Komputerowa analiza sekwencji

biorących udział w oddziaływaniu białko/DNA

1. Uruchom komputer i zaloguj się.

Login: student1

Hasło: student1

2. Otwórz stronę: http://arapaho.nsuok.edu/~biology/Tutorials/DNAbinding.htm

Zapoznaj się ze strukturą domen wiążących DNA.

3. Otwórz stronę: http://www.expasy.org/tools/#proteome, a następnie wybierz narzędzie ScanProsite.

4. Otwórz plik tekstowy Lac repressor. Skopiuj całą sekwencję.

5. Przejdź do strony z otwartym narzędziem ScanProsite, a następnie do pola tekstowego, po lewej stronie okna, wklej skopiowaną sekwencję. Naciśnij przycisk START THE SCAN.

Przeanalizuj otrzymany wynik. Jaka domena odpowiedzialna jest za oddziaływanie represora laktozowego z cząsteczką DNA?

6. Otwórz plik tekstowy TFIIIA.txt i skopiuj sekwencję aminokwasową. Skopiowaną sekwencję przeanalizuj narzędziem ScanProsite.

Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie czynnika transkrypcyjnego TFIIIA z cząsteczką DNA?

7. Otwórz stronę: http://www.ebi.ac.uk/Tools/ppsearch/index.html.

Pod polem tekstowym kliknij przycisk Przeglądaj, a następnie wybierz lokalizację pliku TFIIIA.txt. Powyżej pola tekstowego wybierz YES dla opcji View results using a java viewer. Naciśnij przycisk Run.

Przeanalizuj otrzymany wynik. Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie czynnika transkrypcyjnego TFIIIA z cząsteczką DNA?

8. Naciśnij przycisk Submit another job. Pod polem tekstowym kliknij przycisk Przeglądaj, a następnie wybierz lokalizację pliku AraC.txt. Naciśnij przycisk Run.

Przeanalizuj otrzymany wynik. Jakie domeny odpowiedzialne są za oddziaływanie białka regulatorowego operonu arabinozowego AraC z cząsteczką DNA?

9. Otwórz plik LacI.txt i skopiuj sekwencję aminokwasową.

Otwórz stronę:

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_proscan.html a następnie do pola tekstowego wklej skopiowaną sekwencję i naciśnij przycisk SUBMIT.

Przeanalizuj otrzymany wynik. Jaka domena odpowiedzialna jest za wiązanie białka regulatorowego operonu laktozowego LacI z cząsteczką DNA?

10. Otwórz plik EcoRI.txt i skopiuj sekwencję aminokwasową.

Otwórz stronę: http://bioinfo.ggc.org/bindn/

Do pola tekstowego wklej skopiowaną sekwencję i naciśnij przycisk Submit Query.

Przeanalizuj otrzymany wynik.

11. Otwórz plik z sekwencją plazmidu pGEM-T vector sequence.txt, skopiuj całość, zamknij plik.

12. Otwórz stronę http://tools.neb.com/NEBcutter2/.

13. Do okna programu wklej skopiowaną sekwencję, zaznacz pole circular i wciśnij Submit. Zapoznaj się z otrzymanym wynikiem.

14. Kliknij na ORF oznaczony literą a.

15. Naciśnij Locate multiple cutter that excise this ORF. Przeanalizuj otrzymany wynik.

16. Powróć do głównego okna programu: Back to main display.

17. Wybierz List 1 cutters.

18. W polu Number of cuts zmień 1 na inną wartość, np. na 3, naciśnij OK i przeanalizuj wynik.

19. Powróć do głównego okna programu: Back to main display.

20. Zmień Display na Linear:

• zobacz z największą dokładnością (tak aby zobaczyć rejon wielokrotnego klonowania), tj. 30-80 bp (zaznacz myszą miejsca początku i końca pożądanego fragmentu na osi i kliknij zoom in). Dokładnie można sprecyzować szukany rejon w opcji More. Czym charakteryzuje się ten rejon? Zapoznaj się z poszczególnymi odsyłaczami najeżdżając myszą na nazwy enzymów i aminokwasów.

• kliknij na nazwę enzymu MspI.

• wybierz link do Methylation sensitivity;

• wybierz link do REBASE enzyme page --> crystal data --> view structure.

http://dl.dropbox.com/u/8581627/c/Protokol.doc

1

---