewanie jest możliwy wzrost drobnoustroju.
Wadą pożywki jest to, że wyrastają na nich wszystkie możliwe bakterie pobrane w biomateriale; dlatego posiew np. z kału jest niemożliwy. Nie jest możliwa również ocena strefy hemolizy wokół kolonii (w przeciwieństwie do agaru z krwią). Z tych przyczyn, jeśli jest to możliwe, wykorzystuje się inne podłoża, na których może wyrosnąć tylko jeden gatunek bakterii.
Pożywka (podłoże) LB (z ang. Lysogeny Broth, dosł. Bulion Lizogenny[1]), szerzej znana pod niepoprawną nazwą jako Luria-Bertani Broth (Pożywka Luria-Bertani) lub Luria Broth (Pożywka Luria) - kompletna, bogata pożywka do mikrobiologicznej hodowli bakterii.
Pożywka znana od lat 50. XX wieku i od tego czasu powszechnie używana jako standardowa pożywka do hodowli laboratoryjnej i przemysłowej bakterii.
Obecnie można wyróżnić kilka różnych odmian tej pożywki. Jakkolwiek różnią się one tylko szczegółami i wszystkie zawierają wspólne główne składniki. Klasyczna pożywka LB zawiera rozpuszczone w wodzie bidestylowanej: ekstrakt (lizat) z drożdży, trypton i NaCl. Może być także stosowana jako podłoże stałe po dodaniu czynnika żelującego (zwykle agaroza). Pożywka taka zawiera wszystkie niezbędne do wzrostu aminokwasy, czyli źródło azotu (z tryptonu i lizatu), a także witaminy i mikroelementy (z lizatu drożdżowego). Sól zapewnia odpowiednią osmotyczność środowiska i jony sodu niezbędne do transportu błonowego. Jako pożywka standardowa nie może być stosowana jako podłoże selekcyjne. Jakkolwiek po dodaniu czynnika selekcjonującego, np. antybiotyku (np. ampicyliny) nadaje się do selekcji na podstawie oporności.
Pożywkę sterylizuje się przez autoklawowanie w 121°C. Gotowa pożywka ma żółtawo-słomkową barwę i jest przezroczysta.
0,5% (w/o) ekstrakt drożdżowy
1% (w/o) trypton
1% (w/o) NaCl
w wodzie bidestylowanej
0,5% (w/o) ekstrakt drożdżowy
1% (w/o) trypton
1% (w/o) NaCl
w wodzie bidestylowanej
1,5% (w/o) agaroza
w wodzie bidestylowanej
Poszczególne odmiany LB różnią się zawartością chlorku sodu, pozwalając w ten sposób na dobranie odpowiednich warunków osmotycznych dla danych bakterii.
By osiągnąć odpowiednie, lekko zasadowe pH pomiędzy 7,5 a 8, dodaje się do pożywki wodorotlenek sodu. Jednak taka pożywka nie jest buforowana i pH będzie się zmieniać podczas wzrostu bakterii i wydzielania przez nie do środowiska produktów przemiany materii. By zapewnić buforowanie w takiej sytuacji, pH reguluje się poprzez dodanie buforu Tris, jednak zazwyczaj stosowanie buforowanej pożywki nie jest konieczne.
Pożywka LB jest najszerzej znana pod niewłaściwymi nazwami, które są stosowane nawet w oficjalnych publikacjach:
Pożywka (bulion) Luria-Bertani (najczęściej stosowana)
Pożywka (bulion) Lurii
Pożywka (bulion) Lennoxa
Faktycznie pierwsza receptura pożywki została wymyślona i opublikowana w 1951 przez Giuseppe Bertani[5], jednak przez następne lata oryginalna nazwa została zapomniana, a sama pożywka na podstawie tylko skrótu zaczęła być nazywana inaczej. Giuseppe Bertani tłumaczy w dopisku do swojej późniejszej publikacji:
Podłoże Löwensteina-Jensena, zwane czasem podłożem Löwensteina lub LJ - jest to pożywka używana do trudnej hodowli prątków.
Podłoże składa się zazwyczaj[1] z wody destylowanej, mąki ziemniaczanej, L-asparaginy (źródło azotu), glicerolu (źródło węgla) oraz roztworu soli - siarczanu magnezu, cytrynianu magnezowego i fosforanu jednopotasowego. Następnie w sposób możliwie jałowy, po umyciu wodą i przetrzymaniu w alkoholu, do roztworu dawana jest masa jajowa. Ostatnim składnikiem jest zieleń malachitowa - większość drobnoustrojów ginie w obecności tego związku, natomiast prątki są oporne i wzrastają w jego obecności.
Po przygotowaniu, pożywkę należy wyjałowić. Zachowuje ona swoje właściwości przez około cztery tygodnie[2].
Na tych pożywkach, poza standardowymi składnikami dodawany jest jeszcze jeden związek:
Cytrynian żelazowo - amonowy. Gatunki M.phlei, M.Smegmae, M.fortuitum odbarwiają pożywkę na brązowo.
Błękit toluidynowy - ludzkie i bydlęce prątki nie wzrastają, pozostałe gatunki tak.
Pożywka Chapmana - jest to pożywka typu wybiórczo-różnicującego stosowana do hodowli gronkowców. Wykorzystuje się w niej fakt, że stafylokoki są w stanie rosnąć przy wysokim stężeniu chlorku sodu, w przeciwieństwie do większości pozostałych bakterii. S. aureus i S. saprophyticus fermentują mannitol, natomiast S. epidermidis nie (element różnicujący pożywki)[1].
Poza czynnikami wzrostu (bulion, pepton) agar zawiera również NaCl (zazwyczaj w stężeniu 7,5%) oraz mannitol.
Pożywka Clauberga - jest to wybiórcza pożywka używana w mikrobiologii do hodowli maczugowca błonicy. Zawiera ona agar, pepton, NaCl oraz składnik specjalny, tellurek potasu. Rosnące kolonie przyjmują zabarwienie czarne lub szaroczarne.
Pożywka Sabourauda - jest to pożywka używana w mikrobiologii do hodowli grzybów. Składnikiem jest agar, woda destylowana, czynniki potrzebne do wzrostu (glukoza, pepton) oraz antybiotyki. Te ostatnie - najczęściej penicylina lub streptomycyna - służą do zahamowania wzrostu bakterii, podobnie jak kwaśne pH[1]. Przed posianiem drobnoustrojów podłoże musi być wyjałowione w autoklawie.
Pożywka z tioglikolanem sodu - płynne podłoże używane w mikrobiologii do hodowli bakterii beztlenowych, zwłaszcza przetrwalnikujących z grupy Clostridium[1].
Pożywka składa się z wody destylowanej, agaru, wyciągu z drożdży, cystyny i hydrolizatu kazeiny. Tioglikolan sodu odpowiada za obniżenie potencjału redox i umożliwia przeżycie beztlenowcom, natomiast rezazuryna (świeża) pozwala na ocenę tego potencjału[1]. pH podłoża wynosi 7,1. Konieczne jest przechowywanie w ciemnym miejscu.
Pożywka SOC (z ang. Super Optimal Catabolite repression[1], dosł. SuperOptymalna represja Kataboliczna[2]) - kompletna, bogata pożywka do mikrobiologicznej hodowli bakterii, w szczególności do efektywnej hodowli bakterii E. coli poddanych transformacji plazmidowej - do lepszego podtrzymania ich po tym procesie, co wpływa dodatnio na jego efektywność[3].
Po raz pierwszy zbadana i opisana w 1983 w pracy D. Hanahana, podczas jego studiów nad transformacją bakterii plazmidami[4].
Pożywka SOB (z ang. Super Optimal Broth[1], Pożywka (Bulion) SuperOptymalny), także jest używana w celu lepszego podtrzymania kultur bakteryjnych po transformacji, jest pierwotną wersją pożywki SOC. Pożywka SOC jednak, w przeciwieństwie do SOB, zawiera dodatkowo glukozę, która jest katabolicznym represorem plazdmiów z promotorem laktozowym - używanych w transformacjach bakterii.
Pożywki SOC i SOB zawierają rozpuszczone w wodzie bidestylowanej: ekstrakt (lizat) z drożdży, trypton oraz NaCl i KCl. Pożywki takie zawierają w ten sposób wszystkie niezbędne do wzrostu aminokwasy, czyli źródło azotu (z tryptonu i lizatu), a także witaminy i mikroelementy (z lizatu drożdżowego). Sól (NaCl) zapewnia odpowiednią osmotyczność środowiska i jony sodu niezbędne do transportu błonowego, a jony potasowe z KCl pomagają szybko przywrócić równowagę osmotyczną oraz zależne od niej procesy oparte na tym jonie, zwykle mocno wytrącone z równowagi w procesie transformacji. Gotowe pożywki mają żółtawo-słomkową barwę i są przezroczyste.
2% (w/o) trypton
0,5% (w/o) ekstrakt drożdżowy
0,05% (w/o) NaCl
2,5 mM KCl
20 mM sterylnej glukozy
w wodzie bidestylowanej
Pożywkę SOC sterylizuje się przed dodaniem glukozy, żeby uniknąć ich rozkładu podczas ogrzewania z aminokwasami (lub peptydami) na drodze reakcji Maillarda.
2% (w/o) trypton
0,5% (w/o) ekstrakt drożdżowy
0,05% (w/o) NaCl
2,5 mM KCl
w wodzie bidestylowanej
By osiągnąć odpowiednie, lekko zasadowe pH pomiędzy 7,5, a 8, dodaje się do pożywki SOC i SOB wodorotlenek sodu.
YPD, pożywka (podłoże) YPD (z ang. Yeast extract Peptone Dextrose, Ekstrakt drożdżowy Pepton Dekstroza), także YEPD - kompletna pożywka do mikrobiologicznej hodowli drożdży [1]. Zawiera rozpuszczone w wodzie bidestylowanej: ekstrakt (lizat) z drożdży, pepton, glukozę (czyli dekstrozę). Może być także stosowana jako podłoże stałe po dodaniu czynnika żelującego (zwykle agar-agar). Pożywka taka zawiera wszystkie niezbędne do wzrostu aminokwasy, czyli źródło azotu (z peptonu i lizatu), a także witaminy i mikroelementy (z lizatu drożdżowego). Źródłem węgla jest glukoza. Jako pożywka kompletna nie może być stosowana jako podłoże selekcyjne dla auksotrofów. Jakkolwiek po dodaniu czynnika selekcjonującego, np. antybiotyku (w badaniach z użyciem drożdży zazwyczaj kanamycyna G418) nadaje się do selekcji na podstawie oporności [2].
Pożywkę sterylizuje się przed dodaniem glukozy/dekstrozy, żeby uniknąć ich rozkładu podczas ogrzewania z aminokwasami (lub peptydami) na drodze reakcji Maillarda. Gotowa pożywka ma bursztynowo-herbacianą barwę i jest przezroczysta.
1% (w/o) ekstrakt drożdżowy
2% (w/o) pepton
2% (w/o) glukoza (dekstroza)
w wodzie bidestylowanej
1% (w/o) ekstrakt drożdżowy
2% (w/o) pepton
2% (w/o) glukoza (dekstroza)
2% (w/o) agar-agar
w wodzie bidestylowanej