Polskę już na początku listopada podtrzymując poparcie Niemiec dla polskiego członkostwa w UE, ale unikał podania jakichkolwiek dat.
Również pierwszą wizytę zagraniczną premier Leszek Miller złożył w Niemczech tak, jakby chciał zaakcentować swoje dobre kontakty z "normalną zachodnią socjaldemokracją".
Zasadniczym problemem w stosunkach polsko - niemieckich stała się sprawa interwencji zbrojnej w Iraku. Zwłaszcza "list ośmiu" wywołał sporo krytyki ze strony przywódców Francji, Belgii i Niemiec. Pojawiła się teza o istnieniu "starej Europy" i "nowej" - czyli krajów, które weszły w orbitę wpływów amerykańskich.
W dniu 9 V 2003 roku prezydent Kwaśniewski spotkał się z prezydentem Francji Jacques Chirackiem i kanclerzem Niemiec Schroederem we Wrocławiu, by odnowić współpracę w Trójkącie Weimarskim. Złagodzono napięcia, ale pomimo wszystko różnice zdań pozostały. Ponadto pojawił się jeszcze jeden problem w stosunkach polsko-niemieckich.
Przywódczyni niemieckich organizacji przesiedleńców Eńca Steinbach urodzona podczas okupacji w polskiej Rumii, wystąpiła z projektem uczczenia pamięci Niemców "wypędzonych" po wojnie z ojczystych stron na wschodzie w całkowitym oderwaniu od kontekstu wojny, którą Niemcy wywołały, w której dokonały masowych przestępstw przeciwko ludzkości i którą przegrały. Poparcie dla projektu wyraziła część polityków chadeckich. Co rzuciło nowe światło na stosunek Niemców do Polaków. Okazało się, że pomimo postępów na drodze do pojednania polsko - niemieckiego wiedzę wielu Niemców o przyczynach wojny i niemieckiej odpowiedzialności za cierpienia innych narodów przesłaniała pamięć o własnych ofiarach tej wojny. W odpowiedzi grono intelektualistów z Europy Środkowo -Wschodniej zaproponowało projekt stworzenia Europejskiego Centrum Przeciw Wypędzeniom. We wrześniu 2004 roku stronę niemiecka poruszyły szacunki zniszczeń dokonanych przez Niemców w Warszawie wycenione przez zespół prezydenta stolicy Lecha Kaczyńskiego na 15,8 mld przedwojennych złotych (około 3 mld dolarów) a także rezolucja Sejmu, w której zażądano od Niemiec wypłaty odszkodowań za straty wynikłe z niemieckiej agresji na Polskę w 1939 roku oraz okupacji 1939 - 1945. Przeciw rezolucji wypowiedział się prezydent Kwaśniewski, co skwapliwie wykorzystała prasa niemiecka, która ostro krytykowała stanowisko polskiego Sejmu. Jednak stanowisko to popierało 64 % Polaków. Niemcy konsekwentnie nie chcieli przyjąć do wiadomości, że stanowisko polskie było jedynie odpowiedzią na niemieckie powtarzające się roszczenia za mienie niemieckie wywłaszczone w czasach PRL. Na szczęście oficjalne czynniki w Niemczech nie wspierały tych roszczeń.
Pojednawcze gesty kanclerza Gerarda Schroedera oraz prezydenta Horsta Koehlera, którzy w lecie 2005 roku odwiedzili Polskę nie ociepliły atmosfery panującej między Berlinem i Warszawą. Tym bardziej, że na