Mleko jest wartościowym pokarmem z nadmiarem składników odżywczych, które są zużywane jako źródło energii jak również jako składniki budulcowe dla organizmu ludzkiego. Wysoka zawartość składników odżywczych czyni mleko jednocześnie wartościową pożywką dla wielu drobnoustrojów, które mogą się w nim bardzo szybko rozwinąć, co prowadzi do jego zepsucia. Mikrobiologiczne zepsucie mleka prowadzi do pogorszenia jakości w wyniku zmiany jego cech organoleptycznych, w sytuacji gdy rozwijające się drobnoustroje są chorobotwórcze dla ludzi.
1. Mikroflora pierwotna - złożona z bakterii, które mogą rozwijać się w wymieniu krowim; poj. ziarniaki, paciorkowce, pałeczki G(-). W stanach chorobowych wymion mogą pojawić się: paciorkowiec - Streptococcus agalactiae; gronkowiec (Staphylococcus sp.); pałeczka okrężnicy (Escherichia coli).
2. Mikroflora wtórna - zakażenie mleka drobnoustrojami z powietrza; bakterie przetrwalnikujące; ziarniaki tlenowe i beztlenowe; drożdże i pleśnie. Zakażenie mleka przez drobnoustroje skóry, sierści, paszy, ściółki, odchody: enterokoki; laseczki beztlenowe; pałeczki okrężnicy; bakterie kwasu mlekowego.
> 5°C - bakterie fluoryzujące;
> 5°C-10°C - bakterie fluoryzujące; pałeczki G(-) np. Proteus vulgaris i inne;
> 10°C-15 C - oprócz wyżej wymienionych pojawiają się pałeczki okrężnicy i bakterie kwasu mlekowego;
> 15°C-30°C - paciorkowce mlekowe(Streptococcus lactis);
> 30°C-40°C - pałeczki okrężnicy;
> powyżej 40°C - bakterie fermentacji mlekowej z rodzaju:
Lactobacillus; drożdże fermentują laktozę; paciorkowce (Streptococcus thermophilus, fecalis); niektóre szczepy Escherichia coli.
W temperaturze pokojowej pierwsze rozwijają się bakterie proteolityczne (rozkładające białka), następnie pojawiają się bakterie fermentacji pseudomlekowej oraz pałeczki okrężnicy, kolejnymi są paciorkowce mlekowe (zakwaszają mleko pH 4,5-4,1), oraz Lactobacillus, którego rozwój jest hamowany przez pojawiające się drożdże i pleśnie. One powodują odkwaszanie środowiska, co umożliwia rozwój bakterii gnilnych.