Drobnoustroje które w pewnych warunkach mogą powodować choroby u ludzi są określane jako „chorobotwórcze”. Mleko może zostać zakażone przez takie drobnoustroje już w wymieniu lub później: podczas doju, transportu, przechowywania i przetwarzania. Drobnoustroje rozwijające się w mleku stanowiącym składnik ludzkiego pożywienia mogą zostać przeniesione na ludzi i rozmnożyć się w odpowiednich warunkach albo wytwarzać toksyny wywołujące u ludzi poważne choroby.
> Brucella abortus - bruceloza (żywotność w słodkim mleku 9dni; w serach 2 miesiące; w lodach 7 lat);
> Mycobacterium tuberculosis - gruźlica (żywotność w maśle 100 dni; w serze 2 miesiące);
> Salmonella typki - dur brzuszny (żywotność w słodkim mleku 14dni; w kwaśnym - ginie);
> Salmonella paratyphi - dur rzekomy;
> Shigella dysenteriae - czerwonka;
> Corynebacterium diphtheriae - maczugowiec błonicy (żywotność w słodkim mleku 2-3dni);
^ Staphylococcus aureus - gronkowiec złocisty (wytwarza w produktach mleczarskich enterotoksyny wywołujące u ludzi zatrucia pokarmowe).
Mleko pasteryzowane. Pasteryzacja ma na celu zabicie bakterii chorobotwórczych, które mogły dostać się do mleka, oraz przedłużenie jego trwałości wskutek zniszczenia większości drobnoustrojów saprofitycznych, jednak w mikroflorze mogą zostać bakterie przetrwalnikujące Bacitlus subtilis, cereus, mycoides; Streptococcus termophilus; Lactobacillus termophilus; Micrococcus candidus. Do drobnoustrojów szczególnie niepożądanych należą: Alcaligenes viscosus - śluzowacenie mleka; Proteus, Streptococcus liąuefaciens - ścinanie białka bez zakwaszania środowiska; Torula - gorzknienie mleka; Serratia marcescens - zmiany zabarwienia.
Mleko sterylizowane - ogrzewane przez kilkanaście sekund w temp. 130 -135°C i szybko schładzane UHT (Ultra High Temperaturę). Mogą występować w nim tylko ciepłoopome bakterie przetrwalnikujące: Bacillus subtilis, coagulans, cereus- nieprzyjemny zapach i gorzki smak.
Mleko zagęszczone słodzone - może zawierać jedynie ziarniaki i tlenowe bakterie przetrwalnikujące - Bacillus; pleśnie Aspergilus glaucus, Penicillium, drożdże - Torula lactis.
Mleko w proszku - powstaje przez odparowanie wody z mleka pełnego lub chudego. Liczba bakterii m teku sproszkowanym jest zależna od ilości i rodzaju mikroflory obecnej w mleku użytym do produkcji. Zabiegi termiczne, jak pasteryzacja i zagęszczanie mleka, podczas procesu technologicznego powodują zniszczenie znacznej części bakterii, Najczęściej flora zanieczyszczająca to: Streptococcus thermophilus, Bacillus.