Zapewne ciąg dalszy tych cudownych rozważań z zeszłego tygodnia
Inhibitory replikacji:
Chinolony (kwasy: pipemidowy, oksolinowy, nalidyksowy) |
wpływają na cięcie i łączenie DNA przez gyrazę |
Fluorochinony (ciprofloksacyna - słynna w zwalczaniu wąglika) |
wpływają na cięcie i łączenie DNA przez gyrazę |
Antybiotyki cytostatyczne (mitomycyna, antracykliny, aktynomycyna D) |
dzialaja alkailująco(mitomycyna) i tworzą kompleks stabilny z DNA (reszta) |
Inne (nowobiotyna, afidokolina) |
zapobiega wiązaniu ATP do gyrazy(nowobiotyna) i hamują polimerazę (afidokolina) |
co to jest mechanizm mis-match?
naprawa DNA np.; wstawienie C naprzeciw A a nie T-A, lub zrobienie pętli(niesparowane). Bardzo niebezpieczna, może prowadzić do nowotworów. U Coli jest to naprawiane przez MUT c MUT h i k i inne białka replikacji (polimerazy i inne)
U ludzi tez mamy podobne białka. Błędna naprawa niesparowanych zasad ma związek z powstaniem dziedzicznego raka jelita grubego na tle dziedziczenia, nie polipowatości.
hMSH2 jego błędne powstanie powoduje tego raka w 50-60%. W normalnych stanach naprawia błędy typu mis-match. Inne to hMLH1
Nic, która jest matryca jest zmetylowana. Enzymy poruszają się po matrycy, bo ją widzą i sprawdzają czy są błędy. Jak są to wycięcie GATC (4 nukleotydy) przez egzonukleazę, uszkodzenie naprawiane przez polimerazę i spojenie przez ligazę.
Kompleks polimerazy mamy beta, beta prim, alfa i 2 jony Zn i jeszcze podjednostka omega(niektóre opracowania). Podłączenie podjednostki Sigma warunkuje wiązanie i promotorem konkretnej nici.
Podjednostka beta tworzy wiązania fosfodiestrowe w syntezie nici, alfa łączy wszystko razem.
Promotor u bakterii:
Region transkrybowany zaznaczony znakiem plus +, na lewo od tego ma -.promotor ma -, mamy 4 skręty cząsteczki DNA, ok. 40 zasad, -35 jest sekwencja decyduje o sile promotora, -10 sekwencja TATAAT, silne wiązania, tworzenie banki replikacyjnej. Na końcu nici sygnał terminacyjny.
Sygnał terminacji: dwa bloki, lustrzane odbicia na obu niciach, będą wtedy komplementarne zasady i się nici połączą (spinka), na końcu jeszcze AAAAAAAA wiązania podwójne z druga nicią - ułatwia to oddysocjowanie nici (nie zawsze są) - łańcuch poliurydynowy.
U bakterii terminacja transkrypcji łączy się z translacja. Do tego czynnik białkowy (RHO), który ułatwia zatrzymanie transkrypcji.
Jak wygląda transkrypcja?
U Prokaryota:
inicjacja - związanie z promotorem holoenzymu polimerazy (z jednostka sigma - dzięki temu swoista dla tego holoenzymu), różne fosforany rybonukleozydów - rozwiniecie nici, syntezowanie krótkiego (9 nukleotydów) komplementarnego pasma, rozpoczęcie elongacji
elongacja - sigma oddysocjowuje i kompleks polimerazy RNA rozkręca nici (bańka replikacyjna), syntezowanie standard , polimeraza trafia na sekwencję terminacyjną, tworzy się transkrypt (spinka - II rzędowa struktura), oddysocjowanie nici od regionu polimerazy.
terminacja - białko RHO wspomaga zakończenie transkrypcji
aktynomycyna D wiąże się z oboma nićmi RNA - hamuje transkrypcje
Rymfampicyna - hamuje podjednostkę beta w polimerazie
Podjednostka beta prim jest hamowana przez heparynę (siarka z niej)
Teraz u eukaryota:
Na poziomie molekularnym dość podobna, ale...
Transkrypcja zachodzi w jądrze kom.
Zanim się przyłączy polimeraza do promotora to musi być on przygotowany do łączenia, dołączenie wcześniej innych białek (czynników transkrypcyjnych).
Mamy 3 klasy genów i trzy klasy polimeraz do nich:
klasa, produkt rRNA w jąderku 18s, 28s, 5,8s (geny transkrybowane przez polimerazę klasy I - niewrażliwa na alfa-amanityne)
klasa, w jądrze, produkt to mRNA, polimeraza klasy II, wrażliwa na małe stęż. alfa-amanityny
klasa, w jądrze, polimeraza RNA klasy III, wrażliwa na duże stęż alfa-amanityny, produkt: tRNA, i 5S z rRNA
transkrypcja genów klasy I:
główny region promotorowy blisko +1, do niego 1. czynnik transkrypcji UBF, potem SL1, to warunkuje przyłączenie się polimerazy klasy I. Transkrypt pierwotny (45S) ulega dojrzewaniu, i odcinanie konkretnych jednostek (18S itd.)
transkrypcja genów klasy II:
sekwencja promotora rozpoznawana przez polimerazę RNA II: CAAT box (decydująca o sile promotora) - 40 par zasad TATA(hogness) box - 25 - 400 (nawet 1000) par zasad i start transkrypcji. Jest to dość ogólny schemat, jest bardzo dużo promotorów, różnią się bardzo miedzy sobą, np.: nie maja TATA box, oddzielenie od TATA do startu jest ponad 1000 p.z., są również wzmacniacze i wyciszacze - w odległościach kilku tys. p.z. od promotora.
Rozpoczęcie: wiązanie z TATA TFIID (kilka podjednostek) - ugięcie cząsteczki DNA, potem dołącza się TIIB i TIIA, dołącza się polimeraza. Pierwotnym transkryptem jest heterogenny jądrowy RNA (hnRNA), musi dojrzewać do mRNA, najpierw dołączenie CAPu, potem dodanie do 3' łańcucha poliadynylowego - poli-A (200-250 reszt adenylowych)chroni cząsteczkę przed działaniem egzonukleaz i bierze udział w translacji, potem splicing - usuniecie intronów i połączenie egzonów.
Synteza CAPu, guaninylo-transferaza przyłącza CAP, chroni przed działaniem 5'egzonukleaz,
Splicing - usuwanie intronów i łączenie egzonów. Miejsce splicingu 5' - swoista sekwencja UGG miejsce 3'- swoista sekwencja AGG miejsce rozgałęzienia - wewn intronów przy A
Proces rozpoczyna się od przyłączenia małocząsteczkowych RNA, U1 do m.s.5', U2 do miejsca rozgałęzienia, dołączanie U4,U5,U6, tworzą strukturę splicesomu, dzięki temu zbliżenie UGG do AGG i wytworzenie wiązania fosfodiestrowego (połączenie egzonów) tworzy się lasso i odłączanie lassa
Transkrypcja genów klasy III:
Geny są swoiste pod względem promotorów, wyjątek, bo sekwencje regulatorowe wewn genu (promotor +) sekwencja regulatorowa odpowiada swoistym ramieniom tRNA, TFIIIC pomaga podłączenie TFIIIB, on łączy się blisko promotora, warunkuje dobre połączenie polimerazy RNA klasy III, która rozpoczyna transkrypcje. Transkrypt pierwotny zawiera kilka cząsteczek tRNA, wytrawianie przez endonukleazę, intro ulega wycięciu, wycina się tez koniec 5' i przyłączenie CCA do końca 3'.
Translacja:
mRNA niesie info o syntezie białka.
U Prokaryota często transkrypcji towarzyszy od razu translacja, nie dochodzi do modyfikacji postranlacyjnych
U Eukaryota translacja zachodzi w RER, głownie geny klasy II, często białko po translacji ulęgają przekształceniu - modyfikacje posttranslacyjne (dla białek na export). Białka na zewnątrz są syntetyzowane w RER, te wewn kom w rybosomach.
Warunki: musza się spotkać 3 składniki: mRNA(sekwencja), rybosom(tworzenie wiązań peptydowych), czast tRNA (adaptuje reszty aminokwasów do translacji).
Kodony terminacji: UAA, UAG, UGA, również są to kody nonsensowne.
made by witek coś źle? witekto@wp.pl