Komputerowa analiza sekwencji
biorących udział w oddziaływaniu białko/DNA
Uruchom komputer i zaloguj się.
Login: student1
Hasło: student1
Otwórz stronę: http://arapaho.nsuok.edu/~biology/Tutorials/DNAbinding.htm
Zapoznaj się ze strukturą domen wiążących DNA.
Otwórz stronę: http://www.expasy.org/tools/#proteome, a następnie wybierz narzędzie ScanProsite.
Przejdź do strony z otwartym narzędziem ScanProsite, a następnie do pola tekstowego, po lewej stronie okna, wklej skopiowaną sekwencję. Naciśnij przycisk START THE SCAN.
Przeanalizuj otrzymany wynik. Jaka domena odpowiedzialna jest za oddziaływanie represora laktozowego z cząsteczką DNA?
Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie czynnika transkrypcyjnego TFIIIA z cząsteczką DNA?
Otwórz stronę: http://www.ebi.ac.uk/Tools/ppsearch/index.html.
Pod polem tekstowym kliknij przycisk Przeglądaj, a następnie wybierz lokalizację pliku TFIIIA.txt. Powyżej pola tekstowego wybierz YES dla opcji View results using a java viewer. Naciśnij przycisk Run.
Przeanalizuj otrzymany wynik. Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie czynnika transkrypcyjnego TFIIIA z cząsteczką DNA?
Przeanalizuj otrzymany wynik. Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie białka regulatorowego operonu arabinozowego AraC z cząsteczką DNA?
Otwórz stronę:
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_proscan.html a następnie do pola tekstowego wklej skopiowaną sekwencję i naciśnij przycisk SUBMIT.
Przeanalizuj otrzymany wynik. Jaka domena odpowiedzialna jest za wiązanie białka regulatorowego operonu laktozowego LacI z cząsteczką DNA?
Otwórz stronę: http://bioinfo.ggc.org/bindn/
Do pola tekstowego wklej skopiowaną sekwencję i naciśnij przycisk Submit Query.
Przeanalizuj otrzymany wynik.
Otwórz stronę http://tools.neb.com/NEBcutter2/.
Do okna programu wklej skopiowaną sekwencję, zaznacz pole circular i wciśnij Submit. Zapoznaj się z otrzymanym wynikiem.
Kliknij na ORF oznaczony literą a.
Naciśnij Locate multiple cutter that excise this ORF. Przeanalizuj otrzymany wynik.
Powróć do głównego okna programu: Back to main display.
Wybierz List 1 cutters.
W polu Number of cuts zmień 1 na inną wartość, np. na 3, naciśnij OK i przeanalizuj wynik.
Powróć do głównego okna programu: Back to main display.
Zmień Display na Linear:
zobacz z największą dokładnością (tak aby zobaczyć rejon wielokrotnego klonowania), tj. 30-80 bp (zaznacz myszą miejsca początku i końca pożądanego fragmentu na osi i kliknij zoom in). Dokładnie można sprecyzować szukany rejon w opcji More. Czym charakteryzuje się ten rejon? Zapoznaj się z poszczególnymi odsyłaczami najeżdżając myszą na nazwy enzymów i aminokwasów.
kliknij na nazwę enzymu MspI.
wybierz link do Methylation sensitivity;
wybierz link do REBASE enzyme page --> crystal data --> view structure.
http://dl.dropbox.com/u/8581627/c/Protokol.doc
1